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- PDB-5nhz: VIM-2_10b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Repl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nhz
タイトルVIM-2_10b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Replacement: Preparation, Activity and Binding
要素Beta-lactamase class B VIM-2
キーワードHYDROLASE / inhibition properties / bioisosters / thiols / metallo-beta-lactamase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8XZ / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Samuelsen, O. / Muhammad, Z. / Leiros, K.-K.S. / Bayer, A.
引用ジャーナル: Eur J Med Chem / 年: 2017
タイトル: Metallo-beta-lactamase inhibitors by bioisosteric replacement: Preparation, activity and binding.
著者: Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Muhammad, Z. / Lauksund, S. / Leiros, H.S. / Bayer, A.
履歴
登録2017年3月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase class B VIM-2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,18416
ポリマ－56,7062
非ポリマー1,47914
水5,891327
1
A: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0117
ポリマ－28,3531
非ポリマー6596
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase class B VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1739
ポリマ－28,3531
非ポリマー8208
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area9530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.779, 90.872, 124.075
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase class B VIM-2 / BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / ...BlaVIM-2 / Class B carbapenemase VIM-2 / Metallo beta-lactamase / Metallo-beta lactamase protein / Metallo-beta-lactamase VIM-2 / VIM-2 / VIM-2 beta-lactamase / VIM-2 class B metallo b-lactamase / VIM-2 type metallo-beta-lactamase


分子量: 28352.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K2N0

-
非ポリマー , 8種, 341分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8XZ / [(2~{R})-1-ethanoylsulfanyl-5-phenyl-pentan-2-yl]phosphonic acid


分子量: 302.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H19O4PS
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#8: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 327 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.95 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→25 Å / Num. obs: 45000 / % possible obs: 99.93 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 27.24 Å2 / Net I/σ(I): 14.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MM9

5mm9


解像度: 1.85→24.754 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 18.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2206 4.9 %
Rwork0.1662 --
obs0.168 44986 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→24.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3466 0 72 327 3865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113660
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3155014
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7511287
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.89020.2511310.24062633X-RAY DIFFRACTION100
1.8902-1.93420.26261560.22862592X-RAY DIFFRACTION100
1.9342-1.98250.23121370.20762659X-RAY DIFFRACTION100
1.9825-2.03610.21411360.19752622X-RAY DIFFRACTION100
2.0361-2.0960.24821360.1932633X-RAY DIFFRACTION100
2.096-2.16360.21111320.17612657X-RAY DIFFRACTION100
2.1636-2.24090.23021250.16672639X-RAY DIFFRACTION100
2.2409-2.33060.20581430.16132667X-RAY DIFFRACTION100
2.3306-2.43650.18931310.15532663X-RAY DIFFRACTION100
2.4365-2.56490.20061370.15642663X-RAY DIFFRACTION100
2.5649-2.72540.19221240.15942672X-RAY DIFFRACTION100
2.7254-2.93550.23191310.16482699X-RAY DIFFRACTION100
2.9355-3.23030.18851340.15612697X-RAY DIFFRACTION100
3.2303-3.69640.16881670.14172669X-RAY DIFFRACTION100
3.6964-4.65210.18221330.1422763X-RAY DIFFRACTION100
4.6521-24.75580.22731530.18892852X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.11743.25070.78037.22931.28711.7472-0.0445-0.1759-0.3331-0.17110.0475-0.35530.12370.0799-0.00820.16430.01950.01530.17410.06570.1737-2.279111.4824-8.3721
22.2091-0.115-0.59281.56970.06154.17880.02210.25430.1455-0.3837-0.0446-0.12860.02420.10730.02020.2278-0.01010.01140.20680.05880.2363-2.530719.5575-17.9937
35.52672.35525.16312.2572.07914.9513-0.00320.5874-0.6923-0.68410.0898-0.1770.53330.6838-0.23220.62120.06780.07640.4555-0.01780.41111.4866.5385-31.3483
47.35071.73624.4696.2226-2.68916.2212-0.1635-0.68490.54120.27270.1130.1119-0.4466-0.42150.05490.2550.02570.01780.2166-0.0690.2796-19.3538-2.7476-6.0904
56.65384.4007-1.75637.4912-1.79852.4211-0.18620.06970.0042-0.31270.2150.1035-0.0104-0.1092-0.04630.16370.015-0.0210.14260.00580.1199-22.104-13.5018-8.5348
65.095-4.0498-3.00016.36621.78392.95310.143-0.72970.13110.3275-0.07570.0394-0.2099-0.1399-0.1950.1567-0.0002-0.00630.25010.01860.1823-17.5878-14.67060.1497
73.01580.45860.9412.457-0.20424.0417-0.11470.5773-0.4733-0.58060.118-0.06770.2206-0.0113-0.00730.3004-0.03360.01660.2522-0.09380.3055-20.6163-23.3945-16.7978
85.0197-0.5295-1.63223.7923.29343.1898-0.28631.15320.6417-1.49870.2444-0.6398-1.2181.0119-0.00820.9671-0.2205-0.03210.82750.14640.4203-19.752-6.7274-25.4227
97.30390.1905-6.2344.8233-1.08048.369-0.12670.8467-0.3341-0.7548-0.32850.6892-0.35950.02190.35980.648-0.0164-0.19020.6891-0.12850.3802-29.2751-15.9674-30.6526
107.4685-3.37030.1259.2883-0.56358.1577-0.48150.14460.2022-0.16460.33661.1272-0.3978-0.71460.21490.37040.0677-0.06180.37550.03450.3152-32.1329-10.8791-17.4081
111.6971-1.5707-0.04356.7098-2.93411.72240.05671.14850.4229-1.0785-0.05130.0255-0.8488-0.36530.2580.9025-0.1306-0.1560.72460.07830.3628-26.82-5.2619-30.2395
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 30 through 88 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 89 through 279 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 280 through 295 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 30 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 43 through 88 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 89 through 103 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 104 through 222 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 223 through 238 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 239 through 252 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 253 through 279 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 280 through 295 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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