[English] 日本語
Yorodumi- PDB-5nhz: VIM-2_10b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Repl... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5nhz | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | VIM-2_10b. Metallo-beta-Lactamase Inhibitors by Bioisosteric Replacement: Preparation, Activity and Binding | ||||||
Components | Beta-lactamase class B VIM-2 | ||||||
Keywords | HYDROLASE / inhibition properties / bioisosters / thiols / metallo-beta-lactamase inhibitor | ||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Pseudomonas aeruginosa (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.85 Å | ||||||
Authors | Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Samuelsen, O. / Muhammad, Z. / Leiros, K.-K.S. / Bayer, A. | ||||||
Citation | Journal: Eur J Med Chem / Year: 2017 Title: Metallo-beta-lactamase inhibitors by bioisosteric replacement: Preparation, activity and binding. Authors: Skagseth, S. / Akhter, S. / Paulsen, M.H. / Muhammad, Z. / Lauksund, S. / Leiros, H.S. / Bayer, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5nhz.cif.gz | 274.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb5nhz.ent.gz | 225.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5nhz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 5nhz_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 5nhz_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | Display | |
Data in XML | 5nhz_validation.xml.gz | 23.8 KB | Display | |
Data in CIF | 5nhz_validation.cif.gz | 33.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nhz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/nh/5nhz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 5mm9SC 5ni0C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
2 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 28352.836 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Pseudomonas aeruginosa (bacteria) Gene: blaVIM-2, bla vim-2, bla-VIM-2, blasVIM-2, blaVIM2, blm, VIM-2, vim-2, PAERUG_P32_London_17_VIM_2_10_11_06255 Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q9K2N0 |
---|
-Non-polymers , 8 types, 341 molecules
#2: Chemical | ChemComp-ZN / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-CL / | #5: Chemical | #6: Chemical | ChemComp-SO4 / | #7: Chemical | ChemComp-PEG / | #8: Chemical | ChemComp-MG / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.28 Å3/Da / Density % sol: 45.95 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion / Details: 22-27% PEG 3350, 0.2 M magnesium formate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.97625 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→25 Å / Num. obs: 45000 / % possible obs: 99.93 % / Redundancy: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 27.24 Å2 / Net I/σ(I): 14.6 |
-Processing
Software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5MM9 Resolution: 1.85→24.754 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / Phase error: 18.75
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→24.754 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|