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- PDB-5ngs: Crystal structure of human MTH1 in complex with inhibitor 6-[(2-p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngs
タイトルCrystal structure of human MTH1 in complex with inhibitor 6-[(2-phenylethyl)sulfanyl]-7H-purin-2-amine
要素7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Fragment / Oxidised nucleotides
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA protection / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-(2-phenylethylsulfanyl)-7~{H}-purin-2-amine / ACETATE ION / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Gustafsson, R. / Rudling, A. / Almlof, I. / Homan, E. / Scobie, M. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Carlsson, J. / Stenmark, P.
資金援助 スウェーデン, 12件
組織認可番号国
Swedish e-Science Research Center スウェーデン
Science for Life Laboratory スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
Wenner-Gren Foundation スウェーデン
Clas Groschinskys Foundation スウェーデン
Ake Wiberg Foundation スウェーデン
Goran Gustafsson Foundation スウェーデン
Swedish Children's Cancer Foundation スウェーデン
Swedish Pain Relief Foundation スウェーデン
Torsten and Ragnar Soderberg Foundation スウェーデン
Swedish Cancer Society スウェーデン
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Fragment-Based Discovery and Optimization of Enzyme Inhibitors by Docking of Commercial Chemical Space.
著者: Rudling, A. / Gustafsson, R. / Almlof, I. / Homan, E. / Scobie, M. / Warpman Berglund, U. / Helleday, T. / Stenmark, P. / Carlsson, J.
履歴
登録2017年3月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,97414
ポリマ－36,5072
非ポリマー1,46612
水4,270237
1
A: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1609
ポリマ－18,2541
非ポリマー9078
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8135
ポリマ－18,2541
非ポリマー5604
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.180, 68.373, 81.121
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 156 / Label seq-ID: 6 - 159

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 7,8-dihydro-8-oxoguanine triphosphatase / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / 8-oxo-dGTPase / Nucleoside diphosphate-linked moiety X motif 1 / Nudix motif 1


分子量: 18253.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NUDT1, MTH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-8WW / 6-(2-phenylethylsulfanyl)-7~{H}-purin-2-amine


分子量: 271.341 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H13N5S
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 5 mmol/L compound and 6 mmol/L MgCl2 were added to MTH1. Sitting drop vapor diffusion experiments at 293K were performed, and MTH1 (9.34 mg/mL) was mixed with reservoir solution (28% (w/v) ...詳細: 5 mmol/L compound and 6 mmol/L MgCl2 were added to MTH1. Sitting drop vapor diffusion experiments at 293K were performed, and MTH1 (9.34 mg/mL) was mixed with reservoir solution (28% (w/v) PEG8000, 0.1 mol/L Sodium Acetate pH 4.0 and 0.2 mol/L LiSO4) in a 3:5 ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92819 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92819 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→28.2 Å / Num. obs: 28944 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.787 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 1715 / CC1/2: 0.796 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ZR1

3zr1


解像度: 1.85→28.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.04 / SU ML: 0.119 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.171 / ESU R Free: 0.151 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24832 1468 5.1 %RANDOM
Rwork0.21563 ---
obs0.21738 27427 99.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 28.804 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.41 Å20 Å20 Å2
2---1.14 Å20 Å2
3---2.55 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→28.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2508 0 87 237 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0192653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022381
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3451.9663589
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8622.9875520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3055306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41924.242132
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.74515446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.1171516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2371
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02576
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7132.6971231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7112.6951229
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6994.0351534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6984.0361535
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.0823.0151422
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.0823.0161423
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3294.4362056
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.44529.8932711
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.25629.4622667
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 9296 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.902 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 91 -
Rwork0.303 1969 -
obs--97.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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