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- PDB-5fsn: MTH1 substrate recognition: Complex with a aminomethylpyrimidinyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5fsn
タイトルMTH1 substrate recognition: Complex with a aminomethylpyrimidinyl oxypropanol.
要素7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
キーワードHYDROLASE / NUDT1
機能・相同性
機能・相同性情報


2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins ...2-hydroxy-ATP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP hydrolase activity / N6-methyl-(d)ATP hydrolase activity / O6-methyl-dGTP hydrolase activity / 2-hydroxy-dATP diphosphatase / dATP diphosphatase activity / ATP diphosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydrodeoxyguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / Phosphate bond hydrolysis by NUDT proteins / DNA protection / hydrolase activity, acting on acid anhydrides, in phosphorus-containing anhydrides / purine nucleoside catabolic process / snoRNA binding / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 / response to cadmium ion / acrosomal vesicle / male gonad development / nuclear membrane / response to oxidative stress / mitochondrial matrix / DNA repair / mitochondrion / extracellular space / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily ...Oxidized purine nucleoside triphosphate / NUDIX hydrolase / NUDIX hydrolase, conserved site / Nudix box signature. / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / Nucleoside Triphosphate Pyrophosphohydrolase / NUDIX domain / Nudix hydrolase domain profile. / NUDIX hydrolase domain / NUDIX hydrolase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(2-AMINO-6-METHYL-PYRIMIDIN-4-YL)OXYPROPAN-1-OL / ACETATE ION / Oxidized purine nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Phillips, C. / Winter, J.J.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Mth1 Substrate Recognition--an Example of Specific Promiscuity.
著者: Nissink, J.W.M. / Bista, M. / Breed, J. / Carter, N. / Embrey, K. / Read, J. / Winter-Holt, J.J.
履歴
登録2016年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月25日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2924
ポリマ－17,9711
非ポリマー3203
水2,846158
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.360, 66.217, 36.223
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-342-

HOH

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要素

#1: タンパク質 7,8-DIHYDRO-8-OXOGUANINE TRIPHOSPHATASE / 2-HYDROXY-DATP DIPHOSPHATASE / 8-OXO-DGTPASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 1 / ...2-HYDROXY-DATP DIPHOSPHATASE / 8-OXO-DGTPASE / NUCLEOSIDE DIPHOSPHATE-LINKED MOIETY X MOTIF 1 / NUDIX MOTIF 1 / MTH1


分子量: 17971.461 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 42-197 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
参照: UniProt: P36639, 8-oxo-dGTP diphosphatase, 2-hydroxy-dATP diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-6Q3 / 3-(2-AMINO-6-METHYL-PYRIMIDIN-4-YL)OXYPROPAN-1-OL


分子量: 183.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N3O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 158 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.93 % / 解説: NONE
結晶化詳細: 25% (W/V) PEG3350 200MM LITHIUM SULPHATE 100MM SODIUM ACETATE PH4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.98
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→45 Å / Num. obs: 13811 / % possible obs: 81 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 18.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04

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解析

ソフトウェア名称: BUSTER / バージョン: 2.11.6 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: NONE

解像度: 1.69→44.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9436 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9149 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.157 / SU Rfree Blow DPI: 0.137 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.13
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2252 663 4.8 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.1901 13811 81.88 %-
原子変位パラメータBiso mean: 19.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.5034 Å20 Å20 Å2
2---0.8609 Å20 Å2
3----0.6425 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→44.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1231 0 21 158 1410
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011300HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.071764HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d448SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes34HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes192HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1300HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.15
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion157SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1558SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.82 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 52 4.57 %
Rwork0.2127 1087 -
all0.2146 1139 -
obs--81.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.3534 Å / Origin y: 19.9398 Å / Origin z: 9.5142 Å
111213212223313233
T0.0018 Å20.01 Å20.003 Å2--0.0044 Å20.0067 Å2--0.006 Å2
L0.7064 °20.2453 °20.1413 °2-0.8803 °2-0.0494 °2--0.9787 °2
S0.0282 Å °0.0157 Å °-0.0311 Å °0.0168 Å °0.0225 Å °0.0259 Å °-0.0422 Å °-0.0402 Å °-0.0507 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|3 - A|156 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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