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- PDB-5ngi: Structure of XcpQN012 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ngi
タイトルStructure of XcpQN012
要素Type II secretion system protein D
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Secretion system II / Pseudomonas aeruginosa / secretin N domain
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion by the type II secretion system / type II protein secretion system complex / protein secretion / cell outer membrane / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / GspD-like, N0 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / : / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain ...: / GspD-like, N0 domain / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 - #120 / Type II secretion system protein GspD / GspD/PilQ family / : / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / Bacterial type II/III secretion system short domain / NolW-like superfamily / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type II secretion system protein D / Secretin XcpQ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.98 Å
データ登録者Cambillau, C. / Roussel, A. / Trinh, T.N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
bourses excellence EIFFEL840686C フランス
引用ジャーナル: mBio / 年: 2017
タイトル: Unraveling the Self-Assembly of the XcpQ Secretin Periplasmic Domain Provides New Molecular Insights into Type II Secretion System Secreton Architecture and Dynamics.
著者: Badreddine Douzi / Nhung T T Trinh / Sandra Michel-Souzy / Aline Desmyter / Geneviève Ball / Pascale Barbier / Artemis Kosta / Eric Durand / Katrina T Forest / Christian Cambillau / Alain ...著者: Badreddine Douzi / Nhung T T Trinh / Sandra Michel-Souzy / Aline Desmyter / Geneviève Ball / Pascale Barbier / Artemis Kosta / Eric Durand / Katrina T Forest / Christian Cambillau / Alain Roussel / Romé Voulhoux /
要旨: The type II secretion system (T2SS) releases large folded exoproteins across the envelope of many Gram-negative pathogens. This secretion process therefore requires specific gating, interacting, and ...The type II secretion system (T2SS) releases large folded exoproteins across the envelope of many Gram-negative pathogens. This secretion process therefore requires specific gating, interacting, and dynamics properties mainly operated by a bipartite outer membrane channel called secretin. We have a good understanding of the structure-function relationship of the pore-forming C-terminal domain of secretins. In contrast, the high flexibility of their periplasmic N-terminal domain has been an obstacle in obtaining the detailed structural information required to uncover its molecular function. In , the Xcp T2SS plays an important role in bacterial virulence by its capacity to deliver a large panel of toxins and degradative enzymes into the surrounding environment. Here, we revealed that the N-terminal domain of XcpQ secretin spontaneously self-assembled into a hexamer of dimers independently of its C-terminal domain. Furthermore, and by using multidisciplinary approaches, we elucidate the structural organization of the XcpQ N domain and demonstrate that secretin flexibility at interdimer interfaces is mandatory for its function. Bacterial secretins are large homooligomeric proteins constituting the outer membrane pore-forming element of several envelope-embedded nanomachines essential in bacterial survival and pathogenicity. They comprise a well-defined membrane-embedded C-terminal domain and a modular periplasmic N-terminal domain involved in substrate recruitment and connection with inner membrane components. We are studying the XcpQ secretin of the T2SS present in the pathogenic bacterium Our data highlight the ability of the XcpQ N-terminal domain to spontaneously oligomerize into a hexamer of dimers. Further experiments revealed that this domain adopts different conformations essential for the T2SS secretion process. These findings provide new insights into the functional understanding of bacterial T2SS secretins.
履歴
登録2017年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月31日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct / Item: _audit_author.name / _struct.title
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein D
B: Type II secretion system protein D


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8702
ポリマ－51,8702
非ポリマー00
水23413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area20270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.400, 122.250, 55.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Type II secretion system protein D


分子量: 25935.201 Da / 分子数: 2 / 断片: N domain, UNP residues 79-319 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: xcpQ1, PAMH19_1963 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A8RG33, UniProt: P35818*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.7 %
結晶化温度: 273 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.8M lithium chloride, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 0.1M sodium acetate, and 32% PEG 4000 (w/v).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→48.2 Å / Num. obs: 10400 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 124.95 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.9
反射 シェル解像度: 2.98→3.16 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 1659 / CC1/2: 0.982 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.1精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E9J

4e9j


解像度: 2.98→48.16 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9539 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.351
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 520 5 %RANDOM
Rwork0.2013 ---
obs0.2026 10394 99.63 %-
原子変位パラメータBiso mean: 137.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.8529 Å20 Å2-18.9322 Å2
2---2.1276 Å20 Å2
3----13.7253 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.993 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.98→48.16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 0 13 3035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013067HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.234211HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d970SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes71HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes459HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3067HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.42
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion454SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3291SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.98→3.33 Å / Total num. of bins used: 5
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3155 147 5 %
Rwork0.2464 2791 -
all0.2496 2938 -
obs--99.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7860.0466-0.24376.61113.04994.2025-0.24560.43830.4411-0.1457-0.052-0.14970.1645-0.4190.2977-0.1018-0.06210.1183-0.0816-0.09450.0892-1.85571.140410.4417
25.74563.5132-1.45665.3785-1.25621.9366-0.2433-0.14640.25420.31120.0151-0.46490.43930.0270.2281-0.0389-0.04310.125-0.224-0.08720.07285.2789-5.354329.6399
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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