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- PDB-4ln0: Crystal structure of the VGLL4-TEAD4 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ln0
タイトルCrystal structure of the VGLL4-TEAD4 complex
要素
  • Transcription cofactor vestigial-like protein 4
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードTRANSCRIPTION / TEA/ATTS domain family / Vestigial/Tondu family / Transcription factor / Transcription cofactor / Development
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment ...RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / negative regulation of cardiac muscle cell proliferation / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of Wnt signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of hippo signaling / embryo implantation / negative regulation of cell growth / protein-DNA complex / positive regulation of protein catabolic process / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / TDU repeat / Short repeats in human TONDU, fly vestigial and other proteins. / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain ...Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / TDU repeat / Short repeats in human TONDU, fly vestigial and other proteins. / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Transcriptional enhancer factor TEF-3 / Transcription cofactor vestigial-like protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.896 Å
データ登録者Wang, H. / Shi, Z. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: Cancer Cell / 年: 2014
タイトル: A Peptide Mimicking VGLL4 Function Acts as a YAP Antagonist Therapy against Gastric Cancer.
著者: Jiao, S. / Wang, H. / Shi, Z. / Dong, A. / Zhang, W. / Song, X. / He, F. / Wang, Y. / Zhang, Z. / Wang, W. / Wang, X. / Guo, T. / Li, P. / Zhao, Y. / Ji, H. / Zhang, L. / Zhou, Z.
履歴
登録2013年7月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
C: Transcription cofactor vestigial-like protein 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,6788
ポリマ－58,1763
非ポリマー5035
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4790 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area21830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.817, 94.817, 135.172
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 25933.324 Da / 分子数: 2 / 断片: YAP binding domain, UNP RESIDUES 209-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tcf13r1, Tead4, Tef3, Tefr1 / プラスミド: plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q62296
#2: タンパク質 Transcription cofactor vestigial-like protein 4 / Vgl-4


分子量: 6308.972 Da / 分子数: 1 / 断片: Tondu domain, UNP RESIDUES 203-256 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Vgll4 / プラスミド: plasmid / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q80V24
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M L-proline, 0.1M HEPES pH 7.5, 24% PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月22日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.896→50 Å / Num. all: 16149 / Num. obs: 15590 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 43.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 15.86
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.942 / Mean I/σ(I) obs: 5.28 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3JUA

3jua


解像度: 2.896→41.057 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2471 1552 9.96 %RANDOM
Rwork0.1855 ---
all0.1918 16148 --
obs0.1918 15584 96.51 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.896→41.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3655 0 33 7 3695
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2615119
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.6381347
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006640
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.8962-2.98960.33591400.2449125898
2.9896-3.09640.34811390.2421127798
3.0964-3.22040.29311420.2229126497
3.2204-3.36690.26551370.203127698
3.3669-3.54430.22651380.1911125197
3.5443-3.76620.26861390.167128397
3.7662-4.05670.22721440.1683126197
4.0567-4.46450.1871450.1509127996
4.4645-5.10950.21751400.1388127096
5.1095-6.43350.22881370.1958128595
6.4335-41.06130.26141510.2086132894

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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