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万見
- PDB-5nce: Structure of PsDef1 defensin from Pinus sylvestris -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nce
タイトルStructure of PsDef1 defensin from Pinus sylvestris
要素Defensin-1
キーワードPLANT PROTEIN / Defensin / Plant Defensin / Scotts pine defensin / conformational dynamics / antibacterial activity / amylase inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to fungus / killing of cells of another organism / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Defensin, plant / Gamma-thionins family signature. / Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pinus sylvestris (植物)
手法溶液NMR
データ登録者Khairutdinov, B.I. / Ermakova, E.A. / Bessolitsyna, E.K. / Toporkova, Y.Y. / Tarasova, N.B. / Kovaleva, V. / Zuev, Y.F. / Nesmelova, I.V.
資金援助 ロシア, 3件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research12-04-01286-a ロシア
Russian Foundation for Basic Research15-44-02309 ロシア
Russian Foundation for Basic Research15-29-01239 ロシア
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: NMR structure, conformational dynamics, and biological activity of PsDef1 defensin from Pinus sylvestris.
著者: Khairutdinov, B.I. / Ermakova, E.A. / Yusypovych, Y.M. / Bessolicina, E.K. / Tarasova, N.B. / Toporkova, Y.Y. / Kovaleva, V. / Zuev, Y.F. / Nesmelova, I.V.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年5月2日Group: Author supporting evidence / Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_exptl_sample_conditions
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure / _pdbx_nmr_exptl_sample_conditions.pressure_units
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Defensin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,6121
ポリマ－5,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3300 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Defensin-1


分子量: 5611.574 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 34-83 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pinus sylvestris (植物) / 遺伝子: Def1 / プラスミド: pET-32 Ek/LIC / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta-gami pLysS B / 参照: UniProt: A4L7R7
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111anisotropic22D DQF-COSY
121anisotropic22D 1H-1H TOCSY
131anisotropic22D 1H-1H NOESY
141anisotropic12D 1H-1H TOCSY
151anisotropic12D 1H-1H NOESY
161anisotropic12D 1H-13C HSQC
171anisotropic12D 1H-13C HMBC
181anisotropic12D 1H-13C TOCSY-HSQC
192anisotropic12D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.4 mM PsDef1, 10 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2Osample190% H2O/10% D2O
solution20.7 mM [U-15N] PsDef1, 10 mM sodium acetate, 90% H2O/10% D2Osample290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMPsDef1natural abundance1
10 mMsodium acetatenatural abundance1
0.7 mMPsDef1[U-15N]2
10 mMsodium acetatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 0 Not defined / Label: sample condition 1 / pH: 4.5 / PH err: 0.1 / 圧: ambient atm / 温度: 306 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III7001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III5003

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解析

NMR software名称: CNS / 開発者: Brunger A. T. et.al. / 分類: 精密化
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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