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- PDB-5nc5: Crystal structure of AcrBZ in complex with antibiotic puromycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nc5
タイトルCrystal structure of AcrBZ in complex with antibiotic puromycin
要素
  • (Multidrug efflux pump ...) x 2
  • DARPin
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Membrane transporter / Multidrug efflux pump
機能・相同性
機能・相同性情報


alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport ...alkane transmembrane transporter activity / alkane transport / enterobactin transport / enterobactin transmembrane transporter activity / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / periplasmic side of plasma membrane / efflux pump complex / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / bile acid transmembrane transporter activity / xenobiotic transport / bile acid and bile salt transport / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / fatty acid transport / response to toxic substance / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains ...: / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump-associated protein AcrZ / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane fold / Multidrug efflux transporter AcrB transmembrane domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain like / Multidrug efflux transporter AcrB pore domain / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain; DN and DC subdomains / Hydrophobe/amphiphile efflux-1 HAE1 / Multidrug efflux transporter AcrB TolC docking domain, DN/DC subdomains / Acriflavin resistance protein / AcrB/AcrD/AcrF family / Ankyrin repeat-containing domain / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Alpha-Beta Plaits / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DECANE / DODECANE / nonane / HEXANE / PUROMYCIN / Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Multidrug efflux pump subunit AcrB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Du, D. / Luisi, B.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome TrustRG61065 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: An allosteric transport mechanism for the AcrAB-TolC multidrug efflux pump.
著者: Zhao Wang / Guizhen Fan / Corey F Hryc / James N Blaza / Irina I Serysheva / Michael F Schmid / Wah Chiu / Ben F Luisi / Dijun Du /
要旨: Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell ...Bacterial efflux pumps confer multidrug resistance by transporting diverse antibiotics from the cell. In Gram-negative bacteria, some of these pumps form multi-protein assemblies that span the cell envelope. Here, we report the near-atomic resolution cryoEM structures of the AcrAB-TolC multidrug efflux pump in resting and drug transport states, revealing a quaternary structural switch that allosterically couples and synchronizes initial ligand binding with channel opening. Within the transport-activated state, the channel remains open even though the pump cycles through three distinct conformations. Collectively, our data provide a dynamic mechanism for the assembly and operation of the AcrAB-TolC pump.
履歴
登録2017年3月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Atomic model
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux pump subunit AcrB
B: Multidrug efflux pump subunit AcrB
C: Multidrug efflux pump subunit AcrB
D: DARPin
E: DARPin
F: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
G: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
H: Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,49161
ポリマ－393,5448
非ポリマー8,94753
水1,76598
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area47620 Å2
ΔGint68 kcal/mol
Surface area128690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.245, 167.646, 249.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Multidrug efflux pump ... , 2種, 6分子 ABCFGH

#1: タンパク質 Multidrug efflux pump subunit AcrB / AcrAB-TolC multidrug efflux pump subunit AcrB / Acridine resistance protein B


分子量: 113665.180 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: acrB, acrE, b0462, JW0451 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P31224
#3: タンパク質・ペプチド Multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / AcrAB-TolC multidrug efflux pump accessory protein AcrZ / Acridine resistance protein Z


分子量: 5304.423 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: acrZ, Z0932, ECs0790 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAX1

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 DE

#2: タンパク質 DARPin


分子量: 18317.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

-
非ポリマー , 6種, 148分子

#5: 化合物
ChemComp-D12 / DODECANE / ドデカン


分子量: 170.335 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26
#6: 化合物...
ChemComp-D10 / DECANE / デカン


分子量: 142.282 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22
#7: 化合物
ChemComp-DD9 / nonane / ノナン


分子量: 128.255 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H20
#8: 化合物 ChemComp-PUY / PUROMYCIN / ピュ-ロマイシン


タイプ: RNA linking / 分子量: 471.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H29N7O5 / コメント: 抗生剤, 阻害剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-HEX / HEXANE / ヘキサン


分子量: 86.175 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.62 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 80 mM Bis-Tris, pH 6.0, 50 mM sodium citrate, 120 mM KCl, 10% PEG 4000, 0.5% N,N-dimethyldodecylamine N-oxide

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 94271 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 5.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DX5

4dx5


解像度: 3.2→34.928 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.08
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 4695 4.98 %
Rwork0.1827 --
obs0.1859 94200 91.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→34.928 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数26769 0 530 98 27397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01927753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9137490
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.20416589
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1124385
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0154742
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.23640.3741480.31452864X-RAY DIFFRACTION89
3.2364-3.27440.35431380.29962844X-RAY DIFFRACTION89
3.2744-3.31430.36321460.28072874X-RAY DIFFRACTION90
3.3143-3.35620.331650.25752994X-RAY DIFFRACTION93
3.3562-3.40040.2841420.24033042X-RAY DIFFRACTION95
3.4004-3.44690.28641450.24483066X-RAY DIFFRACTION95
3.4469-3.49610.33151540.24343044X-RAY DIFFRACTION94
3.4961-3.54820.3061820.23532974X-RAY DIFFRACTION94
3.5482-3.60360.30051500.23193033X-RAY DIFFRACTION94
3.6036-3.66260.30731760.22672952X-RAY DIFFRACTION93
3.6626-3.72570.30471610.2213039X-RAY DIFFRACTION94
3.7257-3.79340.27941520.20113013X-RAY DIFFRACTION94
3.7934-3.86630.28211440.19463024X-RAY DIFFRACTION94
3.8663-3.94510.27231500.18383014X-RAY DIFFRACTION93
3.9451-4.03070.26341530.17673007X-RAY DIFFRACTION92
4.0307-4.12440.25631660.17262886X-RAY DIFFRACTION90
4.1244-4.22730.23931450.16782842X-RAY DIFFRACTION88
4.2273-4.34140.20251360.15132965X-RAY DIFFRACTION91
4.3414-4.46890.19661720.14313031X-RAY DIFFRACTION94
4.4689-4.61290.19071660.13942989X-RAY DIFFRACTION93
4.6129-4.77730.21811820.13752988X-RAY DIFFRACTION93
4.7773-4.96810.19691530.13692999X-RAY DIFFRACTION93
4.9681-5.19350.20771510.14353022X-RAY DIFFRACTION93
5.1935-5.46640.22931500.15613037X-RAY DIFFRACTION93
5.4664-5.80740.23991440.16272972X-RAY DIFFRACTION91
5.8074-6.25340.23831520.17812870X-RAY DIFFRACTION88
6.2534-6.87840.2431550.1733025X-RAY DIFFRACTION92
6.8784-7.86380.20121620.14963006X-RAY DIFFRACTION91
7.8638-9.87040.16931800.12533035X-RAY DIFFRACTION91
9.8704-34.92980.22411750.20633054X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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