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- PDB-5nbk: NDM-1 metallo-beta-lactamase: a parsimonious interpretation of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nbk
タイトルNDM-1 metallo-beta-lactamase: a parsimonious interpretation of the diffraction data
要素Metallo-beta-lactamase type 2
キーワードHYDROLASE / NDM-1 / metallo-beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / beta-lactamase activity / periplasmic space / response to antibiotic / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Jaskolski, M. / Minor, W. / Wlodawer, A.
資金援助 ポーランド, 1件
組織認可番号国
National Center for Research and DevelopmentAMR/1/2015 ポーランド
引用
ジャーナル: Drug Resist. Updat. / 年: 2018
タイトル: A close look onto structural models and primary ligands of metallo-beta-lactamases.
著者: Raczynska, J.E. / Shabalin, I.G. / Minor, W. / Wlodawer, A. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2015
タイトル: Approved Drugs Containing Thiols as Inhibitors of Metallo-beta-lactamases: Strategy To Combat Multidrug-Resistant Bacteria.
著者: Klingler, F.M. / Wichelhaus, T.A. / Frank, D. / Cuesta-Bernal, J. / El-Delik, J. / Muller, H.F. / Sjuts, H. / Gottig, S. / Koenigs, A. / Pos, K.M. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年12月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Experimental preparation
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / exptl_crystal_grow
Item: _diffrn_radiation_wavelength.wt / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.32019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / reflns_shell / Item: _diffrn_radiation_wavelength.wt
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallo-beta-lactamase type 2
C: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,86612
ポリマ－53,6682
非ポリマー1,19810
水1,964109
1
A: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,4776
ポリマ－26,8341
非ポリマー6435
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Metallo-beta-lactamase type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3896
ポリマ－26,8341
非ポリマー5555
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)108.047, 108.047, 92.571
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 43 - 271 / Label seq-ID: 16 - 244

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2CB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AC

#1: タンパク質 Metallo-beta-lactamase type 2 / B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta- ...B2 metallo-beta-lactamase / Beta-lactamase type II / Metallo-beta-lactamase NDM-1 / Metallo-beta-lactamase type II / New Delhi metallo-beta-lactamase-1 / NDM-1


分子量: 26834.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaNDM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7C422, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 119分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 24 % PEG 1500 AND 0.05 M TBG (SODIUM TARTRATE/BIS - TRIS/GLYCYLGLYCINE) PH 4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.6→46.66 Å / Num. obs: 17411 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.2 % / Net I/σ(I): 999

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.6→46.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 20.819 / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.627 / ESU R Free: 0.283 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22928 871 5 %copied from 5a5z
Rwork0.18055 ---
obs0.18298 16540 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 42.719 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.09 Å20 Å2-0 Å2
2--0.09 Å2-0 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.6→46.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3441 0 61 109 3611
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193567
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.023374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5041.9394833
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.16537735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6265459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.37124.474152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.05215523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3291517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2539
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214107
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02822
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9882.5071848
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9882.5061847
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.683.7532303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.683.7542304
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3532.7561719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.342.7561719
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1442531
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.98920.0783787
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.98720.083787
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 26464 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2C
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.339 64 -
Rwork0.299 1207 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.0399-1.91516.59243.2426-5.351513.29670.0714-0.41320.1311-0.01650.17760.53550.4487-0.4732-0.2490.25630.03350.06260.3373-0.0290.1904-9.313826.558370.427
23.62280.36250.44862.8919-0.70452.6418-0.0066-0.49180.06370.05030.06180.0738-0.0899-0.3375-0.05530.1295-0.01380.00360.270.01690.0056-1.715425.36660.9118
31.41010.4194-0.29990.9026-0.23581.68020.0184-0.0223-0.0410.00260.01960.03390.1031-0.0289-0.0380.1820.0013-0.01660.19210.00710.0268.149426.737550.2345
42.0462-0.2643-0.38872.9701-1.52244.71-0.0874-0.00340.30230.11690.15610.0094-0.1916-0.2939-0.06880.1106-0.0293-0.03470.24170.02860.0524-7.115333.074842.4653
55.8844-2.5544-0.35764.56110.56745.01340.44220.50070.5177-0.4337-0.38280.1602-0.55310.0732-0.05940.29690.04340.07350.15520.05830.11525.950945.912216.0493
64.2869-2.8654-3.40573.72211.32813.20410.02940.05240.1936-0.20050.029-0.30710.0896-0.0702-0.05840.25340.0285-0.01330.2020.05730.052823.810636.784817.8489
71.4996-0.0442-0.60640.3136-0.20221.93160.02180.05630.0382-0.102-0.0544-0.03160.0888-0.01490.03260.20060.01810.02120.16270.02510.007420.170833.80126.917
83.0926-1.1131-2.04963.7370.19582.75250.0546-0.17860.1582-0.2507-0.06340.1636-0.4557-0.07260.00880.2487-0.0166-0.06480.1791-0.04180.039720.198250.027336.678
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A32 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 106
3X-RAY DIFFRACTION3A107 - 195
4X-RAY DIFFRACTION4A196 - 272
5X-RAY DIFFRACTION5C43 - 75
6X-RAY DIFFRACTION6C76 - 101
7X-RAY DIFFRACTION7C102 - 210
8X-RAY DIFFRACTION8C211 - 272

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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