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万見
- PDB-5nb9: Structure of the N-terminal domain of the Escherichia Coli ProQ R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nb9
タイトルStructure of the N-terminal domain of the Escherichia Coli ProQ RNA binding protein
要素RNA chaperone ProQ
キーワードRNA / FinO / ProQ / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA strand-exchange activity / RNA strand annealing activity / post-transcriptional regulation of gene expression / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA chaperone ProQ, C-terminal / ProQ C-terminal domain / RNA chaperone ProQ / ProQ/FinO domain superfamily / ProQ/FINO family / ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA chaperone ProQ
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Gonzales, G. / Hardwick, S. / Maslen, S. / Skehel, M. / Holmqvist, E. / Vogel, J. / Bateman, A. / Luisi, B. / Broadhurst, R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust094229/Z/10/Z 英国
引用ジャーナル: RNA / 年: 2017
タイトル: Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein.
著者: Gonzalez, G.M. / Hardwick, S.W. / Maslen, S.L. / Skehel, J.M. / Holmqvist, E. / Vogel, J. / Bateman, A. / Luisi, B.F. / Broadhurst, R.W.
履歴
登録2017年3月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA chaperone ProQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1081
ポリマ－15,1081
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7170 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 50structures with acceptable covalent geometry
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA chaperone ProQ


分子量: 15107.911 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: proQ, ECS88_1884 / プラスミド: ProQ-NTD-pET-DUET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B7MBN8

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D 1H-15N NOESY
131isotropic13D 1H-15N TOCSY
242isotropic23D HNCA
252isotropic23D HN(CO)CA
292isotropic23D HN(CA)CB
282isotropic23D CBCA(CO)NH
272isotropic23D HNCO
262isotropic13D (H)CCH-TOCSY
2102isotropic23D 1H-13C NOESY
2112isotropic22D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution120 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.0025 % 3,3,3-trimethylsilylpropionate, 90% H2O/10% D2OAll samples for nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy were prepared at concentrations of 400-800 uM in buffer containing 20 mM sodium phosphate and 100 mM sodium chloride, supplemented with 1 mM TCEP, protease inhibitor (Roche, 1 tablet/l), 10 % D2O (Sigma) and 0.0025 % 3,3,3- trimethylsilylpropionate (Sigma-Aldrich), in 5 mm Ultra-Imperial grade NMR tubes (Wilmad) to a final volume of 550 uL.15N_sample90% H2O/10% D2O
solution220 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 1 mM TCEP, 0.0025 % 3,3,3-trimethylsilylpropionate, 90% H2O/10% D2OAll samples for nuclear magnetic resonance (NMR) spectroscopy were prepared at concentrations of 400-800 uM in buffer containing 20 mM sodium phosphate and 100 mM sodium chloride, supplemented with 1 mM TCEP, protease inhibitor (Roche, 1 tablet/l), 10 % D2O (Sigma) and 0.0025 % 3,3,3- trimethylsilylpropionate (Sigma-Aldrich), in 5 mm Ultra-Imperial grade NMR tubes (Wilmad) to a final volume of 550 uL.13C_15N_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMTCEPnatural abundance1
0.0025 %3,3,3-trimethylsilylpropionatenatural abundance1
20 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
1 mMTCEPnatural abundance2
0.0025 %3,3,3-trimethylsilylpropionatenatural abundance2
試料状態

イオン強度: 150 mM / Ionic strength err: 20 / pH: 6.5 / PH err: 0.1 / 圧: 1 atm / Pressure err: 0.01 / 温度: 298 K / Temperature err: 0.1

Conditions-IDLabel
115N_sample_1
213C_15N_sample_1

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CcpNmr Analysis2.4CCPNデータ解析
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: See note above about use of RECOORD refinement protocol
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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