+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1klx | ||||||
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Title | Helicobacter pylori cysteine rich protein B (hcpB) | ||||||
Components | Cysteine Rich Protein B | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Structural Genomics / helix-turn-helix / right handed super helix / modular structure' | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Helicobacter pylori (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.95 Å | ||||||
Authors | Luethy, L. / Gruetter, M.G. / Mittl, P.R.E. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2002 Title: The crystal structure of Helicobacter pylori cysteine-rich protein B reveals a novel fold for a penicillin-binding protein. Authors: Luthy, L. / Grutter, M.G. / Mittl, P.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1klx.cif.gz | 38.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1klx.ent.gz | 29.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1klx.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/1klx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/1klx | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15367.736 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Helicobacter pylori (bacteria) / Gene: HP0336 / Plasmid: pTFT74 / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O25103 |
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#2: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 3 Details: PEG 8000, sodium citrate, pH 3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 5.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.95→30 Å / Num. all: 12606 / Num. obs: 12049 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 | |||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / % possible all: 95.6 | |||||||||||||||
Reflection | *PLUS Lowest resolution: 30 Å / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 | |||||||||||||||
Reflection shell | *PLUS Lowest resolution: 2 Å / % possible obs: 49.8 % |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.95→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / SU B: 3.738 / SU ML: 0.108 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.164
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Solvent computation | Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.926 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→30 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement | *PLUS Highest resolution: 1.95 Å / Lowest resolution: 30 Å / Rfactor Rfree: 0.2384 / Rfactor Rwork: 0.1867 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS |