PDB-5n8b: CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE AFPDYLAEYHGG

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n8b

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTAVIDIN WITH PEPTIDE AFPDYLAEYHGG

要素

ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2
Streptavidin

キーワード

BIOTIN BINDING PROTEIN / STREPTAVIDIN / HPQ MOTIF / STREPTAVIDIN PEPTIDE COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

biotin binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avidinii (バクテリア)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.03 Å

データ登録者

Lyamichev, V. / Goodrich, L. / Sullivan, E. / Bannen, R. / Benz, J. / Albert, T. / Patel, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Stepwise Evolution Improves Identification of Diverse Peptides Binding to a Protein Target.
著者: Lyamichev, V.I. / Goodrich, L.E. / Sullivan, E.H. / Bannen, R.M. / Benz, J. / Albert, T.J. / Patel, J.J.

履歴

登録	2017年2月23日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n8b.cif.gz	259.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n8b.ent.gz	208.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n8/5n8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n7xC 5n89C 5n8eC 5n8jC 5n8tC 5n8wC 5n99C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n8e-d 5agy-d 3os9-1 6h3f-d 4zbk-d 2vo4-d 4bx6-d 6c4r-d 1xqc-1 6avk-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Streptavidin

E: ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2

B: Streptavidin

C: ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2

D: Streptavidin

F: ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2

G: Streptavidin

H: ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2

80.8 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.319, 65.763, 78.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Streptavidin 分子量: 18849.672 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avidinii (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22629
#2: タンパク質・ペプチド	ALA-PHE-PRO-ASP-TYR-LEU-ALA-GLU-TYR-HIS-GLY-GLY-NH2 分子量: 1338.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: 0.1M Magnesium chloride 0.1M Sodium citrate pH 5 15% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.77491 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.77491 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.03→75.9 Å / Num. obs: 235380 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.38 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 9.44
反射シェル	解像度: 1.03→1.12 Å / 冗長度: 3.33 % / R_merge(I) obs: 0.65 / Num. unique obs: 54696 / CC_1/2: 0.367 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
XDS	sad	データ削減
SADABS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.03→75.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.98 / SU B: 1.004 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.024 / ESU R Free: 0.024 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.15537	12218	4.9 %	RANDOM
R_work	0.13818	-	-	-
obs	0.13904	235380	99.7 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.495 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.56 Å²	-0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.1 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.03→75.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4013	0	0	964	4977

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	4325
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	3698
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.369	1.898	5978
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.886	3	8581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.031	5	595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.556	23.656	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.181	15	580
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.644	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	664
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5048
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.658	0.853	2200
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.658	0.853	2199
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.898	1.28	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.898	1.28	2754
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.787	0.971	2125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.787	0.971	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.989	1.404	3192
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.585	12.698	5266
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	1.701	10.621	4968
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.808	3	8023
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	21.298	5	645
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	5.163	5	8206

LS精密化シェル

解像度: 1.03→1.057 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.328	896	-
R_work	0.328	17288	-
obs	-	-	99.46 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0653	-0.0669	0.0259	0.3335	-0.071	0.3598	-0.0027	0.0078	-0.0035	0.0243	-0.0092	-0.0113	0.057	0.0434	0.0119	0.0197	0.0056	-0.0109	0.0283	-0.0015	0.0296	13.1609	12.5405	25.8257
2	0.1111	-0.0969	0.1074	0.7584	0.2947	0.9053	-0.002	0.0125	0.0224	0.0338	-0.0156	-0.0887	0.0003	0.1033	0.0175	0.0082	-0.0006	-0.0187	0.0496	0.0049	0.0455	21.9584	21.4555	26.7704
3	0.1055	-0.0761	0.0485	0.414	-0.028	0.4039	-0.0099	0.0038	0.0082	-0.0075	-0.0067	0.0183	-0.11	-0.0141	0.0166	0.034	0.0024	-0.0155	0.0248	0	0.0344	3.306	41.5823	15.7888
4	0.5734	-0.0893	-0.1338	0.3697	0.0668	0.5938	-0.0228	-0.0084	0.0141	0.0375	0.0041	-0.0301	-0.1128	0.06	0.0188	0.0384	-0.0163	-0.0198	0.0301	0.0007	0.0385	12.4872	42.1254	24.1282
5	0.0577	-0.0561	0.0191	0.3854	-0.0751	0.327	-0.014	-0.0079	-0.0053	0.0747	0.0149	0.0727	0.0048	-0.0444	-0.0009	0.022	-0.0017	0.0054	0.0297	-0.0013	0.0414	-1.1184	19.6442	33.1656
6	0.1176	-0.184	0.3128	1.4801	-0.0206	1.0772	0.0137	-0.0258	-0.0479	0.0008	0.0418	0.1876	0.0006	-0.1146	-0.0556	0.0107	0.0006	-0.0065	0.054	-0.0003	0.0846	-9.7432	18.286	24.0928
7	0.0503	-0.0609	0.0148	0.3423	-0.0308	0.4355	0.0103	0.0121	0.0053	-0.0816	-0.0134	-0.0037	-0.0228	0.0302	0.0031	0.0257	0.0004	-0.0105	0.0318	0.0013	0.0309	8.4569	30.3975	3.9893
8	0.6305	-0.2737	-0.0456	0.6471	-0.1149	0.3936	0.0158	0.0007	-0.0201	-0.1276	-0.0034	0.0871	0.0606	-0.023	-0.0124	0.0371	-0.0022	-0.0312	0.0295	-0.0031	0.0406	-0.7947	21.7783	3.4127

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	15 - 135
2	X-RAY DIFFRACTION	2	E	1 - 13
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	16 - 135
4	X-RAY DIFFRACTION	4	C	1 - 13
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	15 - 139
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 13
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	15 - 135
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	1 - 13

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