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- PDB-5n6v: Crystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6v
タイトルCrystal structure of Neisseria polysaccharea amylosucrase mutant derived from Neutral genetic Drift-based engineering
要素Amylosucrase
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase Glucosyl transferase variant neutral drift
機能・相同性
機能・相同性情報


amylosucrase / amylosucrase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain ...: / Amylosucrase, C-terminal domain / Amylosucrase, catalytic domain / RNA polymerase sigma factor, region 2, helix turn helix motif / Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Rna Polymerase Sigma Factor; Chain: A / Oligo-1,6-glucosidase, domain 2 / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
sucrose / beta-D-fructofuranose / alpha-D-glucopyranose / TRIETHYLENE GLYCOL / Amylosucrase
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria polysaccharea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Daude, D. / Verges, A. / Tranier, S.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2019
タイトル: Neutral Genetic Drift-Based Engineering of a Sucrose-Utilizing Enzyme toward Glycodiversification.
著者: Daude, D. / Verges, A. / Cambon, E. / Emond, S. / Tranier, S. / Andre, I. / Remaud-Simeon, M.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amylosucrase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,59010
ポリマ－71,6161
非ポリマー1,9749
水21,0601169
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint21 kcal/mol
Surface area23910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.100, 96.150, 116.920
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1409-

HOH

21A-1728-

HOH

31A-1812-

HOH

41A-1933-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Amylosucrase


分子量: 71616.133 Da / 分子数: 1 / 変異: D37H, V331D, D526N, V609I / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neisseria polysaccharea (バクテリア)
遺伝子: ams / プラスミド: pGEX-6P-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q9ZEU2, amylosucrase

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糖 , 3種, 5分子

#2: 多糖 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose / sucrose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with reducing-end-to-reducing-end glycosidic bond
参照: sucrose
記述子タイププログラム
DFrufb2-1DGlcpaGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[ha122h-2b_2-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Fruf]{[(2+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-GLC / alpha-D-glucopyranose / alpha-D-glucose / D-glucose / glucose / α-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-FRU / beta-D-fructofuranose / beta-D-fructose / D-fructose / fructose / β-D-フルクトフラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DFrufbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-fructofuranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-FrufIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
FruSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 1173分子

#3: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#8: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: PEG 6000, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→48.075 Å / Num. obs: 89712 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.374 % / Biso Wilson estimate: 13.05 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.916 / Net I/σ(I): 14.89
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.646.9290.5613.1865180.8960.60798.9
1.64-1.697.3870.4893.8863660.9310.52699.2
1.69-1.747.620.4334.5861770.9490.46599.2
1.74-1.797.5580.3735.3360350.9560.40199.4
1.79-1.857.4420.3056.4658520.9680.32899.5
1.85-1.917.2780.2637.5256630.9760.28399.6
1.91-1.986.8080.2188.7155010.9790.23699.5
1.98-2.077.640.18510.8553040.9880.19899.8
2.07-2.167.6520.16812.7850700.990.1899.7
2.16-2.267.6360.14814.948850.9920.15999.8
2.26-2.397.4830.1316.7646270.9940.13999.9
2.39-2.536.8960.10718.544210.9930.11799.9
2.53-2.77.7470.09621.8541400.9960.10399.9
2.7-2.927.7410.08124.8338710.9970.08799.9
2.92-3.27.5890.06828.9535800.9980.07399.9
3.2-3.586.9780.05533.7232550.9980.059100
3.58-4.137.3080.04539.6628810.9980.04899.8
4.13-5.067.5110.04242.6824880.9980.04599.9
5.06-7.166.7860.04537.8419290.9980.04999.5
7.16-48.0756.9030.03847.0911490.9990.04198.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1G5A

1g5a


解像度: 1.6→48.075 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.33
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 4500 5.02 %random selection
Rwork0.1484 ---
obs0.15 89654 99.58 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 67.62 Å2 / Biso mean: 17.5553 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→48.075 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5056 0 131 1169 6356
Biso mean--30.56 28.63 -
残基数----628
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2627358
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.141778
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005954
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6371956
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.61820.2381610.20992750291199
1.6182-1.63720.2551400.20862801294199
1.6372-1.65720.24881400.20172797293799
1.6572-1.67820.23841450.19512816296199
1.6782-1.70030.23561640.18952760292499
1.7003-1.72360.20891480.18412799294799
1.7236-1.74820.20461500.18052814296499
1.7482-1.77430.24231390.17472802294199
1.7743-1.8020.21481370.17022802293999
1.802-1.83150.2161560.16662811296799
1.8315-1.86310.19891430.158727892932100
1.8631-1.8970.17021680.15628102978100
1.897-1.93350.20081460.154828392985100
1.9335-1.9730.18011450.155727952940100
1.973-2.01590.21251480.156328352983100
2.0159-2.06280.20071400.15228372977100
2.0628-2.11430.14651560.146627992955100
2.1143-2.17150.16771300.140228743004100
2.1715-2.23540.18181360.136528693005100
2.2354-2.30760.1551610.138828172978100
2.3076-2.390.15641480.141428272975100
2.39-2.48570.1761390.141828713010100
2.4857-2.59880.19711820.144928142996100
2.5988-2.73580.18541450.144928733018100
2.7358-2.90720.17461630.149428673030100
2.9072-3.13170.15931560.140828673023100
3.1317-3.44670.15331630.138328763039100
3.4467-3.94530.14461380.124929203058100
3.9453-4.96980.14981470.121229603107100
4.9698-48.09670.20581660.15713063322999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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