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- PDB-4ehm: RabGGTase in complex with covalently bound Psoromic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ehm
タイトルRabGGTase in complex with covalently bound Psoromic acid
要素(Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ...) x 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / prenylation / inhibition / Psoromic acid / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / isoprenoid binding / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / small GTPase binding / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat ...Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain / Rab geranylgeranyltransferase, alpha subunit, insert-domain superfamily / Rab geranylgeranyl transferase alpha-subunit, insert domain / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Protein prenylyltransferase / Prenyltransferase subunit beta / Protein prenyltransferase, alpha subunit / Protein prenyltransferase alpha subunit repeat / Protein prenyltransferases alpha subunit repeat profile. / PFTB repeat / Prenyltransferase alpha-alpha toroid domain / Glycosyltransferase - #20 / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Leucine-rich repeat domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PJA / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Guo, Z. / Deraeve, C. / Bon, R.S. / Alexandrov, K. / Waldmann, H. / Wu, Y.W. / Goody, R.S. / Blankenfeldt, W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2012
タイトル: Psoromic Acid is a Selective and Covalent Rab-Prenylation Inhibitor Targeting Autoinhibited RabGGTase
著者: Deraeve, C. / Guo, Z. / Bon, R.S. / Blankenfeldt, W. / Dilucrezia, R. / Wolf, A. / Menninger, S. / Stigter, E.A. / Wetzel, S. / Choidas, A. / Alexandrov, K. / Waldmann, H. / Goody, R.S. / Wu, Y.W.
履歴
登録2012年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha
B: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5285
ポリマ－75,0642
非ポリマー4643
水5,747319
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5230 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area26690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.421, 91.078, 114.725
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranyl-geranyltransferase subunit alpha / ...Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranyl-geranyltransferase subunit alpha / Rab GG transferase alpha / Rab GGTase alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha


分子量: 38303.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: UNP residues 1-237 and 353-441 from Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha (Q08602, PGTA_RAT) connected by a linker Ala-Gly-Ser-Gly.
由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ggta, Rabggta / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL
参照: UniProt: Q08602, protein geranylgeranyltransferase type II
#2: タンパク質 Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GG transferase beta / Rab GGTase beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta


分子量: 36760.965 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ggtb, Rabggtb / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3)RIL
参照: UniProt: Q08603, protein geranylgeranyltransferase type II

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非ポリマー , 4種, 322分子

#3: 化合物 ChemComp-PJA / 4-formyl-3-hydroxy-8-methoxy-1,9-dimethyl-11-oxo-11H-dibenzo[b,e][1,4]dioxepine-6-carboxylic acid / Psoromic acid / プソロミン酸


分子量: 358.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H14O8
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 319 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.79 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 20mM Hepes pH7.2, 100mM NaCl, 2mM DTT, 15% PEG 3350, 0.2M Ca Acetate, 0.1M Hepes pH7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→29.4 Å / Num. all: 36057 / Num. obs: 35947 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 7.9 / Observed criterion σ(I): 25.7 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 42.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rsym value: 0.045 / Net I/σ(I): 25.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.2→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 14.376 / SU ML: 0.164 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.225 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25148 1795 5 %RANDOM
Rwork0.18552 ---
obs0.18875 34152 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.542 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å20 Å2
2--0.47 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5067 0 27 319 5413
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.023517
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4091.9667164
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg4.4993.0018570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4265659
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.20524.274241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.32915875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9641529
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.025883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.021064
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.21368
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2310.23671
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1840.22613
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.1230.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0730.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1490.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2480.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1521.53236
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8071.51311
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0625187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.00632027
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1024.51967
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 135 -
Rwork0.249 2481 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.00020.00020.00060.00020.00050.00150.0002-0.0001-0.00010.00010-0.00030.0003-0.0001-0.0002-0.0021-0.00010-0.00090.00010.007113.59636.843316.2554
20.00070.00050.00060.0040.0010.0005-0.00010.00010.00050.0003-0.00010.00030.0003-0.00010.0002-0.002300.0001-0.000700.00692.869325.75418.171
3000000000000000000000-0.73516.409623.6857
4000000000000000000000-8.395743.860629.3183
500-0.0001000.00140-0.0001-0.0003-0.0002-0.00020.00010.000100.0002-0.002200-0.0008-0.00020.006810.53514.010212.1063
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 330
2X-RAY DIFFRACTION1A401
3X-RAY DIFFRACTION2B5 - 331
4X-RAY DIFFRACTION3B401
5X-RAY DIFFRACTION4B402
6X-RAY DIFFRACTION5A501 - 659
7X-RAY DIFFRACTION5B501 - 660

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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