PDB-3hxb: Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3hxb

タイトル

Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 6)

要素

Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / protein prenylation inhibition / Metal-binding /

Prenyltransferase (プレニル基転移酵素) /

Zinc (亜鉛)

機能・相同性

機能・相同性情報

isoprenoid binding / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain /

protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex /

Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation /

small GTPase binding / zinc ion binding /

細胞質
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.25 Å

データ登録者

Guo, Z. / Alexandrov, K. / Waldmann, H. / Goody, R.S. / Blankenfeldt, W.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2009
タイトル: Design, synthesis, and characterization of Peptide-based rab geranylgeranyl transferase inhibitors
著者: Tan, K.T. / Guiu-Rozas, E. / Bon, R.S. / Guo, Z. / Delon, C. / Wetzel, S. / Arndt, S. / Alexandrov, K. / Waldmann, H. / Goody, R.S. / Wu, Y.W. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2009年6月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年9月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年7月26日	Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3hxb.cif.gz	264.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3hxb.ent.gz	212.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3hxb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hxb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hx/3hxb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hxcC 3hxdC 3hxeC 3hxfC 3dssS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dsu-d 3hxd-d 4ehm-d 1tnb-3 1tno-5 1tno-4 3pz1-d 1n4r-11 5de2-d 1n4s-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#96 - 2007年12月酸化スクアレン環化酵素 (Oxidosqualene Cyclase) 類似性 (2) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha

B: Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta

ヘテロ分子

76 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.490, 90.610, 115.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Geranylgeranyl transferase type-2 subunit alpha / Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / ...Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / Rab geranyl-geranyltransferase subunit alpha / Rab GG transferase alpha / Rab GGTase alpha 分子量: 38441.598 Da / 分子数: 1 / 断片: RabGGTase ALPHA-subunit / 変異: DELTA LRR; DELTA IG / 由来タイプ: 組換発現詳細: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rabggta, Ggta / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon-Plus RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08602, protein geranylgeranyltransferase type II
#2: タンパク質	Geranylgeranyl transferase type-2 subunit beta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl- ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GG transferase beta / Rab GGTase beta 分子量: 36892.160 Da / 分子数: 1 / 断片: RABGGTase BETA-subunit / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Rabggtb, Ggtb / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon-Plus RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08603, protein geranylgeranyltransferase type II
#3: 化合物	ChemComp-BD5 / N-[(benzyloxy)carbonyl]-D-tyrosyl-L-phenylalanyl-L-tyrosine / N-(ベンジルオキシカルボニル)-D-Tyr-Phe-Tyr-OH 分子量: 625.668 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₅H₃₅N₃O₈
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 125 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化	温度: 284 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 14% (w/v) PEG3350, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M HEPES, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 284K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9816 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月22日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9816 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.25→30 Å / Num. all: 33732 / Num. obs: 32922 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): 4.9 / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 43.7 Å² / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 18.03
反射シェル	解像度: 2.25→2.35 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 4.86 / Num. unique all: 4004 / R_sym value: 0.327 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0005	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3DSS

3dss

解像度: 2.25→29.4 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.896 / SU B: 18.714 / SU ML: 0.206 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS-REFINEMENT WAS USED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27824	1634	5 %	RANDOM
R_work	0.20667	-	-	-
obs	0.21016	31280	97.64 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.788 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.25→29.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4918	0	47	125	5090

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	5085
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.642	1.967	6910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.811	3.001	10539
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.63	5	627
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.915	23.937	221
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.577	15	818
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.082	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	5661
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.009	0.02	1035
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.231	0.2	4308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.186	0.2	2483
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.111	0.2	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.201	0.2	168
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.022	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.282	0.2	32
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.235	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.779	1.5	3147
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.181	1.5	1276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.979	2	5020
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.343	3	1938
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.939	4.5	1890

LS精密化シェル

解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.355	109	-
R_work	0.262	2304	-
obs	-	-	99.18 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2049	0.0898	0.3767	0.2737	0.2326	0.7121	0.0152	-0.0033	-0.0522	0.0208	-0.0039	-0.0152	0.0262	-0.0059	-0.0113	-0.0156	0.0109	0.0128	0.0069	0.0155	0.01	13.7725	6.605	15.8574
2	0.2242	0.004	0.062	0.2482	0.0903	0.2515	-0.0107	-0.0067	0.0163	0	-0.0196	-0.0131	-0.0094	-0.0512	0.0303	-0.006	0.0114	0.0111	0.0039	-0.0055	0.0061	2.8869	26.1881	17.8993
3	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0.37	16.5435	23.7632
4	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0
6	0.1206	0.0224	0.0311	0.0054	0.004	0.0105	-0.0079	0.0189	-0.0015	0.0002	0.0038	-0.002	0.002	0.0036	0.0041	0.022	-0.0006	-0.0001	0.0126	-0.0019	0.032	10.4155	15.0378	11.7938
7	22.0744	15.7635	-2.1611	11.3019	-1.4995	0.2541	-0.3315	1.4799	-0.543	1.5168	-0.1597	1.1123	-0.0532	1.0007	0.4912	-0.0013	-0.0035	-0.0014	0.0012	0.002	-0.0005	6.5518	20.9194	23.0923

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	11 - 330
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	1 - 333
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Y	1
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Z	1
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A - B	1 - 400
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1 - 332

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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