- PDB-3hxc: Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (... -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3hxc
タイトル
Engineered RabGGTase in complex with a peptidomimetic inhibitor (compound 8)
要素
(Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ...) x 2
キーワード
TRANSFERASE (転移酵素) / protein prenylation inhibition
機能・相同性
機能・相同性情報
isoprenoid binding / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / protein geranylgeranyltransferase type II / RAB geranylgeranylation / Rab-protein geranylgeranyltransferase complex / Rab geranylgeranyltransferase activity / protein geranylgeranylation / small GTPase binding / zinc ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能
Geranylgeranyl transferase type-2 subunit ... , 2種, 2分子 AB
#1: タンパク質
Geranylgeranyltransferasetype-2subunitalpha / Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / ...Geranylgeranyl transferase type II subunit alpha / Rab geranylgeranyltransferase subunit alpha / Rab geranyl-geranyltransferase subunit alpha / Rab GG transferase alpha / Rab GGTase alpha
分子量: 38441.598 Da / 分子数: 1 / 断片: RabGGTase ALPHA-subunit / 変異: DELTA LRR; DELTA IG / 由来タイプ: 組換発現 詳細: coexpression of engineered alpha-subunit from pGATEV and beta-subunit from pET3 0a 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: pGATEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Codon-Plus RIL (DE3) 参照: UniProt: Q08602, protein geranylgeranyltransferase type II
#2: タンパク質
Geranylgeranyltransferasetype-2subunitbeta / Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl- ...Geranylgeranyl transferase type II subunit beta / GGTase-II-beta / Type II protein geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab geranylgeranyltransferase subunit beta / Rab geranyl-geranyltransferase subunit beta / Rab GG transferase beta / Rab GGTase beta
モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9787 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 51454 / Num. obs: 51225 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 4.47 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 35.4 Å2 / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 18.79
反射 シェル
解像度: 1.95→2.05 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.47 / Num. unique all: 7037 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 100
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解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
PHASER
位相決定
REFMAC
5.2.0019
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
精密化
構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 7.448 / SU ML: 0.097 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; TLS-REFINEMENT WAS USED
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.21819
2578
5 %
RANDOM
Rwork
0.16936
-
-
-
obs
0.17175
48641
99.58 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK