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万見
- PDB-6fn0: The animal-like Cryptochrome from Chlamydomonas reinhardtii in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6fn0
タイトルThe animal-like Cryptochrome from Chlamydomonas reinhardtii in complex with 6-4 DNA
要素
  • Cryptochrome photoreceptor
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*GP*GP*(64T)P*(5PY)P*GP*CP*CP*GP*TP*G)-3')
キーワードFLAVOPROTEIN / Cryptochrome / Photolyase / Photoreceptor
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribodipyrimidine photo-lyase activity / entrainment of circadian clock by photoperiod / FAD binding / circadian regulation of gene expression / DNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. ...Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #80 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A; domain 3 / DNA Cyclobutane Dipyrimidine Photolyase, subunit A, domain 3 / Cryptochrome/DNA photolyase class 1 / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain / FAD binding domain of DNA photolyase / DNA photolyase, N-terminal / Cryptochrome/photolyase, N-terminal domain superfamily / DNA photolyase / Photolyase/cryptochrome alpha/beta domain profile. / Cryptochrome/DNA photolyase, FAD-binding domain-like superfamily / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Franz, S. / Ignatz, E. / Wenzel, S. / Zielosko, H. / Yamamoto, J. / Mittag, M. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationFOR 1261-2 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structure of the bifunctional cryptochrome aCRY from Chlamydomonas reinhardtii.
著者: Franz, S. / Ignatz, E. / Wenzel, S. / Zielosko, H. / Putu, E.P.G.N. / Maestre-Reyna, M. / Tsai, M.D. / Yamamoto, J. / Mittag, M. / Essen, L.O.
履歴
登録2018年2月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cryptochrome photoreceptor
C: DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*GP*GP*(64T)P*(5PY)P*GP*CP*CP*GP*TP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,55510
ポリマ－65,1593
非ポリマー1,3957
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6830 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.240, 146.240, 67.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-691-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cryptochrome photoreceptor


分子量: 56593.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
遺伝子: UVR3, CHLREDRAFT_206002 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A8J8W0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 CD

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*GP*CP*GP*GP*(64T)P*(5PY)P*GP*CP*CP*GP*TP*G)-3')


分子量: 4314.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*GP*GP*CP*AP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4250.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)

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非ポリマー , 7種, 118分子

#4: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#5: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#8: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES, pH 5.5, 10 % (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→103.4 Å / Num. obs: 16737 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→61.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 28.85 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.337 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21229 536 3.2 %RANDOM
Rwork0.15727 ---
obs0.15915 16201 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 63.759 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.45 Å20 Å20 Å2
2---1.45 Å20 Å2
3---2.91 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→61.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4028 568 37 111 4744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0184840
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024228
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5071.8686714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04939751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4085497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.52822.408191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78315636
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5811535
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2683
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021153
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5744.7421985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5714.741984
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.687.1072480
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.687.112481
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.5885.0782855
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.5885.0782855
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.7117.5584234
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.6640.9175808
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.6640.9175808
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 43 -
Rwork0.237 1182 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9264-0.4693-0.3480.90510.41710.92580.022-0.13440.3834-0.1173-0.0652-0.0755-0.1052-0.28780.04320.09710.1205-0.03580.2231-0.10320.1168-1.1122-23.0145-11.4384
20.3768-0.7-0.55493.8141-1.98644.73120.00760.1983-0.1874-0.0869-0.21390.32790.2032-0.36210.20630.06390.01-0.04380.2329-0.12970.126-1.6275-50.0631-21.9821
31.28190.17160.43680.5870.46710.4710.0595-0.01-0.0612-0.1180.0601-0.157-0.0903-0.0276-0.11960.09470.00060.03620.2096-0.04540.047622.2003-43.3547-16.9057
47.2836-4.63630.935411.1412-4.68552.3362-0.4743-0.0269-1.1643-0.39780.40280.3560.0919-0.18510.07150.3373-0.10310.08640.1242-0.05830.25998.2519-67.8827-20.1017
50.6779-1.4093-1.36642.95022.92947.809-0.0601-0.09470.05730.15160.1991-0.0680.71080.0888-0.1390.09190.02160.01370.1267-0.05840.173333.6137-63.8206-24.2305
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 133
2X-RAY DIFFRACTION1A171 - 213
3X-RAY DIFFRACTION2A134 - 170
4X-RAY DIFFRACTION3A214 - 521
5X-RAY DIFFRACTION3C7 - 8
6X-RAY DIFFRACTION4C1 - 6
7X-RAY DIFFRACTION4D9 - 14
8X-RAY DIFFRACTION5C9 - 14
9X-RAY DIFFRACTION5D1 - 6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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