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- PDB-5n6s: Thermotoga maritima family 1 Glycoside hydrolase complexed with C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n6s
タイトルThermotoga maritima family 1 Glycoside hydrolase complexed with Carba-Cyclophellitol transition state mimic
要素Beta-glucosidase A
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / carba-cyclophellitol / mimic (擬態)
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル ...Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / グリコシダーゼ / Glycoside hydrolase superfamily / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8P5 / 酢酸塩 / イミダゾール / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Beta-glucosidase A
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Offen, W. / Davies, G.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research CouncilERC-2012-AdG-322942 英国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Carba-cyclophellitols Are Neutral Retaining-Glucosidase Inhibitors.
著者: Beenakker, T.J.M. / Wander, D.P.A. / Offen, W.A. / Artola, M. / Raich, L. / Ferraz, M.J. / Li, K.Y. / Houben, J.H.P.M. / van Rijssel, E.R. / Hansen, T. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / ...著者: Beenakker, T.J.M. / Wander, D.P.A. / Offen, W.A. / Artola, M. / Raich, L. / Ferraz, M.J. / Li, K.Y. / Houben, J.H.P.M. / van Rijssel, E.R. / Hansen, T. / van der Marel, G.A. / Codee, J.D.C. / Aerts, J.M.F.G. / Rovira, C. / Davies, G.J. / Overkleeft, H.S.
履歴
登録2017年2月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22017年5月17日Group: Database references
改定 1.32017年5月24日Group: Database references
改定 1.42024年1月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase A
B: Beta-glucosidase A
C: Beta-glucosidase A
D: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,90438
ポリマ－215,7634
非ポリマー3,14134
水7,260403
1
A: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6889
ポリマ－53,9411
非ポリマー7488
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,13915
ポリマ－53,9411
非ポリマー1,19814
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5377
ポリマ－53,9411
非ポリマー5966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Beta-glucosidase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5407
ポリマ－53,9411
非ポリマー5996
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)71.626, 76.674, 95.257
Angle α, β, γ (deg.)72.34, 86.39, 85.54
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Beta-glucosidase A / Beta-D-glucoside glucohydrolase / Cellobiase / Gentiobiase


分子量: 53940.648 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (テルモトガ・マリティマ)
遺伝子: bglA / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q08638, beta-glucosidase

-
非ポリマー , 8種, 437分子

#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン / イミダゾール


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 化合物
ChemComp-8P5 / azanylidene-[4-[[(1~{S},2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{S},7~{S})-2-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)-7-bicyclo[4.1.0]heptanyl]carbonylamino]butylimino]azanium


分子量: 315.346 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H23N4O5
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル / ポリエチレングリコール


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.55 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 4000, calcium acetate, trimethylamine oxide, imidazole

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→72.92 Å / Num. obs: 109393 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Rpim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 5304 / CC1/2: 0.755 / Rpim(I) all: 0.517 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OD0.PDB

1od0


解像度: 2.1→72.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 8.893 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.296 / ESU R Free: 0.252
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DATA ARE HIGHLY ANISOTROPIC. THERE ARE UNMODELLED REGIONS FOR C212-213, C359-363, C372, C423-427, D233, D361-364, D425-427 and D430-432. ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THE DATA ARE HIGHLY ANISOTROPIC. THERE ARE UNMODELLED REGIONS FOR C212-213, C359-363, C372, C423-427, D233, D361-364, D425-427 and D430-432. THE LIGAND MOLECULES IN THE PROTEIN ACTIVE SITES ARE MODELLED AS FOLLOWS: CHAIN A, IN 2 CONFORMATIONS AT OCCUPANCIES 0.6/0.4, CHAIN B, IN 1 CONFORMATION, CHAIN C, WITH THE CARBA-CYCLOPHELLITOL AND AMIDE GROUPS AT OCCUPANCY 1, AND AZIDOBUTYL GROUP AT OCCUPANCY 0.5, CHAIN D, WITH ONLY THE CARBA-CYCLOPHELLITOL AND AMIDE MOIETIES PRESENT, AT OCCUPANCY 1.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31007 5391 4.9 %RANDOM
Rwork0.23865 ---
obs0.24213 103859 97.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.17 Å2-0.37 Å20.62 Å2
2--0.34 Å21.87 Å2
3---2.48 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.1→72.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14027 0 196 403 14626
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01914808
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0213166
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8791.93520115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.147330373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.21451761
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.69923.534730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.756152213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.5881581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.22071
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.02116615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.023389
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4933.1487033
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4933.1487030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6574.7088788
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6574.7088789
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3043.1827775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3043.1827776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3944.73411310
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.11635.4417005
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.11635.43917005
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 393 -
Rwork0.3 7576 -
obs--96.19 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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