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- PDB-5n5u: Structure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n5u
タイトルStructure of p-boronophenylalanyl tRNA synthetase in complex with p-boronophenylalanine and adenosine monophosphate
要素Tyrosine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / aminoacylation / non-natural amino acid / synthetic biology
機能・相同性
機能・相同性情報


tyrosyl-tRNA aminoacylation / tyrosine-tRNA ligase / tyrosine-tRNA ligase activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. ...Tyrosine-tRNA ligase, type 3 / Tyrosine-tRNA ligase, archaeal/eukaryotic-type / : / Tyrosine-tRNA ligase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Tyrosyl-Transfer RNA Synthetase / Aminoacyl-tRNA synthetase, class Ic / tRNA synthetases class I (W and Y) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class I, conserved site / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-I signature. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-Borono-L-phenylalanine / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Tyrosine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Schiefner, A. / Skerra, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural Basis for the Specific Cotranslational Incorporation of p-Boronophenylalanine into Biosynthetic Proteins.
著者: Schiefner, A. / Nastle, L. / Landgraf, M. / Reichert, A.J. / Skerra, A.
履歴
登録2017年2月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Database references
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.12024年1月17日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6396
ポリマ－35,9771
非ポリマー6635
水3,981221
1
A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子

A: Tyrosine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,27912
ポリマ－71,9532
非ポリマー1,32510
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
Buried area5210 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area27570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.582, 38.735, 82.034
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.280, 90.000
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine--tRNA ligase / Tyrosyl-tRNA synthetase / TyrRS


分子量: 35976.734 Da / 分子数: 1 / 変異: M6L, Y32S, L65A, H70M, D158S, L162E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: tyrS, MJ0389 / プラスミド: pASK75-BpaRS-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q57834, tyrosine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-7N8 / 4-Borono-L-phenylalanine / p-ボロノフェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 209.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H12BNO4
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 % (w/v) PEG 1000, 0.2 M MgCl2, 0.1 M sodium cacodylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.8943 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月29日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8943 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→30 Å / Num. obs: 43906 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.43 % / Biso Wilson estimate: 31.967 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.046 / Χ2: 1.007 / Net I/σ(I): 24.36 / Num. measured all: 326242 / Scaling rejects: 24
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.6-1.77.4970.7173.1872140.9090.77199.5
1.7-1.87.5280.4135.3657120.9660.44499.6
1.8-27.5480.19110.5683160.9920.20599.8
2-37.4670.0532.33158520.9990.05499.9
3-47.1260.02958.7839100.9990.03299.9
4-67.0990.02664.5520420.9990.02899.9
6-86.9790.02564.015140.9990.027100
8-106.440.02163.051750.9990.02395.6
10-305.5440.021581710.9990.02380.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
PHASER2.6.1位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NDA

4nda


解像度: 1.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 4.119 / SU ML: 0.07 / SU R Cruickshank DPI: 0.0864 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.086 / ESU R Free: 0.089
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2129 2100 4.8 %RANDOM
Rwork0.176 ---
obs0.1777 41806 99.67 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 116.05 Å2 / Biso mean: 33.232 Å2 / Biso min: 17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.09 Å2-0 Å2-1.16 Å2
2--1.97 Å20 Å2
3----0.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2473 0 41 222 2736
Biso mean--28.25 39.18 -
残基数----309
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0192609
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022592
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.05123512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.05536003
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8925320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.28324.741116
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2315521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3691516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022883
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02546
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.641 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 161 -
Rwork0.274 3035 -
all-3196 -
obs--99.32 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44390.78391.70071.72380.38481.55410.198-0.1292-0.26540.0741-0.1016-0.11490.2573-0.054-0.09640.0515-0.0112-0.01660.01360.02230.040612.44724.3609100.9138
22.2968-0.75972.29670.9744-0.75675.4873-0.0389-0.02690.24350.0094-0.0607-0.0686-0.41730.01830.09960.0455-0.0040.01260.0165-0.01090.03523.119734.122491.497
35.3890.30531.32620.04060.09580.3705-0.06070.29620.1097-0.03270.0138-0.0095-0.04910.03220.0470.04340.00830.00670.0753-0.02090.04819.265334.1227100.0028
43.65050.06-0.01953.63581.22653.1866-0.0673-0.41210.11690.23940.0132-0.3875-0.16330.37810.05410.0822-0.0196-0.04130.09620.00970.058234.441938.0979111.8301
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 116
2X-RAY DIFFRACTION2A117 - 178
3X-RAY DIFFRACTION3A179 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4A226 - 309

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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