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万見
- PDB-5n5c: NMR solution structure of the TSL2 RNA hairpin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n5c
タイトルNMR solution structure of the TSL2 RNA hairpin
要素RNA (19-MER)
キーワードRNA (リボ核酸) / Terminal Stem-Loop 2 Survival Motor Neuron
機能・相同性リボ核酸 / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Garcia-Lopez, A. / Wacker, A. / Tessaro, F. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Comte, A. / Berntenis, N. / Schmucki, R. / Hatje, K. / Sciarra, D. ...Garcia-Lopez, A. / Wacker, A. / Tessaro, F. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Comte, A. / Berntenis, N. / Schmucki, R. / Hatje, K. / Sciarra, D. / Konieczny, P. / Fournet, G. / Faustino, I. / Orozco, M. / Artero, R. / Goekjian, P. / Metzger, F. / Ebeling, M. / Joseph, B. / Schwalbe, H. / Scapozza, L.
資金援助 ドイツ, スイス, スペイン, 9件
組織認可番号国
European Union261863
iNEXT - European Union Horizon 2020 programme653706
European Union261572
LOEWE program SynChemBio ドイツ
German Research Foundation ドイツ
European Molecular Biology OrganizationALTF 253-2012
SMA Europe17623 and 19243
Schmidheiny Foundation スイス
Generalitat Valenciana - Santiago Grisolia PhD program スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Targeting RNA structure in SMN2 reverses spinal muscular atrophy molecular phenotypes.
著者: Garcia-Lopez, A. / Tessaro, F. / Jonker, H.R.A. / Wacker, A. / Richter, C. / Comte, A. / Berntenis, N. / Schmucki, R. / Hatje, K. / Petermann, O. / Chiriano, G. / Perozzo, R. / Sciarra, D. / ...著者: Garcia-Lopez, A. / Tessaro, F. / Jonker, H.R.A. / Wacker, A. / Richter, C. / Comte, A. / Berntenis, N. / Schmucki, R. / Hatje, K. / Petermann, O. / Chiriano, G. / Perozzo, R. / Sciarra, D. / Konieczny, P. / Faustino, I. / Fournet, G. / Orozco, M. / Artero, R. / Metzger, F. / Ebeling, M. / Goekjian, P. / Joseph, B. / Schwalbe, H. / Scapozza, L.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年6月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (19-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0491
ポリマ－6,0491
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3780 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)40 / 400structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (19-MER)


分子量: 6048.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic32D 1H-1H NOESY
221isotropic12D 1H-1H NOESY
231isotropic32D 1H-1H NOESY
143isotropic23D 1H-13C NOESY
153isotropic32D 12C-filtered 1H-1H NOESY
163isotropic32D 13C-editted 1H-1H NOESY
172isotropic32D 1H-1H TOCSY
182isotropic32D 1H-1H COSY
192isotropic32D 1H-13C HSQC
1103isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
1113isotropic32D 1H-13C HSQC sugar
1121isotropic32D 1H-15N HSQC
1133isotropic23D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.6 mM RNA (19-MER), 50 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 90% H2O/10% D2OH2O90% H2O/10% D2O
solution20.6 mM RNA (19-MER), 50 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 99.8% D2OD2O99.8% D2O
solution30.6 mM [U-98% 13C; U-96-98% 15N]-ADE RNA (19-MER), 50 mM sodium phosphate, 0.1 mM EDTA, 99.8% D2OADE99.8% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMRNA (19-MER)natural abundance1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
0.1 mMEDTAnatural abundance1
0.6 mMRNA (19-MER)natural abundance2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
0.1 mMEDTAnatural abundance2
0.6 mMRNA (19-MER)[U-98% 13C; U-96-98% 15N]-ADE3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
0.1 mMEDTAnatural abundance3
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpH圧 (kPa)温度 (K)
174 mM298K6.4 ambient mbar298 K
271 mM278K6.4 ambient mbar278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002cryoprobe
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9003cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
Sparky3.114Kneller and Goddardchemical shift assignment
Sparky3.114Kneller and Goddardpeak picking
Sparky3.114Kneller and Goddardデータ解析
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Readstructure calculation
ARIA1.2 HJ development versionLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
ARIA1.2 HJ development versionLinge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化
手法ソフトェア番号詳細
simulated annealing7cartesian angle dynamics
molecular dynamics8refinement in water
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 40

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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