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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2awq | ||||||||||||||||||
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タイトル | Solution Structure of pseudouridine-32 modified anticodon stem-loop of E. coli tRNAPhe | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-R(*![]() RNA / tri-loop / Watson-Crick type psi32-A38 base pair | 機能・相同性 | RNA / RNA (> 10) | ![]() 手法 | 溶液NMR / torsion angle randomization simulated annealing, molecular dynamics | ![]() Cabello-Villegas, J. / Nikonowicz, E.P. | ![]() ![]() タイトル: Solution structure of psi32-modified anticodon stem-loop of Escherichia coli tRNAPhe. 著者: Cabello-Villegas, J. / Nikonowicz, E.P. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 338.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 396.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 5466.324 Da / 分子数: 1 / 断片: anticodon arm / 由来タイプ: 合成 詳細: prepared by in vitro transcription and enzymatically pseudouridylated |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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NMR実験の詳細 | Text: pseudouridine assigned using CCH-RELAY type experiments. Base pairing determined from interresidue N-N scalar correlations. Distances derived from multiple mixing time NOESY experiments. |
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試料調製
詳細 |
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試料状態 |
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-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
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放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle randomization simulated annealing, molecular dynamics ソフトェア番号: 1 詳細: structure determined using NOE derived distance constraints, and torsional angle restraints derived from J-couplings. Hydrogen bonds derived from NOESY and NN-COSY data. | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: closest to the average,fewest violations | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 75 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |