PDB-5n4d: Prolyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 25mer ma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5n4d

タイトル

Prolyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 25mer macrocyclization substrate - D661A mutant

要素

Alpha-amanitin proprotein
Prolyl oligopeptidase

キーワード

HYDROLASE / amanitin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form

機能・相同性

機能・相同性情報

oligopeptidase activity / prolyl oligopeptidase / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Galerina marginata (ヒメアジロガサ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Czekster, C.M. / McMahon, S.A. / Ludewig, H. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Characterization of a dual function macrocyclase enables design and use of efficient macrocyclization substrates.
著者: Czekster, C.M. / Ludewig, H. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2017年2月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年11月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2017年11月8日	Group: Atomic model / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / citation ...atom_site / citation / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 2.1	2018年1月24日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.2	2019年10月16日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 2.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5n4d.cif.gz	337.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5n4d.ent.gz	270.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5n4d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/n4/5n4d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n4bC 5n4cC 5n4eC 5n4fC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n4b-1 5n4c-3 5n4c-4 7ne7-d 5n4b-2 2xe4-d 4bp9-5 5n4c-1 7ne5-d 4bp9-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Prolyl oligopeptidase

B: Prolyl oligopeptidase

C: Alpha-amanitin proprotein

D: Alpha-amanitin proprotein

ヘテロ分子

169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Prolyl oligopeptidase

C: Alpha-amanitin proprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Prolyl oligopeptidase

D: Alpha-amanitin proprotein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
84.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.040, 114.880, 141.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Prolyl oligopeptidase 分子量: 81832.594 Da / 分子数: 2 / 変異: D661A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Galerina marginata (ヒメアジロガサ) 遺伝子: POPB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2E7Q8
#2: タンパク質・ペプチド	Alpha-amanitin proprotein 分子量: 2701.964 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Galerina marginata (ヒメアジロガサ) / 参照: UniProt: H2E7Q5, UniProt: A0A067SLB9*PLUS
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 28% PEG6000, 100 mM Tris pH 8.3, 90 mM sodium/potassium phosphate, 12.5mM Hexammine cobalt chloride. Crystals were cryoprotected with 12% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.62→49.52 Å / Num. obs: 204059 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 6.93

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11rc3_2553: ???)	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.62→46.875 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2337	10067	4.94 %
R_work	0.1982	-	-
obs	0.2	203908	99.88 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→46.875 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11708	0	24	1492	13224

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016	12202
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.4	16608
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.619	9813
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	1753
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	2162

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6384	0.3388	335	0.339	6363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6384-1.6577	0.3719	359	0.3197	6375	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6577-1.6779	0.3354	344	0.3057	6385	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6779-1.6991	0.335	332	0.3049	6412	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6991-1.7215	0.3096	306	0.2827	6435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7215-1.7451	0.3044	325	0.27	6418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7451-1.77	0.2822	336	0.2574	6396	X-RAY DIFFRACTION	100
1.77-1.7964	0.288	346	0.253	6383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7964-1.8245	0.2975	329	0.2459	6427	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8245-1.8544	0.2846	317	0.2344	6435	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8544-1.8864	0.2844	315	0.2425	6443	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8864-1.9207	0.2598	342	0.2296	6419	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9207-1.9577	0.2543	321	0.2125	6437	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9577-1.9976	0.2453	311	0.2011	6441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9976-2.041	0.2312	315	0.1933	6430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.0885	0.2287	338	0.1903	6443	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0885-2.1408	0.2387	346	0.1912	6438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1408-2.1986	0.2348	377	0.1871	6401	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1986-2.2633	0.2274	340	0.1872	6436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2633-2.3364	0.2476	324	0.187	6479	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3364-2.4199	0.2357	353	0.1828	6435	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4199-2.5168	0.2355	329	0.1863	6474	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5168-2.6313	0.2414	324	0.1968	6478	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6313-2.77	0.2179	304	0.1945	6542	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.9435	0.226	355	0.1932	6481	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9435-3.1708	0.2314	342	0.1909	6499	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1708-3.4898	0.2205	338	0.1796	6539	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4898-3.9945	0.1949	332	0.1649	6590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9945-5.0317	0.1782	343	0.1521	6612	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0317-46.8943	0.2076	389	0.199	6795	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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