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- PDB-5n4b: Prolyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 25mer ma... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5n4b | ||||||
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Title | Prolyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 25mer macrocyclization substrate - S577A mutant | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE / amanitin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form | ||||||
Function / homology | ![]() prolyl oligopeptidase / oligopeptidase activity / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Czekster, C.M. / McMahon, S.A. / Ludewig, H. / Naismith, J.H. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Characterization of a dual function macrocyclase enables design and use of efficient macrocyclization substrates. Authors: Czekster, C.M. / Ludewig, H. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 625.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 512.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 449.6 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 461.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 71.5 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 111.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 5n4cC ![]() 5n4dC ![]() 5n4eC ![]() 5n4fC ![]() 1h2zS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 81917.648 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S577A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() #2: Protein/peptide | Mass: 2701.964 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) ![]() #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.14 % / Description: small tiles |
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Crystal grow | Temperature: 293.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 9 Details: 28% PEG6000, 100 mM Bicine pH 9.0, 60 mM Magnesium formate, and 2.42% DMSO, 12.5mM Hexammine cobalt chloride, cryoprotected with 12% glycerol |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 4M / Detector: PIXEL / Date: Sep 18, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.961 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.44→100 Å / Num. obs: 288485 / % possible obs: 99.68 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 9.26 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1h2z Resolution: 1.44→43.561 Å / SU ML: 0.13 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 17.57 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.44→43.561 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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