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- PDB-5n4e: Prolyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 35mer hy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n4e
タイトルProlyl oligopeptidase B from Galerina marginata bound to 35mer hydrolysis and macrocyclization substrate - H698A mutant
要素
  • Alpha-amanitin proprotein
  • Prolyl oligopeptidase
キーワードHYDROLASE / amanitin biosynthesis / prolyl oligopeptidase / macrocyclase / peptidase / beta-propeller / closed form
機能・相同性
機能・相同性情報


oligopeptidase activity / prolyl oligopeptidase / toxin activity / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / cytosol
類似検索 - 分子機能
Amanitin toxin / Amanitin/phalloidin toxin / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family ...Amanitin toxin / Amanitin/phalloidin toxin / : / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-amanitin proprotein 1 / Alpha-amanitin proprotein 1 / Dual function macrocyclase-peptidase POPB
類似検索 - 構成要素
生物種Galerina marginata (ヒメアジロガサ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Czekster, C.M. / McMahon, S.A. / Ludewig, H. / Naismith, J.H.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
European Research Council339367 NCB-TNT 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Characterization of a dual function macrocyclase enables design and use of efficient macrocyclization substrates.
著者: Czekster, C.M. / Ludewig, H. / McMahon, S.A. / Naismith, J.H.
履歴
登録2017年2月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月8日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prolyl oligopeptidase
B: Prolyl oligopeptidase
C: Alpha-amanitin proprotein
D: Alpha-amanitin proprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,0765
ポリマ－178,9844
非ポリマー921
水16,916939
1
A: Prolyl oligopeptidase
C: Alpha-amanitin proprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,4922
ポリマ－89,4922
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area28710 Å2
手法PISA
2
B: Prolyl oligopeptidase
D: Alpha-amanitin proprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5843
ポリマ－89,4922
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4040 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.180, 115.000, 141.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12C
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11TRPTRPLYSLYSAA6 - 7276 - 727
21TRPTRPLYSLYSBB6 - 7276 - 727
12PHEPHECYSCYSCC2 - 352 - 35
22PHEPHECYSCYSDD2 - 352 - 35

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Prolyl oligopeptidase


分子量: 85641.797 Da / 分子数: 2 / 変異: H698A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Galerina marginata (ヒメアジロガサ)
遺伝子: POPB / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: H2E7Q8
#2: タンパク質・ペプチド Alpha-amanitin proprotein


分子量: 3850.276 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Galerina marginata (ヒメアジロガサ) / 参照: UniProt: H2E7Q5, UniProt: A0A067SLB9*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 939 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.42 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.7
詳細: 27% PEGMME2000, 90 mM Bicine pH 8.7, 100 mM potassium thiocyanate, and 12.5mM Hexammine cobalt chloride. Crystals were cryoprotected with 13% glycerol.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→31.99 Å / Num. obs: 91770 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 1.8 % / Net I/σ(I): 2.81

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→89.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 20.15 / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.555 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29547 1690 4.9 %RANDOM
Rwork0.24868 ---
obs0.25096 32664 93.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 32.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.18 Å20 Å20 Å2
2---2.87 Å20 Å2
3---5.05 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→89.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11750 0 6 939 12695
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01912085
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210806
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1011.93816418
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.865325114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8951474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.10924.337581
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.341151916
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.3761555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21739
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02113582
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022581
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5413.2485923
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5343.2485922
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6394.8647388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.644.8647389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3493.3446162
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3483.3446162
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.3134.9739031
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.23537.36713745
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.23437.36613745
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A453680.09
12B453680.09
21C14620.11
22D14620.11
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.483 114 -
Rwork0.356 2247 -
obs--88.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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