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- PDB-5n2o: Structure Of P63 SAM Domain L514F Mutant Causative Of AEC Syndrome -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2o
タイトルStructure Of P63 SAM Domain L514F Mutant Causative Of AEC Syndrome
要素Tumor protein 63
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION FACTOR / PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


skin epidermis development / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / anatomical structure formation involved in morphogenesis ...skin epidermis development / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / anatomical structure formation involved in morphogenesis / female genitalia morphogenesis / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / positive regulation of fibroblast apoptotic process / epidermal cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / polarized epithelial cell differentiation / prostate gland development / morphogenesis of a polarized epithelium / proximal/distal pattern formation / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / pattern specification process / sympathetic nervous system development / post-anal tail morphogenesis / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / embryonic limb morphogenesis / hair follicle morphogenesis / positive regulation of Notch signaling pathway / WW domain binding / regulation of epidermal cell division / odontogenesis of dentin-containing tooth / epithelial cell development / positive regulation of stem cell proliferation / keratinocyte proliferation / hair follicle development / epidermis development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / establishment of skin barrier / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / epithelial cell differentiation / MDM2/MDM4 family protein binding / Notch signaling pathway / determination of adult lifespan / stem cell proliferation / skeletal system development / stem cell differentiation / promoter-specific chromatin binding / animal organ morphogenesis / protein tetramerization / positive regulation of apoptotic signaling pathway / cellular senescence / p53 binding / double-stranded DNA binding / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / dendrite / positive regulation of cell population proliferation / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / Transcription Factor, Ets-1 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily ...Tumour protein p63, SAM domain / Transcription Factor, Ets-1 / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Rinnenthal, J. / Wuerz, J.M. / Osterburg, C. / Guentert, P. / Doetsch, V.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationDO 545/8-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Protein aggregation of the p63 transcription factor underlies severe skin fragility in AEC syndrome.
著者: Russo, C. / Osterburg, C. / Sirico, A. / Antonini, D. / Ambrosio, R. / Wurz, J.M. / Rinnenthal, J. / Ferniani, M. / Kehrloesser, S. / Schafer, B. / Guntert, P. / Sinha, S. / Dotsch, V. / Missero, C.
履歴
登録2017年2月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tumor protein 63


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9581
ポリマ－7,9581
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5340 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 Tumor protein 63 / p63 / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L


分子量: 7957.985 Da / 分子数: 1 / 変異: L14F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tp63, P63, P73l, Tp73l, Trp63 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O88898

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic13D HN(CA)CB
121isotropic23D 1H-15N TOCSY
131isotropic23D 1H-15N NOESY
142isotropic22D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1350 uM [U-13C; U-15N] Tumor protein 63, 95% H2O/5% D2O15N_13C_p63SAML514F95% H2O/5% D2O
solution2350 uM Tumor protein 63, 100% D2ONA_p63SAML514F_D2Oex100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
350 uMTumor protein 63[U-13C; U-15N]1
350 uMTumor protein 63natural abundance2
試料状態イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: AMBIENT Pa / 温度: 296 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMRBruker Biospin解析
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
TALOS+Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALpLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 9
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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