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万見
- PDB-6m4c: C. albicans actin interacting protein Aip5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4c
タイトルC. albicans actin interacting protein Aip5
要素C. albicans actin interacting protein Aip5
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Actin / Polarisome / Nucleation promoting factor
機能・相同性SH3-binding, glutamic acid-rich protein / : / SH3-binding, glutamic acid-rich protein / hyphal growth / positive regulation of actin filament bundle assembly / Glutaredoxin domain profile. / Thioredoxin-like superfamily / cytoplasm / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Candida albicans SC5314 (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Loh, Z.Y. / Gao, Y.G. / Xie, Y. / Miao, Y.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Orchestrated actin nucleation by the Candida albicans polarisome complex enables filamentous growth.
著者: Xie, Y. / Loh, Z.Y. / Xue, J. / Zhou, F. / Sun, J. / Qiao, Z. / Jin, S. / Deng, Y. / Li, H. / Wang, Y. / Lu, L. / Gao, Y. / Miao, Y.
履歴
登録2020年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.42023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C. albicans actin interacting protein Aip5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3131
ポリマ－11,3131
非ポリマー00
水25214
1
A: C. albicans actin interacting protein Aip5

A: C. albicans actin interacting protein Aip5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6252
ポリマ－22,6252
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+4/31
単位格子
Length a, b, c (Å)95.116, 95.116, 74.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+5/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+1/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-106-

HOH

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要素

#1: タンパク質 C. albicans actin interacting protein Aip5


分子量: 11312.712 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans SC5314 (酵母) / 株: SC5314 / ATCC MYA-2876 / 遺伝子: orf19.92, CAALFM_C600910CA / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D8PPH3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 0.1M Tris pH 7.4, 0.2M calcium acetate, 12.5% PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50 Å / Num. obs: 5823 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 30.94 % / Biso Wilson estimate: 83.02 Å2 / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 30.51
反射 シェル解像度: 2.65→2.75 Å / Num. unique obs: 602 / CC1/2: 0.84

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6ABR

6abr


解像度: 2.65→47.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 14.57 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.414 / ESU R Free: 0.322 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30573 882 14.4 %RANDOM
Rwork0.25852 ---
obs0.26538 5241 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 90.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.91 Å21.46 Å2-0 Å2
2--2.91 Å20 Å2
3----9.45 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.65→47.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数729 0 0 15 744
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.011742
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6041.6291011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.779597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.78723.540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.7415105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.381154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2100
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it10.1889.809391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.95914.697487
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it10.729.83350
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.6183042
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 62 -
Rwork0.493 367 -
obs--99.77 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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