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- PDB-5n2k: Structure of unbound Briakinumab FAb -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n2k
タイトルStructure of unbound Briakinumab FAb
要素
  • (Briakinumab FAb heavy ...) x 2
  • (Briakinumab FAb light ...) x 2
キーワードIMMUNE SYSTEM / antagonist / antibody / extracellular region
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.219 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
VLAIO ベルギー
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: Structural Activation of Pro-inflammatory Human Cytokine IL-23 by Cognate IL-23 Receptor Enables Recruitment of the Shared Receptor IL-12R beta 1.
著者: Bloch, Y. / Bouchareychas, L. / Merceron, R. / Skladanowska, K. / Van den Bossche, L. / Detry, S. / Govindarajan, S. / Elewaut, D. / Haerynck, F. / Dullaers, M. / Adamopoulos, I.E. / Savvides, S.N.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human antibodies that bind human IL-12 and methods for producing
著者: Salfeld, J. / Smith, S.
履歴
登録2017年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Briakinumab FAb light chain
B: Briakinumab FAb heavy chain
C: Briakinumab FAb light chain
D: Briakinumab FAb heavy chain
E: Briakinumab FAb light chain
F: Briakinumab FAb heavy chain
G: Briakinumab FAb light chain
H: Briakinumab FAb heavy chain
I: Briakinumab FAb light chain
J: Briakinumab FAb heavy chain
K: Briakinumab FAb light chain
L: Briakinumab FAb heavy chain
M: Briakinumab FAb light chain
N: Briakinumab FAb heavy chain
P: Briakinumab FAb heavy chain
O: Briakinumab FAb light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)453,18717
ポリマ－453,12516
非ポリマー621
水18,1051005
1
A: Briakinumab FAb light chain
B: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3220 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19630 Å2
手法PISA
2
C: Briakinumab FAb light chain
D: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area20240 Å2
手法PISA
3
E: Briakinumab FAb light chain
F: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19140 Å2
手法PISA
4
G: Briakinumab FAb light chain
H: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6282
ポリマ－56,6282
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18200 Å2
手法PISA
5
I: Briakinumab FAb light chain
J: Briakinumab FAb heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6903
ポリマ－56,6282
非ポリマー621
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area19290 Å2
手法PISA
6
K: Briakinumab FAb light chain
L: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19180 Å2
手法PISA
7
M: Briakinumab FAb light chain
N: Briakinumab FAb heavy chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3000 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
8
P: Briakinumab FAb heavy chain
O: Briakinumab FAb light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6452
ポリマ－56,6452
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3030 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.250, 172.540, 138.159
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
抗体 , 4種, 16分子 ACEIKMOBDFHLNPGJ

#1: 抗体
Briakinumab FAb light chain


分子量: 25925.178 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the secretion signal is cleaved off likely between residues 29 and 30
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体
Briakinumab FAb heavy chain


分子量: 30719.658 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The secretion signal is cleaved off likely between residues 29 and 30. The purification tag was removed by thrombin digest cleaving between residues 256 and 257.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 Briakinumab FAb light chain


分子量: 25908.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The secretion signal is cleaved off between residues29 and 30.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 抗体 Briakinumab FAb heavy chain


分子量: 30702.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The secretion signal is cleaved off between residues 29 and 30. The purification tag was removed by thrombin digest cleaving between residues 256 and 257.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHLsec / 詳細 (発現宿主): transient transfection / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)

-
非ポリマー , 2種, 1006分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1005 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.89 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Microseed matrix screen. Seed stock 22% (w/v) PEG 3350, 40 mM Glycine. Mother liquor 200 mM NH4I, 20% (w/v) PEG 3350.
PH範囲: 6.2-9.5
Temp details: Molecular Dimensions cooled crystallization incubator

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.219→82.44 Å / Num. obs: 178979 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4.09 % / Biso Wilson estimate: 53.45 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 8.85
反射 シェル解像度: 2.219→2.34 Å / 冗長度: 4.11 % / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 26837 / CC1/2: 0.686 / Rrim(I) all: 0.917 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2614: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Separate constant and variable domains coming from Modeller

解像度: 2.219→81.884 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2153 1.21 %
Rwork0.204 --
obs0.2044 178458 94.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.219→81.884 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25107 0 4 1005 26116
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00326002
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59835561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.35315504
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0454019
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0034565
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2192-2.27090.34041460.288811599X-RAY DIFFRACTION93
2.2709-2.32760.27661390.264311940X-RAY DIFFRACTION97
2.3276-2.39060.29431480.256611976X-RAY DIFFRACTION97
2.3906-2.46090.28991440.249711969X-RAY DIFFRACTION97
2.4609-2.54040.27121410.239911960X-RAY DIFFRACTION96
2.5404-2.63120.26241420.23911932X-RAY DIFFRACTION96
2.6312-2.73650.29061580.230211900X-RAY DIFFRACTION96
2.7365-2.86110.26081410.230811819X-RAY DIFFRACTION95
2.8611-3.01190.24911440.224711789X-RAY DIFFRACTION95
3.0119-3.20060.2541380.2311725X-RAY DIFFRACTION94
3.2006-3.44780.24311440.211311669X-RAY DIFFRACTION94
3.4478-3.79470.2421410.197211590X-RAY DIFFRACTION93
3.7947-4.34380.20891440.172311566X-RAY DIFFRACTION93
4.3438-5.47260.17331420.15411499X-RAY DIFFRACTION92
5.4726-81.93940.21181410.194911372X-RAY DIFFRACTION90
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7501-0.30580.55575.92910.71512.4314-0.0726-0.20180.7826-0.1677-0.0813-0.01-0.2202-0.00020.12860.1884-0.026-0.01210.31470.01530.3961-37.685581.1642-67.0057
24.5345-1.25462.53221.2049-1.20217.46580.04830.66160.1309-0.313-0.2609-0.07150.12470.16810.1730.29990.02430.02250.32150.07250.2417-46.342362.7281-91.6854
34.81990.90751.08583.25861.30931.7763-0.0709-0.87030.7580.1026-0.00160.0827-0.0697-0.2360.08580.22330.0328-0.0450.432-0.07580.5249-59.165285.5056-67.5759
46.7682-1.33810.37523.8750.18013.57080.07680.0774-1.4874-0.0503-0.1219-0.1660.86810.17330.06370.4037-0.0013-0.00780.31460.00970.6781-58.259451.8891-88.7687
56.1936-1.5303-0.35275.2263-0.88343.2976-0.02890.0117-0.30280.16130.0804-0.0228-0.08640.0417-0.0440.2917-0.01430.01260.31110.01570.1589-77.8984-17.9017-11.9302
65.22382.5467-1.60293.8318-2.51443.29720.07780.4566-0.002-1.0794-0.0542-0.6340.23480.1496-0.03740.9270.01960.25730.58190.13680.5533-68.25323.2783-30.7066
73.26380.38610.29186.8723-1.4743.75550.18680.01430.13990.5397-0.0159-0.3951-0.24810.384-0.16640.3411-0.0551-0.04450.375-0.00530.2978-61.3825-8.9-0.0325
83.7074-0.04051.61282.5602-0.94223.15690.1207-0.15150.0353-0.0255-0.2309-0.1546-0.3614-0.11250.0641.0222-0.09260.31090.64290.15770.8214-67.717919.7006-26.2498
91.8128-1.15630.15921.16110.54491.0811.47320.52290.28230.5391-0.2259-0.005-0.1873-1.0086-0.92140.7757-0.07770.32220.55790.11550.9417-61.945515.8428-51.5876
101.8740.9355-0.04664.4557-1.7792.86160.01090.2023-0.3457-0.0657-0.1151-0.02210.2343-0.04220.0940.2465-0.03580.01140.2919-0.00120.3521-16.067826.6917-80.0044
116.76453.1763-0.66844.7662-0.59164.9565-0.35421.06-0.3993-0.55570.4503-0.1502-0.00380.1608-0.12280.3912-0.05360.00360.5341-0.01030.3027-3.730447.4689-95.7812
122.03111.23010.61286.2859-1.53032.87110.4877-0.4762-0.26830.9204-0.3735-0.48320.05560.0526-0.07280.4393-0.1237-0.08860.39030.08060.44640.467932.4834-65.2775
134.9440.25981.25884.6134-1.23224.9341-0.14680.40351.3411-0.32230.18240.83-0.8216-0.34620.05360.5059-0.0106-0.0230.36650.13730.8191-5.546562.9458-89.9912
142.59830.9443-0.244.46071.17762.1294-0.05640.00510.02040.3235-0.03320.00510.26080.19090.08790.30420.06540.00010.36750.07180.3205-13.225-2.90145.602
152.11411.88840.17161.964-0.21264.671.0747-1.62950.37011.8354-1.19720.2624-0.12780.0322-0.08671.2197-0.49270.11951.0936-0.00910.3911-17.608710.025630.0784
164.295-0.3487-1.24465.3842.01824.11080.16530.10620.27060.31250.03480.7996-0.2255-0.6053-0.07740.32620.02220.11220.39490.08460.4743-34.5817-10.16568.9776
177.63392.16970.80651.6669-0.6850.85280.31470.75082.68230.8762-0.56230.8886-0.0521-0.18840.1821.23310.03220.76030.9511-0.13561.9391-31.336819.858228.6356
181.3947-0.0196-0.5332.431.67291.5917-0.1337-0.0484-0.410.3089-0.03790.02630.24160.02840.15380.28710.0012-0.00420.31990.11780.4074-36.781736.8889-59.7823
192.78780.427-1.92912.146-2.28515.8251-0.1486-0.2271-0.05210.06910.03310.05970.24660.18550.11690.4174-0.0125-0.02970.3077-0.01020.2542-41.867850.7489-34.7345
203.53330.2216-0.27334.87052.09262.11350.0344-0.00350.08080.6576-0.23291.14140.2084-0.47130.27760.416-0.06820.20710.39150.01280.7383-57.763330.2797-56.4991
212.89230.0464-0.71265.37750.47516.0141-0.27430.55720.9072-0.2668-0.27330.9602-1.0739-0.4810.44160.50720.0895-0.17160.51180.10820.6743-54.000361.4581-36.9457
221.35-0.7693-0.00617.702-2.14182.601-0.1033-0.51410.01410.3860.0342-0.182-0.13790.04140.03350.26770.0025-0.07660.46660.04950.3208-75.477148.317611.4176
231.7686-0.7032-0.6534.5087-0.1411.366-0.2377-0.5887-0.081.57490.1679-1.0290.23720.41390.09050.92040.1231-0.22690.78950.2450.9601-65.596718.123323.4122
243.1663-0.5148-1.75975.4241-0.62242.96220.0470.0121-0.51-0.3084-0.08710.2690.1161-0.1072-0.04430.26760.0127-0.03820.28020.00450.3566-62.32542.804-6.5907
257.57722.2231-4.23578.2406-5.14064.3455-0.59870.243-0.2775-0.93430.1596-0.78651.0795-0.54430.50290.7305-0.03740.06070.76290.12730.8-70.843912.21979.0156
263.1417-0.3818-1.50345.19871.05963.04880.0710.42650.0732-0.1894-0.21420.143-0.2497-0.17320.12770.20560.0116-0.07480.35040.01520.3083-32.31515.3145-78.0865
273.34733.8936-2.42219.1606-0.98432.5436-0.24160.49110.2784-0.9095-0.02481.59280.2665-0.6410.35740.5694-0.0554-0.09440.9462-0.27450.9973-41.3833-26.2285-91.8963
283.14790.9261-1.544.06480.17031.9343-0.1132-0.0026-0.69410.0807-0.04270.24320.09610.09940.07930.2616-0.03590.02630.3702-0.02540.6121-45.9475-2.4125-61.3513
293.41490.1668-2.28064.02613.20537.1718-0.6035-0.41180.3471.088-0.48511.43541.10771.59690.63870.7273-0.05870.26481.1762-0.11620.9134-38.0645-32.9835-77.4858
303.2071-1.03470.25577.1021-0.20712.3978-0.0365-0.01090.3597-0.25280.0051-0.669-0.17990.09580.03770.2217-0.00710.07160.38070.04620.3505-13.539838.7614-0.8051
311.85020.2149-0.0232.04720.14831.43980.17591.99390.0818-1.3258-0.59260.1005-0.3328-0.00990.2180.99240.3601-0.0891.44150.09840.3665-21.453422.6137-25.6184
324.6003-0.26641.68972.66740.14842.28160.0043-0.41950.30090.1724-0.0113-0.02420.0005-0.1211-0.01690.28290.04720.06620.39870.01840.2428-34.606845.369-0.054
330.44510.3392-0.2461.77510.01030.59980.45851.1185-1.2112-0.6948-0.2740.51430.4403-0.12920.06440.94880.3403-0.47081.1714-0.6181.1344-35.247114.1301-22.8671
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 111 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 112 through 216 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 121 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 122 through 218 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 2 through 105 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 106 through 216 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 1 through 121 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 122 through 212 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 213 through 228 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 123 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 124 through 214 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'F' and (resid 1 through 121 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 122 through 216 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'G' and (resid 1 through 123 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 124 through 213 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'H' and (resid 1 through 121 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'H' and (resid 122 through 215 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'I' and (resid 1 through 123 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'I' and (resid 124 through 214 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'J' and (resid 1 through 120 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'J' and (resid 121 through 217 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'K' and (resid 2 through 123 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'K' and (resid 124 through 215 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'L' and (resid 1 through 121 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'L' and (resid 122 through 215 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'M' and (resid 2 through 118 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'M' and (resid 119 through 213 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'N' and (resid 1 through 121 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'N' and (resid 122 through 215 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'O' and (resid 1 through 111 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'O' and (resid 112 through 213 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'P' and (resid 1 through 108 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'P' and (resid 109 through 216 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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