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- PDB-5n15: First Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 in the unbound form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5n15
タイトルFirst Bromodomain (BD1) from Candida albicans Bdf1 in the unbound form
要素Bromodomain-containing factor 1
キーワードTRANSCRIPTION / Bromodomain
機能・相同性
機能・相同性情報


sporulation resulting in formation of a cellular spore / histone binding / DNA repair / nucleus
類似検索 - 分子機能
NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain ...NET domain superfamily / NET domain profile. / : / NET domain / Bromodomain extra-terminal - transcription regulation / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Bromodomain-containing factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Candida albicans (酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. ...Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号
French National Research AgencyANR-14-CE16-0027-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2017
タイトル: Selective BET bromodomain inhibition as an antifungal therapeutic strategy.
著者: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. ...著者: Mietton, F. / Ferri, E. / Champleboux, M. / Zala, N. / Maubon, D. / Zhou, Y. / Harbut, M. / Spittler, D. / Garnaud, C. / Courcon, M. / Chauvel, M. / d'Enfert, C. / Kashemirov, B.A. / Hull, M. / Cornet, M. / McKenna, C.E. / Govin, J. / Petosa, C.
履歴
登録2017年2月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bromodomain-containing factor 1
B: Bromodomain-containing factor 1
C: Bromodomain-containing factor 1
D: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,15729
ポリマ-61,9084
非ポリマー3,24925
2,270126
1
A: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,85711
ポリマ-15,4771
非ポリマー1,38010
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3308
ポリマ-15,4771
非ポリマー8547
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9855
ポリマ-15,4771
非ポリマー5084
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Bromodomain-containing factor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9855
ポリマ-15,4771
非ポリマー5084
181
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.626, 67.568, 188.542
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Bromodomain-containing factor 1


分子量: 15476.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Candida albicans (酵母) / 遺伝子: BDF1, CaO19.8593, CaO19.978 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5A4W8
#2: 化合物...
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / : I
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.37 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2 M ammonium iodide (pH 6.5) and 26% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→54.9 Å / Num. obs: 27138 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.044 / Net I/σ(I): 14.5
反射 シェル解像度: 2.37→2.45 Å / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.789 / Num. unique obs: 2644 / CC1/2: 0.761 / Rpim(I) all: 0.388 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OSS
解像度: 2.37→48.894 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 1368 5.05 %
Rwork0.2027 --
obs0.2049 27086 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→48.894 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4193 0 44 126 4363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024313
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4545846
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1142722
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037638
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004774
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.37-2.45470.35341400.28792500X-RAY DIFFRACTION100
2.4547-2.5530.33121580.26762529X-RAY DIFFRACTION100
2.553-2.66920.3081470.25352518X-RAY DIFFRACTION100
2.6692-2.80990.30071370.23732543X-RAY DIFFRACTION100
2.8099-2.98590.30461210.23972550X-RAY DIFFRACTION100
2.9859-3.21640.28561130.22622568X-RAY DIFFRACTION100
3.2164-3.540.24951310.19362571X-RAY DIFFRACTION100
3.54-4.05210.21311290.17742590X-RAY DIFFRACTION100
4.0521-5.10430.19951440.16012618X-RAY DIFFRACTION100
5.1043-48.90450.21051480.19292731X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0542-0.1681-0.22150.15890.31880.4682-0.1442-0.20780.0148-0.11860.1372-0.4813-0.2581-1.1885-0.00160.3942-0.02220.05180.5057-0.00970.4509-3.80756.19372.0239
20.00180.0012-0.01520.0944-0.00650.02410.4248-0.272-0.09960.25980.1929-0.7012-0.205-0.2955-0.00061.0756-0.15450.21430.6070.01690.6672-0.0561-13.30144.4824
3-0.0160.0457-0.02230.6396-0.26012.2088-0.0317-0.235-0.2859-0.2805-0.1993-0.60390.84251.09020.10630.66880.1356-0.03980.1040.04680.30813.4234-7.7675-2.03
40.06440.07640.05930.05210.05650.04460.29470.40520.04450.5003-0.1743-0.1202-0.04550.5272-0.00020.34460.021-0.07560.3950.04040.419216.50816.2234-9.9936
50.2584-0.4507-0.19320.45230.34430.2020.01650.09010.10350.297-0.1090.13630.0176-0.21610.00020.3776-0.01880.00250.3177-0.02770.38662.927614.0978-8.0759
60.05340.06990.05090.04160.08110.17890.20670.006-0.14230.56950.02680.120.0039-0.0676-0.00020.4764-0.0333-0.01720.2960.08130.41956.2055-0.35670.9162
70.0509-0.0652-0.03890.04770.05210.03-0.4444-0.27350.3009-0.19260.13280.45750.1678-0.2173-0.00060.5833-0.08570.02770.38490.02620.42250.4236-9.3742-0.4602
80.1132-0.134-0.07870.11520.04690.0766-0.12310.2043-0.1434-0.40510.02230.09150.426-0.193900.4122-0.05090.00490.3158-0.02520.36693.01160.1199-11.8844
90.04670.0537-0.02710.0483-0.02590.0267-0.07680.15230.229-0.15380.4149-0.35840.36580.041-0.00010.43420.0369-0.06170.3228-0.05180.40826.776711.0318-20.336
100.2157-0.19850.13610.1268-0.20170.257-0.32720.42930.136-0.34130.25430.02610.47390.2028-0.01360.41840.04720.03880.2779-0.03250.366313.0974-1.2268-14.844
110.0952-0.0821-0.01770.1170.0206-0.00720.1287-0.79860.488-0.12880.104-0.0810.02030.83670.00070.88320.01060.0890.5232-0.01590.66857.89-22.3672-0.1685
120.1366-0.0121-0.26310.20960.13160.42820.0166-0.33230.0108-0.20010.1515-0.1608-0.15890.31650.00010.41480.0780.02470.3525-0.00260.390712.51018.00889.2232
130.05390.0001-0.02570.079-0.04580.1416-0.218-0.2286-0.6261-0.2692-0.1843-0.54930.3073-0.0458-0.00250.90870.26670.0930.4473-0.01340.59848.3958-6.968421.835
140.24510.23260.19560.2471-0.01951.0089-0.81060.1235-0.00740.7769-0.36461.00840.47-0.724-2.12150.5696-0.15540.2283-0.40020.36860.4268-5.58640.517920.6673
150.27650.0575-0.03930.1230.19290.3532-0.0068-0.15030.1829-0.3194-0.17410.0561-0.4869-0.4592-0.03470.38830.10650.00190.31690.04050.4427-9.869315.150115.4807
160.3289-0.0968-0.48640.20870.38880.67120.1475-0.11350.1662-0.6716-0.1844-0.30390.19080.17840.00040.41440.04650.03040.250.01750.39244.818519.94198.8527
170.08390.0585-0.02220.18120.13320.07880.0240.2163-0.002-0.6945-0.14320.15590.3646-0.2022-0.04140.5329-0.04750.02160.2148-0.01510.39571.93693.686313.7352
181.8223-0.2811-0.14070.32140.19660.1367-0.3783-0.45470.20260.1227-0.0336-0.7546-0.04340.0553-0.1580.56410.13630.00860.27990.10860.33857.5178-0.7721.9569
190.14180.09690.16720.27330.10750.0992-0.0779-0.25660.09270.2253-0.0390.06510.10180.1219-0.01470.3510.0877-0.00430.3653-0.01590.28593.826913.89321.8357
200.0223-0.03090.02330.0610.01240.0393-0.0589-0.06940.55470.17060.03840.14870.2712-0.52650.00010.3522-0.0031-0.0010.25580.00360.4218-0.229326.974618.8739
210.0742-0.00790.11870.26180.24750.37990.05940.10180.02840.4068-0.43530.3141-0.00420.0761-0.0150.3814-0.00280.10560.3634-0.0150.3494-6.435114.429824.1851
220.0217-0.0182-0.02370.01840.03090.0186-0.2670.7147-0.15660.3535-0.08960.17090.22920.3979-0.00110.93770.17740.22550.65710.1270.4887-0.8412-5.775832.3165
230.15250.13180.03540.21410.08890.0210.1056-0.30120.57110.37770.10520.15990.1273-0.0104-0.03220.4127-0.0049-0.00230.8381-0.40340.38082.5928-25.072439.9604
240.7015-0.0450.32080.19670.0770.193-0.09360.2225-0.08990.0217-0.1199-0.241-0.28260.1043-0.0692-0.2941-0.3693-0.550.7683-0.65180.515223.0006-21.03443.3853
250.5197-0.0168-0.24290.0324-0.04240.3535-0.2642-0.3350.9115-0.37620.3986-0.2824-0.61770.60550.19050.628-0.1278-0.03020.4139-0.16490.719121.2219-18.024627.6969
260.13350.0411-0.13120.03930.03650.47480.03560.1338-0.272-1.0119-0.4274-0.11270.0591-0.233-0.03830.7175-0.08-0.10050.27530.07890.62329.8702-22.18616.8902
270.53330.32630.46660.59750.52141.2357-0.228-1.03240.6876-0.1344-0.04580.12280.0068-0.5994-0.02240.40980.1002-0.10170.4954-0.18420.5424-1.5651-28.259227.864
280.02220.05010.04020.04130.02240.0636-0.0704-0.14990.4542-0.5662-0.1030.1353-0.6313-0.3990.0210.5705-0.0232-0.05660.4475-0.20440.628712.114-19.479533.2275
290.2502-0.1131-0.12680.11840.17370.3444-0.0516-0.1372-0.96530.68-0.0764-0.14720.0510.5126-0.00950.53470.0401-0.09360.7903-0.23790.59619.824-24.439539.0509
300.215-0.1953-0.11480.407-0.03180.3019-0.4069-0.26710.1708-0.15930.4727-0.2097-0.06770.20580.80590.34910.0485-0.00850.4056-0.15160.429112.2635-31.651928.3294
310.04230.03640.05350.0949-0.01540.062-0.3841-0.21260.1250.04650.3858-0.29990.5222-0.6471-0.00010.4208-0.0145-0.00660.3586-0.02330.42363.3696-35.733918.3612
320.1039-0.42250.26041.4779-0.8370.6569-0.47310.7901-0.3404-0.58020.7780.0228-0.5450.68210.44550.4268-0.10430.10170.5352-0.14430.375616.1504-28.452819.1327
330.03170.1895-0.02791.3384-0.12810.0134-0.288-0.4927-0.4186-0.53810.44820.266-0.0219-0.5074-0.02060.4355-0.03360.04771.2043-0.30390.765431.1198-24.49132.1422
340.06210.1163-0.0040.07050.12160.04890.3131-0.50870.79110.5117-0.12940.0386-0.236-0.1014-0.00050.4736-0.06110.07510.9304-0.19190.444228.246329.104646.6007
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360.0791-0.1429-0.03120.52620.13860.16-0.2787-0.4112-0.6796-0.0907-0.23450.5290.2302-0.7691-0.07390.4544-0.12950.1270.89630.15880.409310.407415.480143.5636
370.0275-0.03560.01860.0369-0.02720.0125-0.46150.253-0.4153-0.09570.58320.1180.6676-0.143600.6377-0.06090.11620.540.050.531521.42289.957833.2162
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390.446-0.0601-0.28090.0439-0.06460.60890.2084-0.34870.1643-0.0654-0.209-0.1833-0.09450.4093-0.04280.33390.01330.02090.94420.06550.242519.554620.580445.8125
403.0943-0.1028-1.12280.0947-0.25221.44820.3142-0.04370.21640.11220.28650.06470.01860.18730.65290.37880.14020.12341.3178-0.19660.400712.059228.330846.0629
410.19330.14850.08630.2619-0.1220.15620.2174-0.22780.0952-0.3860.1306-0.2041-0.3419-0.28430.01190.34740.0244-0.00560.49360.03880.344819.196124.735133.2982
420.0422-0.0031-0.0120.0604-0.05030.0497-0.3021-0.12360.3254-0.16660.49360.1996-0.3256-0.4783-0.00020.32780.06010.10090.32740.04220.378927.807719.569223.477
430.0080.0513-0.04220.3341-0.31610.2459-0.36470.12280.43390.0899-0.1407-0.13650.3849-0.7127-0.02460.4453-0.11520.02140.5666-0.05840.395815.01215.514430.029
440.05170.00040.0445-0.011-0.00630.0605-0.45290.0046-0.0597-0.11440.0514-0.06920.1267-0.24090.00060.397-0.07250.0221.22410.0190.91870.127523.488942.7824
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 168 through 182 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 183 through 189 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 204 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 205 through 211 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 212 through 233 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 234 through 244 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 245 through 250 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 251 through 266 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 267 through 272 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 273 through 289 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 290 through 304 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 168 through 182 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 183 through 189 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 204 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 205 through 211 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 212 through 233 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 234 through 244 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 245 through 250 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 251 through 266 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 267 through 272 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 273 through 289 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'B' and (resid 290 through 299 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 167 through 182 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 183 through 189 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 190 through 204 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 205 through 211 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'C' and (resid 212 through 233 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'C' and (resid 234 through 244 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'C' and (resid 245 through 250 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'C' and (resid 251 through 266 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'C' and (resid 267 through 272 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'C' and (resid 273 through 289 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'C' and (resid 290 through 296 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 168 through 182 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 183 through 189 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'D' and (resid 190 through 204 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'D' and (resid 205 through 211 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'D' and (resid 212 through 233 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'D' and (resid 234 through 244 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'D' and (resid 245 through 250 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'D' and (resid 251 through 266 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'D' and (resid 267 through 272 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'D' and (resid 273 through 289 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'D' and (resid 290 through 297 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る