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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mxy | ||||||
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タイトル | KustC0563 c-type cytochrome | ||||||
![]() | Cytochrome c-552 Ks_3358 | ||||||
![]() | ELECTRON TRANSPORT / cytochrome / anammox | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mohd, A. / Barends, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Specificity of Small c -Type Cytochromes in Anaerobic Ammonium Oxidation. 著者: Akram, M. / Bock, J. / Dietl, A. / Barends, T.R.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 850.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 851 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 9518.926 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: kustc0563 / 発現宿主: ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 82分子 ![](data/chem/img/HEC.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-HEC / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / | #5: 化合物 | ChemComp-ACT / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 M Zn-acetate, 0.1 M MES pH 6.0, 10% w/v PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年1月2日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 9541 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 12.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Num. unique obs: 1329 / CC1/2: 0.823 / % possible all: 98.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.073 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.9→43.14 Å
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拘束条件 |
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