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- PDB-5mvz: Fab 4AB007 bound to Interleukin-1-beta -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mvz
タイトルFab 4AB007 bound to Interleukin-1-beta
要素
  • Fab 4AB007 H-chain
  • Fab 4AB007 L-chain
  • Interleukin-1 beta
キーワードSIGNALING PROTEIN / Interleukin-1-beta / Fab 4AB007
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process ...positive regulation of T cell mediated immunity / positive regulation of cell adhesion molecule production / negative regulation of adiponectin secretion / monocyte aggregation / negative regulation of lipid metabolic process / smooth muscle adaptation / positive regulation of lipid catabolic process / negative regulation of D-glucose transmembrane transport / regulation of nitric-oxide synthase activity / hyaluronan biosynthetic process / positive regulation of T-helper 1 cell cytokine production / positive regulation of complement activation / cellular response to interleukin-17 / positive regulation of RNA biosynthetic process / positive regulation of tight junction disassembly / positive regulation of prostaglandin biosynthetic process / negative regulation of gap junction assembly / positive regulation of immature T cell proliferation in thymus / positive regulation of prostaglandin secretion / vascular endothelial growth factor production / positive regulation of fever generation / positive regulation of neuroinflammatory response / regulation of defense response to virus by host / positive regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fever generation / CLEC7A/inflammasome pathway / regulation of establishment of endothelial barrier / Interleukin-1 processing / response to carbohydrate / interleukin-1 receptor binding / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of synaptic transmission / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / interleukin-1-mediated signaling pathway / response to ATP / Interleukin-10 signaling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of cell division / positive regulation of glial cell proliferation / Pyroptosis / regulation of neurogenesis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of lipid catabolic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / Purinergic signaling in leishmaniasis infection / negative regulation of MAPK cascade / JNK cascade / positive regulation of T cell proliferation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / neutrophil chemotaxis / embryo implantation / positive regulation of interleukin-2 production / astrocyte activation / positive regulation of mitotic nuclear division / regulation of insulin secretion / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / response to interleukin-1 / secretory granule / positive regulation of protein export from nucleus / cytokine activity / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / Interleukin-1 signaling / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of interleukin-6 production / integrin binding / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / cell-cell signaling / cellular response to lipopolysaccharide / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / lysosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / positive regulation of cell migration / inflammatory response / protein domain specific binding / negative regulation of cell population proliferation / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) ...Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 propeptide / Interleukin-1 conserved site / Interleukin-1 signature. / Interleukin-1 homologues / Interleukin-1 family / Interleukin-1 / 18 / Cytokine IL1/FGF / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional fusion protein / Interleukin-1 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Stark, W. / Seibert, V.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
KTI12972.1 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a novel, fully Human Fab binding to Interleukin 1-beta.
著者: Stark, W. / Seibert, V.
履歴
登録2017年1月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab 4AB007 H-chain
L: Fab 4AB007 L-chain
U: Interleukin-1 beta
A: Fab 4AB007 H-chain
B: Fab 4AB007 L-chain
V: Interleukin-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,63614
ポリマ－146,8996
非ポリマー7378
水11,422634
1
H: Fab 4AB007 H-chain
L: Fab 4AB007 L-chain
U: Interleukin-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8187
ポリマ－73,4503
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Fab 4AB007 H-chain
B: Fab 4AB007 L-chain
V: Interleukin-1 beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8187
ポリマ－73,4503
非ポリマー3684
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)111.041, 158.385, 153.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-426-

HOH

21U-227-

HOH

31B-519-

HOH

41V-224-

HOH

51V-227-

HOH

-
要素

#1: 抗体 Fab 4AB007 H-chain


分子量: 25437.859 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Fab 4AB007 L-chain


分子量: 27678.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Interleukin-1 beta


分子量: 20333.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1B / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: B5BUQ8, UniProt: P01584*PLUS
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 634 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.86 % / 解説: plates
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein mix: 10mg/ml Protein 10mM Imidazole buffer, pH=8.0 50mM NaCl Reservoir: 18% PEG4000 (w/v), 0.1M Hepes pH=7.0, 10mM ATP, Drop Ratio 1:1

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 1.000, 2.066
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年9月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
22.0661
反射解像度: 2.093→47.68 Å / Num. obs: 79698 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.093→2.21 Å / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0071精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→47.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 7.628 / SU ML: 0.199 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.228 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28107 3665 5 %RANDOM
Rwork0.21945 ---
obs0.22253 69661 99.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 65.942 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.59 Å2-0 Å20 Å2
2---0.94 Å2-0 Å2
3---1.53 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.15→47.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8857 0 48 634 9539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.029105
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028455
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.96112346
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.862319587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.64951140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.72724.751362
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.633151514
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.681532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21385
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02110208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022000
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.0166.494593
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.016.494592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.6269.7165722
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.6279.7175723
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.8686.7744510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.8686.7744510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.55610.026625
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.2753.0510565
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.2753.0510565
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.206 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.367 268 -
Rwork0.288 5086 -
obs--99.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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