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- PDB-5muq: Crystal structure of DC8E8 Fab at pH 7.0 containing a Zn atom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5muq
タイトルCrystal structure of DC8E8 Fab at pH 7.0 containing a Zn atom
要素
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody kappa light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / IMIDAZOLE
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.62 Å
データ登録者Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DC8E8 Fab at pH 7.0 containing a Zn atom
著者: Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody kappa light chain
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,1928
ポリマ－95,9234
非ポリマー2694
水48627
1
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0964
ポリマ－47,9612
非ポリマー1342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3880 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area20340 Å2
手法PISA
2
A: antibody Fab heavy chain
B: antibody kappa light chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,0964
ポリマ－47,9612
非ポリマー1342
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area20360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.510, 113.510, 69.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: 抗体 antibody Fab heavy chain


分子量: 23685.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 antibody kappa light chain


分子量: 24275.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M imidazol, 0.02 M ZnSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8166 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8166 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.616→98.3 Å / Num. obs: 29733 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5.8 % / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 28.47
反射 シェル解像度: 2.616→2.67 Å / 冗長度: 4.9 % / Mean I/σ(I) obs: 3.16 / Num. unique all: 1802 / CC1/2: 0.794 / Rrim(I) all: 0.804 / % possible all: 80.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
XDSデータ削減
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4OZ4

4oz4
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.62→98.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 15.645 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.271 / ESU R Free: 0.365
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2794 1503 5.1 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2156 28230 98.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 176.4 Å2 / Biso mean: 73.988 Å2 / Biso min: 34.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.66 Å20.83 Å20 Å2
2--1.66 Å20 Å2
3----5.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.62→98.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6683 0 12 27 6722
Biso mean--112.21 54.22 -
残基数----878
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.026865
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7321.9489337
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.033314187
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0815874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.41124.264258
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.321151091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.9351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.21048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0217590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021382
LS精密化 シェル解像度: 2.616→2.684 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.423 80 -
Rwork0.375 1714 -
all-1794 -
obs--80.05 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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