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万見
- PDB-5mtl: Crystal structure of an amyloidogenic light chain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mtl
タイトルCrystal structure of an amyloidogenic light chain
要素light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / light chain dimer / light chain amyloidosis / immunoglobulin fold / protein aggregation
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set ...Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / : / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Oberti, L. / Rognoni, P. / Russo, R. / Bacarizo, J. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Concurrent structural and biophysical traits link with immunoglobulin light chains amyloid propensity.
著者: Oberti, L. / Rognoni, P. / Barbiroli, A. / Lavatelli, F. / Russo, R. / Maritan, M. / Palladini, G. / Bolognesi, M. / Merlini, G. / Ricagno, S.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
B: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
C: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
D: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,0244
ポリマ－91,0244
非ポリマー00
水79344
1
A: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
B: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5122
ポリマ－45,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19190 Å2
手法PISA
2
C: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein
D: light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5122
ポリマ－45,5122
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2970 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.484, 65.085, 88.386
Angle α, β, γ (deg.)84.96, 86.66, 79.93
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
light chain dimer,IGL@ protein,IGL@ protein


分子量: 22756.051 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGL@ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q567P1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.27 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Sodium cacodylate, 27% w/v PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 126.15 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→28.57 Å / Num. obs: 36581 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 3606 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
SCALAデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5M6I

5m6i


解像度: 2.45→29.289 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 31.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2768 1826 4.99 %
Rwork0.2342 --
obs0.2363 36581 98.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→29.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5921 0 0 44 5965
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046045
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.858262
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.0023634
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05943
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061069
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.45-2.51620.30981320.31272633X-RAY DIFFRACTION98
2.5162-2.59020.37521340.32252694X-RAY DIFFRACTION98
2.5902-2.67380.35211230.30832659X-RAY DIFFRACTION98
2.6738-2.76930.36561530.312676X-RAY DIFFRACTION98
2.7693-2.880.36111410.30092684X-RAY DIFFRACTION98
2.88-3.0110.31851250.28452642X-RAY DIFFRACTION98
3.011-3.16960.33431440.27842699X-RAY DIFFRACTION98
3.1696-3.36790.30991360.25772655X-RAY DIFFRACTION98
3.3679-3.62750.27971400.22962711X-RAY DIFFRACTION98
3.6275-3.99170.27291330.22162664X-RAY DIFFRACTION98
3.9917-4.56740.21761480.17432706X-RAY DIFFRACTION99
4.5674-5.74740.20341610.16982669X-RAY DIFFRACTION99
5.7474-29.29140.23481560.1942663X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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