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- PDB-5mt3: Human insulin in complex with serotonin and arginine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mt3
タイトルHuman insulin in complex with serotonin and arginine
要素(Insulin) x 2
キーワードHORMONE / serotonin / arginine / complex / specificity
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion ...negative regulation of NAD(P)H oxidase activity / negative regulation of glycogen catabolic process / positive regulation of nitric oxide mediated signal transduction / negative regulation of fatty acid metabolic process / Signaling by Insulin receptor / negative regulation of feeding behavior / IRS activation / Insulin processing / regulation of protein secretion / positive regulation of peptide hormone secretion / positive regulation of respiratory burst / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of acute inflammatory response / positive regulation of protein autophosphorylation / alpha-beta T cell activation / positive regulation of dendritic spine maintenance / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein secretion / positive regulation of glycogen biosynthetic process / negative regulation of gluconeogenesis / Signal attenuation / fatty acid homeostasis / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / negative regulation of lipid catabolic process / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of lipid biosynthetic process / negative regulation of oxidative stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / activation of protein kinase B activity / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / nitric oxide-cGMP-mediated signaling / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / Insulin receptor recycling / insulin-like growth factor receptor binding / positive regulation of brown fat cell differentiation / NPAS4 regulates expression of target genes / neuron projection maintenance / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / positive regulation of mitotic nuclear division / Insulin receptor signalling cascade / regulation of transmembrane transporter activity / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / endosome lumen / positive regulation of cytokine production / acute-phase response / positive regulation of D-glucose import / positive regulation of protein secretion / positive regulation of cell differentiation / Regulation of insulin secretion / insulin receptor binding / wound healing / negative regulation of protein catabolic process / hormone activity / regulation of synaptic plasticity / positive regulation of neuron projection development / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / cognition / glucose metabolic process / vasodilation / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / cell-cell signaling / regulation of protein localization / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / protease binding / positive regulation of cell growth / secretory granule lumen / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of cell migration / G protein-coupled receptor signaling pathway / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Insulin / Insulin family / Insulin-like / Insulin/IGF/Relaxin family / Insulin / insulin-like growth factor / relaxin family. / Insulin, conserved site / Insulin family signature. / Insulin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ARGININE / SEROTONIN / Insulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Brzozowski, A.M. / Turkenburg, J.P. / Jiracek, J. / Zakova, L.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Computational and structural evidence for neurotransmitter-mediated modulation of the oligomeric states of human insulin in storage granules.
著者: Palivec, V. / Viola, C.M. / Kozak, M. / Ganderton, T.R. / Krizkova, K. / Turkenburg, J.P. / Haluskova, P. / Zakova, L. / Jiracek, J. / Jungwirth, P. / Brzozowski, A.M.
履歴
登録2017年1月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
I: Insulin
J: Insulin
K: Insulin
L: Insulin
M: Insulin
N: Insulin
O: Insulin
P: Insulin
Q: Insulin
R: Insulin
S: Insulin
T: Insulin
U: Insulin
V: Insulin
W: Insulin
X: Insulin
Y: Insulin
Z: Insulin
a: Insulin
b: Insulin
c: Insulin
d: Insulin
e: Insulin
f: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,63462
ポリマ－93,08232
非ポリマー3,55130
水5,260292
1
A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子

A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子

A: Insulin
B: Insulin
C: Insulin
D: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,56530
ポリマ－34,90612
非ポリマー1,65918
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17560 Å2
ΔGint-330 kcal/mol
Surface area9990 Å2
手法PISA
2
E: Insulin
F: Insulin
G: Insulin
H: Insulin
I: Insulin
J: Insulin
K: Insulin
L: Insulin
M: Insulin
N: Insulin
O: Insulin
P: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,58025
ポリマ－34,90612
非ポリマー1,67413
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area19330 Å2
ΔGint-263 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
3
Q: Insulin
R: Insulin
S: Insulin
T: Insulin
U: Insulin
V: Insulin
W: Insulin
X: Insulin
Y: Insulin
Z: Insulin
a: Insulin
b: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,71218
ポリマ－34,90612
非ポリマー8066
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17930 Å2
ΔGint-254 kcal/mol
Surface area12000 Å2
手法PISA
4
c: Insulin
d: Insulin
e: Insulin
f: Insulin
ヘテロ分子

c: Insulin
d: Insulin
e: Insulin
f: Insulin
ヘテロ分子

c: Insulin
d: Insulin
e: Insulin
f: Insulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,46227
ポリマ－34,90612
非ポリマー1,55615
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area19140 Å2
ΔGint-310 kcal/mol
Surface area10900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)158.640, 158.640, 76.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-101-

ZN

21B-102-

CL

31D-101-

ZN

41D-102-

CL

51d-101-

ZN

61f-101-

ZN

71f-102-

CL

81D-201-

HOH

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 2種, 32分子 ACEGIKMOQSUWYaceBDFHJLNPRTVXZbdf

#1: タンパク質・ペプチド
Insulin


分子量: 2383.698 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308
#2: タンパク質・ペプチド
Insulin


分子量: 3433.953 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P01308

-
非ポリマー , 5種, 322分子

#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#6: 化合物
ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン


分子量: 176.215 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / コメント: 神経伝達物質*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 5 mM ZnAcetate, 35 mM NaCitrate, 1.1 M NaCl, 0.3M Tris pH 7.5, 40 mM serotonin, 100 mM arginine.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.9 Å / Num. obs: 46018 / % possible obs: 98.3 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / CC1/2: 0.758 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MSO

1mso


解像度: 2.02→42.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.28 / ESU R Free: 0.241
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3099 2266 4.9 %RANDOM
Rwork0.2362 ---
obs0.24 46012 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.7 Å2 / Biso mean: 42.855 Å2 / Biso min: 14.41 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.58 Å2-0.29 Å20 Å2
2---0.58 Å20 Å2
3---1.9 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.02→42.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5665 0 218 292 6175
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0196070
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6921.9948252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.935311735
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9555731
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.87623.603247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.58315829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.2621518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026808
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.021313
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.5714.1733017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.5694.1723016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.1776.1993716
LS精密化 シェル解像度: 2.02→2.072 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.405 154 -
Rwork0.372 3216 -
all-3370 -
obs--97.77 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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