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- PDB-5msu: Structure of the R domain of carboxylic acid reductase (CAR) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5msu
タイトルStructure of the R domain of carboxylic acid reductase (CAR) from Mycobacterium marinum in complex with NADP, P21 form
要素Carboxylic acid reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / adenylation domain / carboxylic acid reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid-CoA ligase activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / phosphopantetheine binding / NADP binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain ...Carboxylic acid reductase / Thioester reductase-like domain / Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Carboxylic acid reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium marinum M (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Gahloth, D. / Leys, D.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of carboxylic acid reductase reveal domain dynamics underlying catalysis.
著者: Gahloth, D. / Dunstan, M.S. / Quaglia, D. / Klumbys, E. / Lockhart-Cairns, M.P. / Hill, A.M. / Derrington, S.R. / Scrutton, N.S. / Turner, N.J. / Leys, D.
履歴
登録2017年1月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.country / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.22017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32017年8月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Carboxylic acid reductase
A: Carboxylic acid reductase
B: Carboxylic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)386,0096
ポリマ－383,7793
非ポリマー2,2303
水19,8891104
1
C: Carboxylic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6702
ポリマ－127,9261
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Carboxylic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6702
ポリマ－127,9261
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Carboxylic acid reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,6702
ポリマ－127,9261
非ポリマー7431
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.540, 58.950, 135.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.92, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11C
21A
12C
22B
13A
23B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11CA732 - 1174732 - 1174
21AB732 - 1174732 - 1174
12CA732 - 1173732 - 1173
22BC732 - 1173732 - 1173
13AB732 - 1173732 - 1173
23BC732 - 1173732 - 1173

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Carboxylic acid reductase / CAR / ATP/NADPH-dependent carboxylic acid reductase / Fatty acid reductase


分子量: 127926.203 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium marinum M (バクテリア)
遺伝子: car, fadD9, MMAR_2117 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B2HN69, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Co-crystals of CARmm Red domain with NADPH were obtained in 0.2 M ammonium tartrate dibasic, 20% PEG3350 (SG P21)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→130.36 Å / Num. obs: 156520 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.74→1.8 Å / CC1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSO

5mso


解像度: 1.74→130.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.685 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21299 7843 5 %RANDOM
Rwork0.1884 ---
obs0.18964 148677 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso mean: 41.321 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20.08 Å2
2--1.37 Å20 Å2
3----0.36 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.74→130.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10252 0 135 1104 11491
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.01910620
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.0210022
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4071.98314495
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.269322986
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.77951322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.71523.354480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.93151643
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1291590
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.21644
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02112027
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.022422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6742.6215309
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6622.6215308
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5723.9166624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5723.9166625
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.9833.0225311
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.9823.0225311
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.0044.3747872
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.64122.46512853
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.6422.46512853
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11C540740.07
12A540740.07
21C523100.09
22B523100.09
31A532460.08
32B532460.08
LS精密化 シェル解像度: 1.74→1.785 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.341 561 -
Rwork0.317 10884 -
obs--99.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44230.30150.05020.7784-0.33250.90570.0041-0.14960.00930.042-0.082-0.0186-0.01180.10570.07780.00530.00490.00610.14020.01380.0234-22.201-0.405139.672
22.7207-0.1887-0.38040.3761-0.00691.13190.04660.00680.31380.02590.0095-0.0178-0.03340.0368-0.05610.01660.0186-0.00250.1166-0.0140.08343.268-7.938165.82
30.8557-0.05220.26781.0071-0.15650.58880.06830.152-0.076-0.1559-0.0983-0.04020.09530.04920.030.05570.04080.02590.14370.0060.032-56.531-32.387178.432
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1C732 - 1174
2X-RAY DIFFRACTION2A732 - 1174
3X-RAY DIFFRACTION3B713 - 1174

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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