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- PDB-5ms9: Solution structure of Human Fibrillin-1 EGF2-EGF3-Hybrid1-cbEGF1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ms9
タイトルSolution structure of Human Fibrillin-1 EGF2-EGF3-Hybrid1-cbEGF1 four domain fragment
要素Fibrillin-1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / fibrillin EGF hybrid Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / Elastic fibre formation / metanephros development / camera-type eye development ...post-embryonic eye morphogenesis / extracellular matrix constituent conferring elasticity / sequestering of BMP in extracellular matrix / sequestering of TGFbeta in extracellular matrix / microfibril / embryonic eye morphogenesis / negative regulation of osteoclast development / Elastic fibre formation / metanephros development / camera-type eye development / Molecules associated with elastic fibres / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / extracellular matrix structural constituent / cell adhesion mediated by integrin / lung alveolus development / negative regulation of osteoclast differentiation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / basement membrane / anatomical structure morphogenesis / Integrin cell surface interactions / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / Degradation of the extracellular matrix / extracellular matrix / skeletal system development / Post-translational protein phosphorylation / hormone activity / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / integrin binding / heparin binding / heart development / gene expression / collagen-containing extracellular matrix / endoplasmic reticulum lumen / calcium ion binding / protein-containing complex binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Fibrillin 1, unique N-terminal domain / : / Fibrillin 1 unique N-terminal domain / Fibrillin, first EGF domain / TB domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain profile. / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / EGF domain / EGF domain ...Fibrillin 1, unique N-terminal domain / : / Fibrillin 1 unique N-terminal domain / Fibrillin, first EGF domain / TB domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain profile. / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / EGF domain / EGF domain / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / EGF-like, conserved site / Human growth factor-like EGF / : / Calcium-binding EGF domain / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Robertson, I.B. / Redfield, C. / Handford, P.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/M009831/1 英国
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2017
タイトル: The N-Terminal Region of Fibrillin-1 Mediates a Bipartite Interaction with LTBP1.
著者: Robertson, I.B. / Dias, H.F. / Osuch, I.H. / Lowe, E.D. / Jensen, S.A. / Redfield, C. / Handford, P.A.
#1: ジャーナル: Biomol NMR Assign / 年: 2014
タイトル: 1H, 13C and 15N resonance assignments for the fibrillin-1 EGF2-EGF3-hybrid1-cbEGF1 four-domain fragment.
著者: Robertson, I.B. / Osuch, I. / Yadin, D.A. / Handford, P.A. / Jensen, S.A. / Redfield, C.
履歴
登録2017年1月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年5月8日Group: Data collection / カテゴリ: pdbx_nmr_software / Item: _pdbx_nmr_software.name
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibrillin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9112
ポリマ－18,8711
非ポリマー401
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11700 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Fibrillin-1


分子量: 18870.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FBN1, FBN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35555
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
122isotropic13D 1H-15N NOESY
133isotropic13D 1H-13C NOESY
143isotropic23D 1H-13C NOESY aromatic
153isotropic43D 1H-13C NOESY
173isotropic13D 1H-15N NOESY
162isotropic5IPAP
184anisotropic5IPAP
195anisotropic5IPAP

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM fibrillin-1 e2cb1, 5 mM CALCIUM ION, 100% D2OUnlabelled100% D2O
solution21 mM [U-15N] fibrillin-1 e2cb1, 5 mM CALCIUM ION, 95% H2O/5% D2ON1595% H2O/5% D2O
solution31 mM [U-13C; U-15N] fibrillin-1 e2cb1, 5 mM CALCIUM ION, 95% H2O/5% D2On15-c1395% H2O/5% D2O
bicelle41 mM [U-15N] fibrillin-1 e2cb1, 5 mM CALCIUM ION, 4 % bicelles, 90% H2O/10% D2Obicelles90% H2O/10% D2O
gel solution51 mM [U-15N] fibrillin-1 e2cb1, 5 mM CALCIUM ION, 2.2 % peg-hexanol solution, 90% H2O/10% D2Opeg-hexanol liquid crystal90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMfibrillin-1 e2cb1natural abundance1
5 mMCALCIUM IONnatural abundance1
1 mMfibrillin-1 e2cb1[U-15N]2
5 mMCALCIUM IONnatural abundance2
1 mMfibrillin-1 e2cb1[U-13C; U-15N]3
5 mMCALCIUM IONnatural abundance3
1 mMfibrillin-1 e2cb1[U-15N]4
5 mMCALCIUM IONnatural abundance4
4 %bicellesnatural abundance4
1 mMfibrillin-1 e2cb1[U-15N]5
5 mMCALCIUM IONnatural abundance5
2.2 %peg-hexanol solutionnatural abundance5
試料状態イオン強度: 15 mM / Label: ph 5.4 / pH: 5.4 / 圧: 1 atm / 温度: 268 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Home-built OMEGAHome-builtOMEGA9501
Home-built OMEGAHome-builtOMEGA7502
Home-built OMEGAHome-builtOMEGA6005
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5004

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解析

NMR software
名称開発者分類
Xplor-NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
ARIALinge, O'Donoghue and Nilges精密化
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化
手法ソフトェア番号
simulated annealing1
simulated annealing2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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