PDB-5ms5: Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ms5

タイトル

Low-salt structure of RavZ LIR2-fused human LC3B

要素

RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

キーワード

PROTEIN BINDING / Autophagy / Host-pathogen interaction / Protein binding /RavZ / LIR / LC3

機能・相同性

機能・相同性情報

host intracellular membrane-bounded organelle / symbiont-mediated suppression of host autophagy / SARS-CoV-2 modulates autophagy / protein delipidation / ceramide binding / cellular response to nitrogen starvation / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Legionella pneumophila (バクテリア)

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.53 Å

データ登録者

Pantoom, S. / Vetter, I.R. / Wu, Y.W.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2017
タイトル: Elucidation of the anti-autophagy mechanism of the Legionella effector RavZ using semisynthetic LC3 proteins.
著者: Yang, A. / Pantoom, S. / Wu, Y.W.

履歴

登録	2016年12月31日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ms5.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ms5.ent.gz	97 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ms5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ms5_validation.pdf.gz	460 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ms5_full_validation.pdf.gz	461.3 KB	表示
XML形式データ	5ms5_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5ms5_validation.cif.gz	19.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/5ms5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ms/5ms5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ms2C 5ms6C 5ms7C 5ms8C 2z0eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3qb4-2 1uph-d 4b8t-d 1he7-d 2arf-d 5ms6-1 2yqf-d 2aw2-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (2) #242 - 2020年2月コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (3) #252 - 2020年12月 C型肝炎ウイルスプロテアーゼ/ヘリカーゼ (Hepatitis C Virus Protease/Helicase) 類似性 (1) #249 - 2020年9月 SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase) 類似性 (1) #115 - 2009年7月 β-セクレターゼ (beta-Secretase) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (2)

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「今月の分子」の関連する項目

#203 - 2016年11月
アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy)
類似性 (2)
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コロナウイルスプロテアーゼ (Coronavirus Proteases)
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Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (2)

登録構造単位

A: RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

B: RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

ヘテロ分子

32.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.610, 69.610, 117.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-359- HOH

#1: タンパク質	RavZ,Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta 分子量: 15968.087 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: The fusion protein of RavZ LIR (RESIDUES 25-36) and Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B (RESIDUES 2-119) 由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア), (組換発現) Homo sapiens (ヒト) 遺伝子: lpg1683, MAP1LC3B, MAP1ALC3 / プラスミド: pMAL / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZUV9, UniProt: Q9GZQ8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 198 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.22 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.69 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M citric acid anhydrous and 1.6 M ammonium sulfate PH範囲: 3.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99992 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月16日
放射	モノクロメーター: SI (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99992 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.53→49.222 Å / Num. obs: 44250 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.4 % / B_iso Wilson estimate: 19.73 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.1769 / Net I/σ(I): 14.69
反射シェル	解像度: 1.53→1.585 Å / 冗長度: 24.6 % / R_merge(I) obs: 2.205 / Mean I/σ(I) obs: 1.42 / CC_1/2: 0.165 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2Z0E

2z0e

解像度: 1.53→49.222 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2425	2214	5 %
R_work	0.2078	-	-
obs	0.2096	44237	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.53→49.222 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2099	0	26	198	2323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2169
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.179	2921
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.846	846
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	323
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	375

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.53-1.5633	0.3997	136	0.4195	2573	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5633-1.5996	0.3967	136	0.3865	2583	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5996-1.6396	0.3614	137	0.3652	2599	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6396-1.684	0.3581	134	0.3397	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
1.684-1.7335	0.3683	137	0.3273	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7335-1.7895	0.3843	135	0.3043	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7895-1.8534	0.3182	136	0.2789	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8534-1.9277	0.2653	137	0.235	2602	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9277-2.0154	0.2701	137	0.2157	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0154-2.1216	0.2688	138	0.1984	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1216-2.2546	0.2311	138	0.1845	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2546-2.4287	0.2318	138	0.1786	2622	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4287-2.673	0.2225	141	0.1958	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
2.673-3.0598	0.2327	140	0.192	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0598-3.8548	0.1991	142	0.1724	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8548-49.2472	0.1993	152	0.1709	2864	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5277	-3.0003	-2.8252	7.6304	4.234	6.3379	-0.1371	0.2404	-0.4321	0.0033	0.4373	-0.211	-0.1869	-0.183	-0.1364	0.2232	0.077	0.0503	0.1918	0.0673	0.201	48.1472	-20.7854	-29.5397
2	1.8315	-0.8179	1.5312	1.5809	-1.4434	5.401	-0.0029	0.1523	0.0585	-0.1743	-0.0821	-0.0337	0.1345	0.2214	0.0815	0.1047	-0.0337	0.0026	0.1662	-0.0073	0.1821	45.2439	8.6205	-7.7626
3	4.3793	3.822	0.9313	3.311	0.8263	0.2488	-0.0005	0.49	-0.7195	0.4789	0.2468	-0.9373	0.4695	0.5413	-0.2304	0.661	0.17	0.1033	0.5552	-0.04	0.3683	23.2139	-38.4371	-11.4014
4	8.6336	-6.1088	3.9401	7.6095	-3.8736	5.3013	-0.0674	0.2555	-0.381	-0.3896	-0.1232	0.3263	0.6154	-0.1315	0.138	0.3425	-0.0663	0.0723	0.1482	-0.0361	0.2032	23.9109	-13.0855	-22.2376
5	2.2862	0.5925	-0.8358	3.2797	-1.125	5.803	0.0126	-0.2037	0.0527	0.0896	0.018	-0.0347	-0.1084	0.169	-0.0242	0.1119	-0.0067	-0.0147	0.1079	-0.0267	0.1759	20.1117	-2.2351	-6.957
6	4.9015	-0.2969	-2.3354	7.4647	-0.4301	3.7257	-0.0845	-0.2581	0.0423	-0.1067	0.0294	-0.2844	-0.0912	0.6933	0.0657	0.0776	-0.0114	0.0034	0.1135	-0.0059	0.1854	27.2513	-5.5794	-9.1786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -16 through 4 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 5 through 117 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid -12 through 6 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 7 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 27 through 102 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 103 through 118 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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