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- PDB-5mpf: Structural Basis of Gene Regulation by the Grainyhead Transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mpf
タイトルStructural Basis of Gene Regulation by the Grainyhead Transcription Factor Superfamily
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')
  • Grainyhead-like protein 1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION / grainyhead / GRHL1-DNA complex / DNA-binding domain / transcription factor
機能・相同性
機能・相同性情報


desmosome organization / regulation of keratinocyte differentiation / epidermis development / establishment of skin barrier / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding ...desmosome organization / regulation of keratinocyte differentiation / epidermis development / establishment of skin barrier / PPARA activates gene expression / chromatin DNA binding / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / intracellular membrane-bounded organelle / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
CP2 transcription factor / : / CP2 transcription factor / Grh/CP2 DNA-binding (DB) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Grainyhead-like protein 1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.918 Å
データ登録者Ming, Q. / Roske, Y. / Schuetz, A. / Walentin, K. / Ibraimi, I. / Schmidt-Ott, K.M. / Heinemann, U.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2018
タイトル: Structural basis of gene regulation by the Grainyhead/CP2 transcription factor family.
著者: Ming, Q. / Roske, Y. / Schuetz, A. / Walentin, K. / Ibraimi, I. / Schmidt-Ott, K.M. / Heinemann, U.
履歴
登録2016年12月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Grainyhead-like protein 1 homolog
B: Grainyhead-like protein 1 homolog
E: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,5724
ポリマ－62,5724
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area22950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.034, 59.034, 198.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Grainyhead-like protein 1 homolog / Mammalian grainyhead / NH32 / Transcription factor CP2-like 2 / Transcription factor LBP-32


分子量: 27624.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRHL1, LBP32, MGR, TFCP2L2 / プラスミド: pQlinkH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9NZI5
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*AP*AP*CP*CP*GP*GP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 3661.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 10% (v/v) isopropanol and 0.1 M citric acid, pH 4.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98141 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月19日
放射モノクロメーター: Si111-DCM with sagital bender / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98141 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.918→44.09 Å / Num. obs: 14650 / % possible obs: 99.22 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 59.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.1152 / Net I/σ(I): 10.61
反射 シェル解像度: 2.918→3.022 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.45 / CC1/2: 0.698 / % possible all: 98.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.918→44.085 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2764 728 4.99 %
Rwork0.228 --
obs0.2303 14601 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.918→44.085 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3096 486 0 20 3602
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6655135
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.811335
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.028584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9179-3.14310.3981420.32362752X-RAY DIFFRACTION98
3.1431-3.45930.29651470.25452774X-RAY DIFFRACTION98
3.4593-3.95960.32421450.24392751X-RAY DIFFRACTION99
3.9596-4.98760.25031470.19932789X-RAY DIFFRACTION100
4.9876-44.08980.23451470.2072807X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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