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- PDB-5mp1: Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mp1
タイトルCrystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau peptide at pH 7.5
要素
  • Microtubule-associated protein tau
  • antibody Fab heavy chain
  • antibody Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antibody Fab / complex / tau protein
機能・相同性
機能・相同性情報


plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding ...plus-end-directed organelle transport along microtubule / histone-dependent DNA binding / negative regulation of establishment of protein localization to mitochondrion / neurofibrillary tangle / microtubule lateral binding / axonal transport / tubulin complex / positive regulation of protein localization to synapse / negative regulation of tubulin deacetylation / phosphatidylinositol bisphosphate binding / generation of neurons / rRNA metabolic process / axonal transport of mitochondrion / regulation of mitochondrial fission / axon development / regulation of chromosome organization / central nervous system neuron development / intracellular distribution of mitochondria / minor groove of adenine-thymine-rich DNA binding / lipoprotein particle binding / microtubule polymerization / negative regulation of mitochondrial membrane potential / dynactin binding / regulation of microtubule polymerization / apolipoprotein binding / main axon / protein polymerization / axolemma / glial cell projection / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / regulation of microtubule polymerization or depolymerization / negative regulation of mitochondrial fission / neurofibrillary tangle assembly / positive regulation of axon extension / regulation of cellular response to heat / Activation of AMPK downstream of NMDARs / synapse assembly / positive regulation of superoxide anion generation / regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of protein localization / supramolecular fiber organization / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / regulation of calcium-mediated signaling / cytoplasmic microtubule organization / positive regulation of microtubule polymerization / somatodendritic compartment / axon cytoplasm / astrocyte activation / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / nuclear periphery / regulation of microtubule cytoskeleton organization / protein phosphatase 2A binding / cellular response to reactive oxygen species / Hsp90 protein binding / microglial cell activation / cellular response to nerve growth factor stimulus / synapse organization / protein homooligomerization / PKR-mediated signaling / regulation of synaptic plasticity / SH3 domain binding / response to lead ion / microtubule cytoskeleton organization / memory / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / neuron projection development / cell-cell signaling / single-stranded DNA binding / protein-folding chaperone binding / cellular response to heat / actin binding / microtubule cytoskeleton / cell body / growth cone / double-stranded DNA binding / protein-macromolecule adaptor activity / microtubule binding / dendritic spine / sequence-specific DNA binding / amyloid fibril formation / microtubule / learning or memory / neuron projection / regulation of autophagy / membrane raft / axon / negative regulation of gene expression / neuronal cell body / dendrite / DNA damage response / protein kinase binding / enzyme binding / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / nucleus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Microtubule-associated protein Tau / Microtubule associated protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP protein, tubulin-binding repeat / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat signature. / Tau and MAP proteins tubulin-binding repeat profile. / : / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Microtubule-associated protein tau
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Skrabana, R. / Novak, M. / Cehlar, O. / Kontsekova, E.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of DC8E8 Fab in the complex with a 14-mer tau peptide at pH 7.5
著者: Skrabana, R. / Novak, M.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年5月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年3月11日Group: Polymer sequence / Refinement description / カテゴリ: entity_poly / refine_hist
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _refine_hist.d_res_high
改定 2.12024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody Fab light chain
A: Microtubule-associated protein tau
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody Fab light chain
B: Microtubule-associated protein tau
F: antibody Fab heavy chain
G: antibody Fab light chain
E: Microtubule-associated protein tau
J: antibody Fab heavy chain
K: antibody Fab light chain
I: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)197,78112
ポリマ－197,78112
非ポリマー00
水00
1
C: antibody Fab heavy chain
D: antibody Fab light chain
B: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4453
ポリマ－49,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19170 Å2
手法PISA
2
F: antibody Fab heavy chain
G: antibody Fab light chain
E: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4453
ポリマ－49,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4320 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
3
J: antibody Fab heavy chain
K: antibody Fab light chain
I: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4453
ポリマ－49,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
4
H: antibody Fab heavy chain
L: antibody Fab light chain
A: Microtubule-associated protein tau


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4453
ポリマ－49,4453
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area19200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.370, 82.370, 89.800
Angle α, β, γ (deg.)88.120, 84.780, 89.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体
antibody Fab heavy chain


分子量: 23800.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体
antibody Fab light chain


分子量: 24172.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: タンパク質・ペプチド
Microtubule-associated protein tau / Neurofibrillary tangle protein / Paired helical filament-tau / PHF-tau


分子量: 1471.722 Da / 分子数: 4 / Fragment: UNP Residues 615-628 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10636
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.27 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 4000; 10% 2-Propanol, 0.1 M Na-HEPES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年8月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.882
11-H, K, -L20.118
反射解像度: 3.1→39.83 Å / Num. obs: 24488 / % possible obs: 78.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.722 % / Biso Wilson estimate: 30.496 Å2 / CC1/2: 0.987 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 9.64
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.181.5710.3132.670.741160.2
3.18-3.271.6120.2573.220.802172.9
3.27-3.361.660.2213.920.853183.5
3.36-3.471.7030.1695.310.917182.5
3.47-3.581.6870.145.890.944183.2
3.58-3.711.7140.1256.770.957181.3
3.71-3.851.7130.1197.170.954182.8
3.85-41.7090.0988.610.97181.6
4-4.181.7310.07610.590.981181.7
4.18-4.381.7360.06711.720.987181
4.38-4.621.7440.05213.60.992180.5
4.62-4.91.7750.05214.30.99180.1
4.9-5.241.7670.05314.340.992179.6
5.24-5.661.7830.05813.690.988179.3
5.66-6.21.7910.06511.60.988178.7
6.2-6.931.8190.06611.620.987177.5
6.93-81.8290.04316.260.995177.4
8-9.81.8420.02724.210.998175.7
9.8-13.861.8630.0229.270.999175.6
13.86-39.831.9080.02626.930.998149.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4OZ4

4oz4
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→39.83 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.799 / SU B: 27.786 / SU ML: 0.492 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.148
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2684 1257 5.1 %RANDOM
Rwork0.2221 ---
obs0.2245 23219 71.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 128.59 Å2 / Biso mean: 41.823 Å2 / Biso min: 13.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--9.02 Å215.35 Å2-1.75 Å2
2---19.15 Å2-12.31 Å2
3---28.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.1→39.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13383 0 0 0 13383
残基数----1758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0213723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0212430
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4321.94418664
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.969328816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.85451742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29724.302523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.182152174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6611547
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.22096
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02115403
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023040
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.189 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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