PDB-5mnr: Thermolysin in complex with inhibitor JC256

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mnr

タイトル

Thermolysin in complex with inhibitor JC256

要素

Thermolysin

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Phosphonamidate / Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

thermolysin / metalloendopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.249 Å

データ登録者

Cramer, J. / Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Paying the Price of Desolvation in Solvent-Exposed Protein Pockets: Impact of Distal Solubilizing Groups on Affinity and Binding Thermodynamics in a Series of Thermolysin Inhibitors.
著者: Cramer, J. / Krimmer, S.G. / Heine, A. / Klebe, G.

履歴

登録	2016年12月13日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年1月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mnr.cif.gz	208.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mnr.ent.gz	167.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mnr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mnr_validation.pdf.gz	725.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mnr_full_validation.pdf.gz	725.9 KB	表示
XML形式データ	5mnr_validation.xml.gz	17.3 KB	表示
CIF形式データ	5mnr_validation.cif.gz	27.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mn/5mnr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5n2tC 5n2xC 5n2zC 5n31C 5n34C 5n3vC 5n3yC 8tlnS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h57-d 5m9w-d 1kto-d 5onp-d 6d5n-d 3p7v-d 5tae-d 5onr-d 2whz-d 6d5t-d 3p7p-d 1kei-d 2g4z-d 4mxj-d 6tli-d 3qh1-d 5tak-d 5wr2-d 4tnl-d 8tln-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

E: Thermolysin

ヘテロ分子

35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.735, 92.735, 130.538
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	E-633- HOH
2	1	E-776- HOH
3	1	E-812- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 E

#1: タンパク質	Thermolysin / Thermostable neutral proteinase 分子量: 34360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然由来: (天然) Bacillus thermoproteolyticus (バクテリア) 参照: UniProt: P00800, thermolysin

-
非ポリマー , 6種, 416分子

#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-JC2 / (2~{S})-4-azanyl-2-[[(2~{S})-4-methyl-2-[[oxidanyl(phenylmethoxycarbonylaminomethyl)phosphoryl]amino]pentanoyl]amino]butanoic acid 分子量: 458.446 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₉H₃₁N₄O₇P
#6: 化合物	ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.54 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.9 M CsCl, 50 mM Tris (pH 7.5), 50% DMSO

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月17日
放射	モノクロメーター: Si-111 crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.249→50 Å / Num. obs: 91757 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / CC_1/2: 1 / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 25.38
反射シェル	解像度: 1.249→1.32 Å / 冗長度: 12.9 % / R_merge(I) obs: 0.478 / Mean I/σ(I) obs: 4.94 / CC_1/2: 0.938 / % possible all: 99.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
Coot	0.8 (revision 5201)	モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8TLN

8tln

解像度: 1.249→40.155 Å / SU ML: 0.06 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 8.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1268	4588	5 %
R_work	0.1029	-	-
obs	0.104	91748	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.249→40.155 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2421	0	56	406	2883

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2624
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	3590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.866	903
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.09	379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	477

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2489-1.2631	0.1439	147	0.1216	2801	X-RAY DIFFRACTION	98
1.2631-1.2779	0.1437	151	0.1198	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2779-1.2935	0.1397	151	0.1142	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2935-1.3099	0.1349	150	0.1137	2849	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3099-1.3271	0.1516	152	0.106	2882	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3271-1.3453	0.1378	150	0.1049	2857	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3453-1.3645	0.121	151	0.1011	2865	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3645-1.3849	0.1278	151	0.0992	2874	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3849-1.4065	0.1527	151	0.0992	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4065-1.4296	0.1333	151	0.0921	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4296-1.4542	0.1058	152	0.0908	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4542-1.4807	0.1228	151	0.0848	2878	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4807-1.5092	0.1191	151	0.0854	2864	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5092-1.54	0.1185	152	0.0822	2890	X-RAY DIFFRACTION	100
1.54-1.5735	0.1046	153	0.0796	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5735-1.6101	0.1049	151	0.0787	2868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6101-1.6503	0.0897	152	0.0787	2901	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6503-1.6949	0.1115	152	0.0834	2885	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6949-1.7448	0.1305	153	0.0863	2899	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7448-1.8011	0.1218	152	0.0847	2895	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8011-1.8655	0.1028	153	0.0924	2911	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8655-1.9402	0.1165	154	0.0967	2914	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9402-2.0285	0.1177	153	0.0973	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0285-2.1354	0.1115	155	0.0979	2928	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1354-2.2692	0.1187	154	0.1017	2930	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2692-2.4444	0.1091	155	0.1003	2950	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4444-2.6904	0.1385	156	0.1054	2957	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6904-3.0795	0.1476	157	0.1092	2992	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0795-3.8794	0.14	159	0.1179	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8794-40.1762	0.1436	168	0.1306	3181	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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