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万見
- PDB-5mle: Crystal Structure of Human Dihydropyrimidinease-like 2 (DPYSL2A)/... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mle
タイトルCrystal Structure of Human Dihydropyrimidinease-like 2 (DPYSL2A)/Collapsin Response Mediator Protein (CRMP2 13-516) Mutant Y479E/Y499E
要素Dihydropyrimidinase-related protein 2
キーワードHYDROLASE / CRMP2 / phospho-mutant / Ovarian cancer / Microtubule associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton ...dihydropyrimidinase activity / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in cyclic amides / CRMPs in Sema3A signaling / nucleobase-containing compound metabolic process / Recycling pathway of L1 / cytoskeleton organization / endocytosis / nervous system development / cell differentiation / cytoskeleton / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll ...Hydantoinase/dihydropyrimidinase / : / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Dihydropyrimidinase-related protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Sethi, R. / Zheng, Y. / Talon, R. / Velupillai, S. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Ahmed, A.A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Tuning microtubule dynamics to enhance cancer therapy by modulating FER-mediated CRMP2 phosphorylation.
著者: Zheng, Y. / Sethi, R. / Mangala, L.S. / Taylor, C. / Goldsmith, J. / Wang, M. / Masuda, K. / Karaminejadranjbar, M. / Mannion, D. / Miranda, F. / Herrero-Gonzalez, S. / Hellner, K. / Chen, F. ...著者: Zheng, Y. / Sethi, R. / Mangala, L.S. / Taylor, C. / Goldsmith, J. / Wang, M. / Masuda, K. / Karaminejadranjbar, M. / Mannion, D. / Miranda, F. / Herrero-Gonzalez, S. / Hellner, K. / Chen, F. / Alsaadi, A. / Albukhari, A. / Fotso, D.C. / Yau, C. / Jiang, D. / Pradeep, S. / Rodriguez-Aguayo, C. / Lopez-Berestein, G. / Knapp, S. / Gray, N.S. / Campo, L. / Myers, K.A. / Dhar, S. / Ferguson, D. / Bast, R.C. / Sood, A.K. / von Delft, F. / Ahmed, A.A.
履歴
登録2016年12月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Dihydropyrimidinase-related protein 2
A: Dihydropyrimidinase-related protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,12917
ポリマ－110,0722
非ポリマー1,05615
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4930 Å2
ΔGint6 kcal/mol
Surface area33270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.900, 185.820, 196.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Dihydropyrimidinase-related protein 2 / DRP-2 / Collapsin response mediator protein 2 / CRMP-2 / N2A3 / Unc-33-like phosphoprotein 2 / ULIP-2


分子量: 55036.039 Da / 分子数: 2 / 変異: Y479E/Y499E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DPYSL2, CRMP2, ULIP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q16555
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: (0.2M magnesium chloride, 25% PEG 3350 and 0.1M bis-tris buffer pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→83.98 Å / Num. obs: 46370 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 6.8 % / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 6.21

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GSE

2gse


解像度: 2.48→83.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 14.43 / SU ML: 0.278 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.377 / ESU R Free: 0.264 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25408 2328 5 %RANDOM
Rwork0.20601 ---
obs0.20851 44041 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.48→83.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7206 0 63 175 7444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0197418
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.95210039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.042315967
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4825943
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.5824.984321
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.308151242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2981534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.21136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0218244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021422
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3923.9183763
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3693.9173762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7925.8664700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.7955.8684701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5914.2193655
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5894.2193655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2346.1875337
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.87145.8127845
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.87145.827846
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.48→2.544 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.411 175 -
Rwork0.38 3214 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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