PDB-5mkk: Crystal structure of the heterodimeric ABC transporter TmrAB, a h...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mkk

タイトル

Crystal structure of the heterodimeric ABC transporter TmrAB, a homolog of the antigen translocation complex TAP

要素

(Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein) x 2

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / multidrug resistance / antigenic peptide transporter TAP / lipid transport

機能・相同性

機能・相同性情報

ABC-type oligopeptide transporter activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Noell, A. / Thomas, C. / Tomasiak, T.M. / Olieric, V. / Wang, M. / Diederichs, K. / Stroud, R.M. / Pos, K.M. / Tampe, R.

資金援助

ドイツ,

米国, 4件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and mechanistic basis of a functional homolog of the antigen transporter TAP.
著者: Noll, A. / Thomas, C. / Herbring, V. / Zollmann, T. / Barth, K. / Mehdipour, A.R. / Tomasiak, T.M. / Bruchert, S. / Joseph, B. / Abele, R. / Olieric, V. / Wang, M. / Diederichs, K. / Hummer, ...

履歴

登録	2016年12月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月8日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mkk.cif.gz	482.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mkk.ent.gz	398.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mkk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/5mkk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mk/5mkk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4q4h-d 4q4j-d 5tv4-d 4n2c-1 4rwt-d 2dex-1 1wda-1 5ta0-3 6pam-1 4dkt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#123 - 2010年3月 P-糖タンパク質 (P-glycoprotein) 類似性 (10) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein

B: Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein

ヘテロ分子

134 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.371, 93.371, 1043.950
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

#1: タンパク質	Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein 分子量: 69095.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア) 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C0976 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72J05
#2: タンパク質	Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding and permease protein 分子量: 64503.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア) 株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_C0977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q72J04
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.98 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 26-30% PEG 400, 0.1 M Na3Citrate/HCl pH 3.5, 0.1 M Li2SO4, 0-2.5 mM CYMAL-5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→48.9 Å / Num. obs: 77034 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.7 % / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / CC_1/2: 0.276 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.9 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.39

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2715	3853	5 %
R_work	0.2261	-	-
obs	0.2284	77034	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→48.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9291	0	10	10	9311

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9492
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.141	12864
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.393	3489
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.042	1469
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1633

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7-2.7329	0.4256	135	0.3601	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7329-2.7675	0.4162	132	0.3438	2515	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7675-2.8039	0.3316	135	0.3276	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8039-2.8423	0.3681	134	0.3079	2560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8423-2.8829	0.3555	133	0.2998	2518	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8829-2.926	0.3326	136	0.288	2578	X-RAY DIFFRACTION	100
2.926-2.9717	0.3166	132	0.2706	2514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9717-3.0204	0.3196	136	0.2713	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0204-3.0725	0.3101	132	0.2722	2506	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0725-3.1283	0.3303	138	0.2827	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1283-3.1885	0.333	132	0.2791	2501	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1885-3.2536	0.3006	136	0.2605	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2536-3.3243	0.2708	136	0.2419	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3243-3.4016	0.2801	134	0.2441	2550	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4016-3.4866	0.2958	136	0.2266	2582	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4866-3.5809	0.2518	139	0.2281	2633	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5809-3.6862	0.2516	134	0.2243	2554	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6862-3.8052	0.2722	135	0.2257	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8052-3.9411	0.2677	139	0.2119	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9411-4.0988	0.2366	137	0.1914	2592	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0988-4.2853	0.2474	139	0.1943	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2853-4.5111	0.2129	138	0.1835	2628	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5111-4.7935	0.2355	139	0.1656	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7935-5.1632	0.1948	142	0.1667	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1632-5.6821	0.2533	140	0.187	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6821-6.5027	0.2701	144	0.2261	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5027-8.1864	0.2886	148	0.2415	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
8.1864-48.9128	0.3051	162	0.2652	3064	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0973	0.2191	0.2728	0.6055	0.2812	0.6954	0.0578	0.077	0.0648	-0.7369	-0.2441	0.0693	0.4311	0.2491	0.0487	1.0875	0.2918	0.0216	1.0579	-0.2758	0.702	6.5056	32.4835	-51.9663
2	2.2685	1.089	-0.4522	1.1824	0.322	1.3425	0.0271	-0.085	0.2606	-0.0056	-0.1376	0.147	0.1153	-0.2193	0.0831	0.6037	0.0261	0.0024	0.6593	-0.3094	0.8922	-0.7084	66.3426	-7.6337
3	0.3413	-0.3582	0.3005	0.3735	-0.1747	0.5463	0.3611	0.304	0.0835	-0.7794	-0.0656	-0.424	0.1285	-0.1137	0.0704	1.1901	0.1581	0.2404	0.9364	-0.3786	0.7774	20.2072	28.7845	-43.649
4	1.5392	0.2926	0.5928	2.2305	0.5199	1.6752	-0.1304	0.2528	-0.1393	-0.1517	-0.0172	0.1488	-0.2775	0.0012	-0.0183	0.4443	-0.0318	0.0121	0.7243	-0.2827	0.7228	-3.3673	31.8006	6.6784

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 331 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 332 through 603 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 2 through 317 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 318 through 578 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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