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- PDB-5mjl: Single-shot pink beam serial crystallography: Proteinase K -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mjl
タイトルSingle-shot pink beam serial crystallography: Proteinase K
要素Proteinase K
キーワードHYDROLASE / Proteinase K / Serial Crystallography / Pink beam
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidase K / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site ...Proteinase K-like catalytic domain / Peptidase S8/S53 domain / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 / Peptidase inhibitor I9 / : / Peptidase S8 propeptide/proteinase inhibitor I9 superfamily / Peptidase S8, subtilisin, His-active site / Serine proteases, subtilase family, histidine active site. / Serine proteases, subtilase family, aspartic acid active site. / Peptidase S8, subtilisin, Asp-active site / Serine proteases, subtilase family, serine active site. / Peptidase S8, subtilisin, Ser-active site / Serine proteases, subtilase domain profile. / Peptidase S8, subtilisin-related / Peptidase S8/S53 domain superfamily / Subtilase family / Peptidase S8/S53 domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Engyodontium album (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21013789926 Å
データ登録者Meents, A. / Oberthuer, D. / Lieske, J. / Srajer, V.
資金援助5件
組織認可番号国
European Cluster of Advanced Laser Light Sources (EUCALL)
Virtual Institute, Helmholtz AssociationVH-VI-403
Advanced Photon Source, a U.S. Department of Energy (DOE), Argonne National LaboratoryDE-AC02-06CH11357
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24GM111072
Philip Anfinrud (NIH/NIDDK)NSF award 1231306
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Pink-beam serial crystallography.
著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / ...著者: Meents, A. / Wiedorn, M.O. / Srajer, V. / Henning, R. / Sarrou, I. / Bergtholdt, J. / Barthelmess, M. / Reinke, P.Y.A. / Dierksmeyer, D. / Tolstikova, A. / Schaible, S. / Messerschmidt, M. / Ogata, C.M. / Kissick, D.J. / Taft, M.H. / Manstein, D.J. / Lieske, J. / Oberthuer, D. / Fischetti, R.F. / Chapman, H.N.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Towards automated crystallographic structure refinement with phenix.refine.
著者: Afonine, P.V. / Grosse-Kunstleve, R.W. / Echols, N. / Headd, J.J. / Moriarty, N.W. / Mustyakimov, M. / Terwilliger, T.C. / Urzhumtsev, A. / Zwart, P.H. / Adams, P.D.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年3月30日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support ...database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.32024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteinase K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4805
ポリマ－28,9591
非ポリマー5214
水5,801322
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area990 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area10520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.300, 68.300, 108.300
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Proteinase K / Endopeptidase K / Tritirachium alkaline proteinase


分子量: 28958.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Engyodontium album (菌類) / 遺伝子: PROK / 発現宿主: Engyodontium album (菌類) / 参照: UniProt: P06873, peptidase K

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非ポリマー , 5種, 326分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 1.6M MgSO4, 10 mM CaCl2, 100 mM CHC buffer pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 1.1-1.3
検出器タイプ: RAYONIX MX340-HS / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月10日
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.11
21.31
反射解像度: 2.1→100 Å / Num. obs: 9197 / % possible obs: 57.9 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 0.0186601051545 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 2.21→2.31 Å / 冗長度: 15.31 % / Num. measured obs: 6356 / % possible all: 26.06

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1-2155_9999位相決定
PHENIX1.10.1-2155_9999精密化
Precognition/Epinorm (RenzResearch)データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AVJ

5avj


解像度: 2.21013789926→44.1083574029 Å / SU ML: 0.179507088267 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.416332133786 / 位相誤差: 11.9910233688
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194518100148 792 9.49526435679 %
Rwork0.153604213342 --
obs0.157478947888 8341 62.1303538175 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 6.34427693799 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21013789926→44.1083574029 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2032 0 30 322 2384
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002110676146852151
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5706028194032932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0403263001001319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00208668177934384
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.977172871481274
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2101-2.34860.219700539108830.171922755875698X-RAY DIFFRACTION35.908045977
2.3486-2.52990.223763368357910.163260919253867X-RAY DIFFRACTION43.8845625286
2.5299-2.78450.2135489518411070.1726640135841111X-RAY DIFFRACTION55.6164383562
2.7845-3.18730.2204638649921410.1638660346251369X-RAY DIFFRACTION68.2331676457
3.1873-4.01520.1721820988851770.1366379893821681X-RAY DIFFRACTION81.9585355095
4.0152-44.11710.16842223481930.1438353136621823X-RAY DIFFRACTION84.6347607053

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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