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- PDB-5z7y: Crystal structure of Striga hermonthica HTL7 (ShHTL7) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5z7y
タイトルCrystal structure of Striga hermonthica HTL7 (ShHTL7)
要素Hyposensitive to light 7
キーワードHYDROLASE / Hydrolase Activity / putative receptor of strigolactone
機能・相同性
機能・相同性情報


Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / Hyposensitive to light 7
類似検索 - 構成要素
生物種Striga hermonthica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Xu, Y. / Miyakawa, T. / Nakamura, A. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Platform for Drug Discovery, Informatics, and Structural Life Science from the Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology of Japan 日本
Core Research for Evolutional Science and Technology Program of Japan Science and Technology Agency 日本
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas from the Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP17H05835 日本
JSPS KAKENHIJP15H05621 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Structural analysis of HTL and D14 proteins reveals the basis for ligand selectivity in Striga.
著者: Xu, Y. / Miyakawa, T. / Nosaki, S. / Nakamura, A. / Lyu, Y. / Nakamura, H. / Ohto, U. / Ishida, H. / Shimizu, T. / Asami, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2018年1月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hyposensitive to light 7
B: Hyposensitive to light 7
C: Hyposensitive to light 7
D: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,31813
ポリマ－125,8974
非ポリマー4229
水12,827712
1
A: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6114
ポリマ－31,4741
非ポリマー1373
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11650 Å2
手法PISA
2
B: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,4982
ポリマ－31,4741
非ポリマー241
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11370 Å2
手法PISA
3
C: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5613
ポリマ－31,4741
非ポリマー862
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area140 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11720 Å2
手法PISA
4
D: Hyposensitive to light 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,6494
ポリマ－31,4741
非ポリマー1743
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area150 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.086, 72.609, 81.122
Angle α, β, γ (deg.)97.69, 95.39, 107.07
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Hyposensitive to light 7 / Hydrolase / alpha/beta fold family protein


分子量: 31474.127 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Striga hermonthica (植物) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0M3PNA2
#2: 化合物 ChemComp-DIO / 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE / 1,4-ジオキサン


分子量: 88.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H8O2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 90mM Tris-HCl (pH 8.5), 27% (w/v) PEG 5000, 180mM MgCl2, 3.5% 1,4-dioxane

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 72978 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 2.3 % / CC1/2: 0.994 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 10951 / CC1/2: 0.787 / Rrim(I) all: 0.478 / % possible all: 87

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5Z7X

5z7x


解像度: 1.9→43.617 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.99
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2531 3608 4.95 %
Rwork0.2107 --
obs0.2128 72939 93.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→43.617 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8331 0 25 712 9068
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0048549
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66311627
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.3295125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461341
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041481
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8996-1.92450.341030.30052043X-RAY DIFFRACTION72
1.9245-1.95090.3571310.29962402X-RAY DIFFRACTION85
1.9509-1.97880.32481430.29322689X-RAY DIFFRACTION94
1.9788-2.00830.34181540.27812698X-RAY DIFFRACTION95
2.0083-2.03970.28461340.2722676X-RAY DIFFRACTION95
2.0397-2.07310.30341360.25212751X-RAY DIFFRACTION96
2.0731-2.10890.28261510.2532746X-RAY DIFFRACTION95
2.1089-2.14720.30561400.24852657X-RAY DIFFRACTION95
2.1472-2.18850.30111240.23942747X-RAY DIFFRACTION95
2.1885-2.23320.28821230.23142664X-RAY DIFFRACTION95
2.2332-2.28180.26181400.23592705X-RAY DIFFRACTION95
2.2818-2.33480.2761370.22342724X-RAY DIFFRACTION95
2.3348-2.39320.27871290.2192715X-RAY DIFFRACTION96
2.3932-2.45790.26581390.22462732X-RAY DIFFRACTION95
2.4579-2.53020.28421460.22292735X-RAY DIFFRACTION96
2.5302-2.61190.28961370.2172713X-RAY DIFFRACTION95
2.6119-2.70520.27391430.21382720X-RAY DIFFRACTION95
2.7052-2.81350.27261530.20632662X-RAY DIFFRACTION95
2.8135-2.94160.2731410.2062725X-RAY DIFFRACTION96
2.9416-3.09660.25191320.21182754X-RAY DIFFRACTION96
3.0966-3.29060.21081410.19912719X-RAY DIFFRACTION95
3.2906-3.54450.23971410.18722654X-RAY DIFFRACTION94
3.5445-3.9010.21631490.17222663X-RAY DIFFRACTION94
3.901-4.4650.20151480.16882675X-RAY DIFFRACTION94
4.465-5.62360.21191440.18162646X-RAY DIFFRACTION93
5.6236-43.62850.22861490.20632716X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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