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- PDB-5mjk: Crystal Structure of Lactococcus lactis Thioredoxin Reductase (FO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mjk
タイトルCrystal Structure of Lactococcus lactis Thioredoxin Reductase (FO conformation)
要素Thioredoxin reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Thioredoxin Reductase / photosensitivity / Reactive Oxygen Species / FAD si-face open space / Oxygen pocket / FO-FR conformations
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) / thioredoxin-disulfide reductase (NADPH) activity / removal of superoxide radicals / nucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thioredoxin reductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class-II, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-II active site. / : / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain / 3-Layer(bba) Sandwich / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / : / Thioredoxin reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Skjoldager, N. / Bang, M.B. / Svensson, B. / Hagglund, P. / Harris, P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Technical University Denmark デンマーク
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: The structure of Lactococcus lactis thioredoxin reductase reveals molecular features of photo-oxidative damage.
著者: Skjoldager, N. / Blanner Bang, M. / Rykr, M. / Bjornberg, O. / Davies, M.J. / Svensson, B. / Harris, P. / Hagglund, P.
履歴
登録2016年12月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Database references
改定 1.22018年1月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32018年1月31日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
C: Thioredoxin reductase
D: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,63312
ポリマ－144,1064
非ポリマー3,5268
水7,152397
1
A: Thioredoxin reductase
B: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8166
ポリマ－72,0532
非ポリマー1,7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
C: Thioredoxin reductase
D: Thioredoxin reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8166
ポリマ－72,0532
非ポリマー1,7634
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.610, 132.260, 73.500
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.620, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
12
13
14
15
16
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.963441, 0.258835, 0.069172), (0.263199, 0.866137, 0.424892), (0.050065, 0.427564, -0.902598)23.21273, -19.713921, 71.927223
3given(1), (1), (1)
4given(0.432861, -0.256799, -0.86411), (0.290583, -0.867652, 0.403414), (-0.853342, -0.425717, -0.300951)1.90909, -50.31683, 65.009666
5given(1), (1), (1)
6given(-0.385141, 0.003871, 0.92285), (-0.001567, -0.999992, 0.003541), (0.922857, -8.2E-5, 0.385144)12.3645, -35.105598, -8.23152
7given(1), (1), (1)
8given(-0.383279, -0.002266, 0.92363), (-0.001135, -0.999995, -0.002925), (0.923632, -0.00217, 0.383274)12.12393, -34.978161, -8.23277
9given(1), (1), (1)
10given(0.416854, -0.266935, -0.868895), (0.293533, -0.865162, 0.406612), (-0.860274, -0.424547, -0.282292)2.38714, -50.412079, 65.06086
11given(1), (1), (1)
12given(-0.95468, -0.288835, 0.071833), (-0.292612, 0.866685, -0.404025), (0.05444, -0.406734, -0.911923)71.445663, 15.29699, 19.14361

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要素

#1: タンパク質
Thioredoxin reductase


分子量: 36026.605 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. cremoris (乳酸菌)
遺伝子: N41_1746, NCDO763_0431 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta
参照: UniProt: A0A166TWQ7, UniProt: A2RLJ5*PLUS, thioredoxin-disulfide reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG4000, 400 mM Li2SO4. DTT added (20 mM DTT final in drop)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.36 Å / Num. obs: 86685 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 12.18
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.826 / Mean I/σ(I) obs: 1.82 / CC1/2: 0.633 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GCM

4gcm


解像度: 2→47.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.927 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 11.468 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.228 / ESU R Free: 0.196
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 4335 5 %RANDOM
Rwork0.2299 ---
obs0.2322 82350 99.14 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 90.86 Å2 / Biso mean: 34.646 Å2 / Biso min: 5.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.04 Å20 Å2-1.05 Å2
2--2.38 Å20 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9356 0 232 409 9997
Biso mean--25.05 33.83 -
残基数----1208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0199772
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.029168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6991.98713232
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0693.00121124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4451204
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.88224.911448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.293151668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5241552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21440
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0211024
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022136
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
112736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL3.760.87
212736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL3.570.87
312736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL2.530.87
412736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL2.040.87
512736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL3.750.87
612736X-RAY DIFFRACTIONTIGHT THERMAL3.640.87
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 316 -
Rwork0.308 6007 -
all-6323 -
obs--98.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7395-0.12640.29450.50720.08852.4691-0.0396-0.03790.1377-0.0223-0.01230.2075-0.30630.01580.05180.0755-0.026-0.03310.0264-0.00250.1488-1.13530.228931.9442
20.3037-0.2360.29140.6863-0.42991.4705-0.0544-0.08040.0711-0.02390.0064-0.1174-0.15330.08920.0480.0492-0.04240.00450.1927-0.00410.07626.7031-6.123842.8769
31.35610.28720.64970.67860.38060.79240.0526-0.2338-0.16080.05360.01930.01990.10710.0383-0.07190.0512-0.02370.00460.16630.04750.053441.5852-28.997232.9709
42.07240.02830.76310.62840.01911.30660.09690.0517-0.1999-0.2712-0.0311-0.09820.24170.0586-0.06580.18840.01240.00970.01140.01220.060442.2199-35.38923.1414
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 306
2X-RAY DIFFRACTION2B5 - 306
3X-RAY DIFFRACTION3C5 - 306
4X-RAY DIFFRACTION4D5 - 306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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