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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5mj2 | ||||||
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タイトル | Extracellular domain of human CD83 - rhombohedral crystal form after UV-RIP (S-SAD data) | ||||||
要素 | CD83 antigen | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Dendritic cell / receptor / immunoglobulin | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / negative regulation of interleukin-4 production / CD4-positive, alpha-beta T cell differentiation / positive regulation of interleukin-10 production / humoral immune response / positive regulation of interleukin-2 production / response to organic cyclic compound / defense response / external side of plasma membrane / signal transduction / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.98 Å | ||||||
データ登録者 | Klingl, S. / Egerer-Sieber, C. / Schmid, B. / Weiler, S. / Muller, Y.A. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017 タイトル: Crystal Structure of the Extracellular Domain of the Human Dendritic Cell Surface Marker CD83. 著者: Heilingloh, C.S. / Klingl, S. / Egerer-Sieber, C. / Schmid, B. / Weiler, S. / Muhl-Zurbes, P. / Hofmann, J. / Stump, J.D. / Sticht, H. / Kummer, M. / Steinkasserer, A. / Muller, Y.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5mj2.cif.gz | 46.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5mj2.ent.gz | 36 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5mj2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5mj2_validation.pdf.gz | 432.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5mj2_full_validation.pdf.gz | 433.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5mj2_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5mj2_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mj2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mj/5mj2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12766.979 Da / 分子数: 1 / 変異: C27S, C100S, C129S / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The first four residues (GSPG) are non-native residues of the linker which remains after the GST-tag was cleaved off. The third residue (P) was modeled as alanine due to missing electron ...詳細: The first four residues (GSPG) are non-native residues of the linker which remains after the GST-tag was cleaved off. The third residue (P) was modeled as alanine due to missing electron density. The first and last two residues as well as the central region were not visible in the electron density maps. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / Cell: Dendritic cells / 遺伝子: CD83 / プラスミド: pGEX-2T / 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' / 参照: UniProt: Q01151 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PEG / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.33 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.2 microliter protein (39 mg/ml in ultrapure water) and 0.4 microliter reservoir solution (0.2 M DL-malic acid (pH 7.0), 20% w/v PEG 3350) were mixed and equilibrated against 70 microliter ...詳細: 0.2 microliter protein (39 mg/ml in ultrapure water) and 0.4 microliter reservoir solution (0.2 M DL-malic acid (pH 7.0), 20% w/v PEG 3350) were mixed and equilibrated against 70 microliter of reservoir solution Crystals appeared after ~13 months |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.800042 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.800042 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.98→45.21 Å / Num. obs: 14030 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 22.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.98→2.1 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.677 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.98→45.21 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.06
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.98→45.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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