PDB-1z8v: The Structure of d(GGCCAATTGG) Complexed with Netropsin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1z8v

タイトル

The Structure of d(GGCCAATTGG) Complexed with Netropsin

要素

(5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')

キーワード

DNA / B-DNA DOUBLE HELIX / BASE TRIPLETS / MINOR GROOVE BINDER / DRUG / NETROPSIN

機能・相同性

NETROPSIN / DNA

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Van Hecke, K. / Nam, P.C. / Nguyen, M.T. / Van Meervelt, L.

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2005
タイトル: Netropsin interactions in the minor groove of d(GGCCAATTGG) studied by a combination of resolution enhancement and ab initio calculations.
著者: Van Hecke, K. / Nam, P.C. / Nguyen, M.T. / Van Meervelt, L.

履歴

登録	2005年3月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年3月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1z8v.cif.gz	23.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1z8v.ent.gz	15.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1z8v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1z8v_validation.pdf.gz	600.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1z8v_full_validation.pdf.gz	608.5 KB	表示
XML形式データ	1z8v_validation.xml.gz	5.3 KB	表示
CIF形式データ	1z8v_validation.cif.gz	6.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z8/1z8v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1jtl-d 432d-d 1k2z-d 272d-d 431d-d 5mj2-d 6ay7-d 2n8k-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')

B: (5'-D(*GP*GP*CP*CP*AP*AP*TP*TP*GP*G)-3')

ヘテロ分子

6.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.025, 38.559, 53.203
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA鎖	(5'-D(GPGPCPCPAPAPTPTPGPG)-3') 分子量: 3085.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成詳細: The oligonucleotide was purchased from Oswel DNA service (University of Southampton, UK)
#2: 化合物	ChemComp-NT / NETROPSIN 分子量: 430.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₈H₂₆N₁₀O₃ / コメント: 抗生剤*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.14 %

結晶化

温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: potassium cacodylate, MPD, magnesium chloride, spermine, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	potassium cacodylate	1	1
2	MPD	1	1
3	magnesium chloride	1	1
4	spermine	1	1
5	MPD	1	2
6	magnesium chloride	1	2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8457 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年1月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8457 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→20 Å / Num. obs: 5724 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 10.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.74 Å² / R_sym value: 0.04 / Net I/σ(I): 20.1
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique all: 538 / R_sym value: 0.199 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.1.24	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NDB ENTRY DD0002

解像度: 1.75→9.6 Å / Isotropic thermal model: isotropic /

	R_factor	反射数
R_work	0.1997	-
all	0.2	-
obs	-	5379

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→9.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	410	31	68	509

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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