PDB-5mh2: Crystal structure of a DM9 domain containing protein from Crassos...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mh2

タイトル

Crystal structure of a DM9 domain containing protein from Crassostrea gigas with D22A mutation

要素

Natterin-3

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / beta fold

機能・相同性

DM9 repeat / DM9 repeat / Repeats found in Drosophila proteins. / metal ion binding / Natterin-3

機能・相同性情報

生物種

Crassostrea gigas (無脊椎動物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Weinert, T. / Warkentin, E. / Peng, G.

引用

ジャーナル: Front Immunol / 年: 2017
タイトル: DM9 Domain Containing Protein Functions As a Pattern Recognition Receptor with Broad Microbial Recognition Spectrum.
著者: Jiang, S. / Wang, L. / Huang, M. / Jia, Z. / Weinert, T. / Warkentin, E. / Liu, C. / Song, X. / Zhang, H. / Witt, J. / Qiu, L. / Peng, G. / Song, L.

履歴

登録	2016年11月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年12月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mh2.cif.gz	232.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mh2.ent.gz	188.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mh2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mh2_validation.pdf.gz	464.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mh2_full_validation.pdf.gz	472.3 KB	表示
XML形式データ	5mh2_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	5mh2_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mh2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mh/5mh2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mh0SC 5mh1C 5mh3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5id8-4 5mh3-8 5mh3-2 5mh3-3 3ege-d 5ida-3 6gkq-1 5mh3-1 3d81-d 4i84-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Natterin-3

B: Natterin-3

C: Natterin-3

D: Natterin-3

ヘテロ分子

62.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Natterin-3

B: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Natterin-3

D: Natterin-3

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.160, 56.530, 105.530
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.41, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Natterin-3 分子量: 15492.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Crassostrea gigas (無脊椎動物) / 遺伝子: CGI_10011001, CGI_10018577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K1QRB6
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 31.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1M HEPES, 30% PEG 3350, 0.12M Magnisium Chloride hexahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX10.1 / 波長: 0.99999 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→20 Å / Num. obs: 106083 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.3 % / Net I/σ(I): 17.4
反射シェル	解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 5.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5MH0

5mh0

解像度: 1.3→19.6 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	5302	5 %
R_work	0.145	-	-
obs	0.147	106069	98.9 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→19.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4368	0	8	520	4896

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.018	4548
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.577	6184
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.151	1618
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.139	677
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	793

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3148	0.3175	169	0.2621	3207	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3148-1.3302	0.2989	170	0.2661	3240	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3302-1.3465	0.3364	174	0.2582	3294	X-RAY DIFFRACTION	98
1.3465-1.3635	0.3393	169	0.2605	3221	X-RAY DIFFRACTION	97
1.3635-1.3814	0.2906	174	0.2335	3297	X-RAY DIFFRACTION	96
1.3814-1.4004	0.2759	172	0.2123	3261	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4004-1.4204	0.2491	174	0.1982	3308	X-RAY DIFFRACTION	97
1.4204-1.4416	0.2393	174	0.171	3317	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4416-1.4641	0.1969	174	0.1654	3327	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4641-1.4881	0.2229	179	0.17	3416	X-RAY DIFFRACTION	99
1.4881-1.5137	0.2131	175	0.1597	3311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5137-1.5412	0.2223	178	0.1614	3392	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5412-1.5709	0.2028	177	0.1486	3363	X-RAY DIFFRACTION	99
1.5709-1.6029	0.1844	177	0.1432	3371	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6029-1.6377	0.1878	178	0.13	3380	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6377-1.6758	0.1999	179	0.1271	3399	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6758-1.7177	0.1717	177	0.1264	3362	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7177-1.7641	0.1822	181	0.128	3441	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7641-1.816	0.1677	176	0.1244	3347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.816-1.8746	0.1833	179	0.132	3408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8746-1.9415	0.1667	179	0.1291	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9415-2.0192	0.1689	178	0.1238	3388	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0192-2.111	0.1663	179	0.1287	3392	X-RAY DIFFRACTION	100
2.111-2.2221	0.1582	177	0.123	3378	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2221-2.3611	0.1826	180	0.1333	3413	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3611-2.5431	0.1779	179	0.1444	3393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5431-2.7983	0.1752	179	0.1501	3416	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7983-3.2017	0.1771	180	0.1499	3421	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2017-4.0281	0.1472	181	0.13	3428	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0281-19.602	0.1586	184	0.1388	3484	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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