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- PDB-5mgh: Crystal structure of pathogenic mutants of human mitochodnrial PheRS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mgh
タイトルCrystal structure of pathogenic mutants of human mitochodnrial PheRS
要素Phenylalanine--tRNA ligase, mitochondrial
キーワードLIGASE / crystal structure of pathogenic Human mitochondrial PheRS / Molecular dynamic / kinetik study / aminoacylation
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylalanine-tRNA ligase / Mitochondrial tRNA aminoacylation / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / tRNA processing / tRNA binding / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 ...Phenylalanyl-tRNA synthetase, class IIc, mitochondrial / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain / Ferrodoxin-fold anticodon-binding domain superfamily / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Ferredoxin-fold anticodon binding (FDX-ACB) domain profile. / Ferredoxin-fold anticodon binding domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHENYLALANINE / Phenylalanine--tRNA ligase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Kartvelishvili, E. / Tworowski, D. / Vernon, H. / Chrzanowska-Lightowlers, Z. / Moor, N. / Wang, J. / Wong, L.-J. / Safro, M.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Kinetic and structural changes in HsmtPheRS, induced by pathogenic mutations in human FARS2.
著者: Kartvelishvili, E. / Tworowski, D. / Vernon, H. / Moor, N. / Wang, J. / Wong, L.J. / Chrzanowska-Lightowlers, Z. / Safro, M.
履歴
登録2016年11月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phenylalanine--tRNA ligase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,6112
ポリマ－47,4461
非ポリマー1651
水4,666259
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area18870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.045, 89.355, 97.226
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Phenylalanine--tRNA ligase, mitochondrial / Phenylalanyl-tRNA synthetase / PheRS


分子量: 47445.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FARS2, FARS1, HSPC320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95363, phenylalanine-tRNA ligase
#2: 化合物 ChemComp-PHE / PHENYLALANINE / フェニルアラニン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 165.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H11NO2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.19 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 mM DTT, 100 mM bis-Tris propane pH 7 and 1.8 M sodium acetate pH 7

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→47.901 Å / Num. obs: 40255 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.7 % / Net I/σ(I): 25.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化解像度: 1.87→47.901 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.77
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2299 2003 4.98 %
Rwork0.1976 --
obs0.1992 40241 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 105.88 Å2 / Biso mean: 42.6683 Å2 / Biso min: 21.59 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→47.901 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3351 0 12 259 3622
Biso mean--27.91 46.71 -
残基数----405
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073455
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8994676
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005604
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.8452029
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.8703-1.91710.37211420.31722629277198
1.9171-1.96890.29271370.269527152852100
1.9689-2.02690.29471540.247726912845100
2.0269-2.09230.27681340.241326842818100
2.0923-2.16710.26851390.22227132852100
2.1671-2.25380.24071430.213827012844100
2.2538-2.35640.23071470.197827132860100
2.3564-2.48060.24831360.215127412877100
2.4806-2.63610.24561400.223327232863100
2.6361-2.83960.24331430.212227132856100
2.8396-3.12530.25361450.21427612906100
3.1253-3.57740.21961490.1927582907100
3.5774-4.50660.19091420.16427832925100
4.5066-47.91660.21641520.18312913306599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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