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- PDB-5mfl: Designed armadillo repeat protein (KR)5_GS10_YIIIM6AII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5mfl
タイトルDesigned armadillo repeat protein (KR)5_GS10_YIIIM6AII
要素(KR)5_GS10_YIIIM6AII
キーワードDE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding
機能・相同性Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.
引用ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.
履歴
登録2016年11月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
B: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
C: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,65822
ポリマ－109,7223
非ポリマー93619
水2,810156
1
A: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9398
ポリマ－36,5741
非ポリマー3657
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8678
ポリマ－36,5741
非ポリマー2937
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: (KR)5_GS10_YIIIM6AII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,8526
ポリマ－36,5741
非ポリマー2785
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)93.100, 93.100, 188.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-528-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 (KR)5_GS10_YIIIM6AII


分子量: 36573.855 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

-
非ポリマー , 5種, 175分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 37.5% (MPD/PEG1000/PEG3350), 0.03 M MgCl2, 0.03 M CaCl2, Bicine/TRIS pH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年10月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→49.56 Å / Num. obs: 33299 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 66.91 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.165 / Net I/σ(I): 8.21
反射 シェル解像度: 2.5→2.56 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 2.34 / Mean I/σ(I) obs: 0.61 / CC1/2: 0.127 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→49.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.896 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.93 / SU Rfree Blow DPI: 0.302 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.307
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.255 1665 5 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.208 33299 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.69 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8156 Å20 Å20 Å2
2---1.8156 Å20 Å2
3---3.6313 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→49.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7441 0 42 156 7639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087597HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1110321HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2718SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes300HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1042HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7597HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd6SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.91
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.67
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1018SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9423SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.58 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 142 5 %
Rwork0.238 2698 -
all0.238 2840 -
obs--99.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1852-0.11470.46261.0976-0.02573.5211-0.11010.01780.03070.0453-0.025-0.2476-0.70060.12770.13510.1718-0.0057-0.0734-0.0137-0.02610.0786-7.615456.1999-17.513
20.744-0.72250.34391.1001-0.85234.4667-0.11160.34460.0983-0.1154-0.173-0.2537-0.434-0.10340.28460.1155-0.02550.00520.13090.00980.1057-7.308250.5661-48.3976
30.9055-0.2908-0.4430.29650.2672.0180.01320.1182-0.2061-0.1457-0.12490.14390.1806-0.2420.11170.1140.0489-0.11620.0638-0.02570.1976-0.164110.0059-13.9475
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|11 - A|332 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|11 - B|332 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|12 - C|332 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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