PDB-5mff: Designed armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with pepti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5mff

タイトル

Designed armadillo repeat protein YIIIM5AII in complex with peptide (RR)5

要素

(RR)5
YIIIM5AII

キーワード

DE NOVO PROTEIN / Designed armadillo repeat protein / peptide binding

機能・相同性

Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Alpha Horseshoe / Mainly Alpha

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Hansen, S. / Ernst, P. / Reichen, C. / Ewald, C. / Mittl, P. / Plueckthun, A.

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2018
タイトル: Curvature of designed armadillo repeat proteins allows modular peptide binding.
著者: Hansen, S. / Ernst, P. / Konig, S.L.B. / Reichen, C. / Ewald, C. / Nettels, D. / Mittl, P.R.E. / Schuler, B. / Pluckthun, A.

履歴

登録	2016年11月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5mff.cif.gz	435 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5mff.ent.gz	364.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5mff.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5mff_validation.pdf.gz	479.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5mff_full_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示
XML形式データ	5mff_validation.xml.gz	41.3 KB	表示
CIF形式データ	5mff_validation.cif.gz	60.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mff ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mf/5mff	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mfbC 5mfeC 5mfgC 5mfhC 5mfiC 5mfjC 5mfkC 5mflC 5mfmC 5mfnC 5mfoC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s7j-d 1lm7-d 3edy-d 5kjl-d 3eq6-1 6i3j-2 3lnv-d 3pdn-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: YIIIM5AII

B: YIIIM5AII

C: YIIIM5AII

D: YIIIM5AII

E: (RR)5

F: (RR)5

ヘテロ分子

124 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: YIIIM5AII

B: YIIIM5AII

E: (RR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: YIIIM5AII

D: YIIIM5AII

F: (RR)5

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
62.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	81.755, 90.886, 179.659
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	YIIIM5AII 分子量: 30027.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
#2: タンパク質・ペプチド	(RR)5 分子量: 1589.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 396 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 60% (NH4)2 SO4, 0.1M HEPES pH 8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→48.31 Å / Num. obs: 106118 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 44.06 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / Net I/σ(I): 14.51
反射シェル	解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 11.2 % / R_merge(I) obs: 4.68 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / CC_1/2: 0.27 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→48.31 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.126 / SU R_free Blow DPI: 0.118 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.119

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.213	5293	5 %	RANDOM
R_work	0.184	-	-	-
obs	0.186	105947	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.28 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.7857 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.7785 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.9929 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.26 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.9→48.31 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8502	0	56	396	8954

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	8789	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	11953	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		3151	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		356	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1218	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		8789	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.47
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.36
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		1173	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies		18	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		10889	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.95 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	374	4.87 %
R_work	0.24	7309	-
all	0.24	7683	-
obs	-	-	99.23 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0773	0.9823	-0.2382	1.7833	-0.5373	0.632	-0.0253	-0.0353	0.0376	-0.0782	0.05	0.0468	0.1286	-0.0951	-0.0247	-0.3203	-0.0639	-0.0062	-0.2937	0.0046	-0.3309	30.6007	6.4727	192.951
2	0.3334	0.0854	-0.5185	0.1626	0.123	0.9586	0.0603	-0.0175	0.1363	0.1643	-0.1623	-0.0238	0.1703	-0.0067	0.102	0.3208	-0.1206	-0.0407	0.1415	-0.2012	0.1136	-9.2846	15.4607	233.348
3	2.8606	0.7863	0.9369	1.132	0.0946	1.048	0.1682	-0.128	-0.1604	0.0602	-0.0947	-0.1202	0.1645	-0.1277	-0.0735	-0.3157	-0.0629	-0.0145	-0.3342	0.0163	-0.3889	-17.0975	16.7311	215.694
4	0.2756	-0.054	-0.5519	0.3114	0.4308	1.1914	-0.0064	-0.069	0.0597	-0.1525	0.1598	-0.2075	-0.3716	0.1634	-0.1535	0.1796	-0.122	0.0722	0.1834	-0.0161	0.3438	30.4128	9.1441	173.764
5	0.3144	0.6808	0.3578	0.0299	-0.4825	2.3812	-0.0743	0.057	0.0756	-0.0751	-0.0398	-0.066	0.2602	-0.0446	0.1141	-0.1145	0.0013	0.0149	0.0915	0.1357	-0.1582	29.2831	4.6981	182.244
6	0	-0.9198	-0.7462	0.0052	0.6023	2.3095	0.0196	-0.0296	0.0693	0.0085	-0.228	-0.179	0.086	-0.139	0.2083	0.092	-0.0033	-0.1206	-0.0296	0.0334	-0.2161	-16.3364	16.7862	225.509

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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